E-Hentai a été lancé en tant que groupe Yahoo ! le 1er juillet 1999. Le groupe est passé à un domaine .net en 2001 avant de passer à son domaine .org actuel en 2005 après que la propriété de son domaine .net soit devenue caduque et ait été achetée par une autre partie. Le 27 mars 2010, E-Hentai a annoncé qu’en réponse à la pression des annonceurs, il n’accueillerait plus d’œuvres représentant des personnages mineurs (lolicon et shotacon) et de la bestialité. Les galeries existantes contenant ce contenu ont été supprimées du site, soit environ 30 000 galeries sur les 150 000 que comptait le site. Ce contenu a ensuite été transféré sur Exhentai, un site frère de E-Hentai. L’accès à Exhentai nécessite un compte E-Hentai existant ; pour les personnes sans compte, Exhentai apparaît comme une page blanche avec l’illustration d’un panda en pleurs, et a par conséquent gagné le surnom de « Sad Panda » parmi les utilisateurs du site. En juin 2019, les deux sites ont été retirés de Google, conformément à la politique de l’entreprise consistant à déréférencer les sites Web qui violent le Digital Millennium Copyright Act.
Le 26 juillet 2019, E-Hentai et Exhentai ont annoncé que les deux sites allaient fermer en réponse aux « récents changements législatifs aux Pays-Bas », où les serveurs des sites étaient hébergés à l’époque. Vice a émis l’hypothèse que la fermeture était en réaction à la directive sur le droit d’auteur dans le marché unique numérique adoptée par l’Union européenne en juin 2019, qui rend les plateformes numériques légalement responsables du matériel posté par les utilisateurs qui viole le droit d’auteur, ainsi qu’à une proposition de juillet 2019 du ministre néerlandais de la Justice, Ferdinand Grapperhaus, visant à imposer des sanctions plus sévères aux sites Web qui ne suppriment pas rapidement la pédopornographie. Un préavis de 24 heures a été donné pour la fermeture d’Exhentai, ce qui a conduit les utilisateurs du forum d’images 4chan à tenter d’archiver l’ensemble du site avant sa fermeture le 27 juillet. Le 2 août 2019, Exhentai a été relancé après la relocalisation de ses serveurs en Moldavie.