Fase de crisis (10 de diciembre de 1898-31 de octubre de 1899): El gobierno estadounidense adquirió formalmente las Filipinas de España con la firma del Tratado de París el 10 de diciembre de 1898. El gobierno estadounidense declaró el gobierno militar en Filipinas el 21 de diciembre de 1898. Emilio Aguinaldo, un nacionalista filipino, proclamó la independencia de Filipinas el 5 de enero de 1899. Emilio Aguinaldo estableció un gobierno rebelde en Malolos el 23 de enero de 1899, y Emilio Aguinaldo fue nombrado presidente del gobierno rebelde. Las tropas estadounidenses y los filipinos se enfrentaron en Manila el 4 de febrero de 1899. Las tropas estadounidenses tomaron el control de Jolo, en la isla de Sulu, el 18 de mayo de 1899.
Fase de conflicto (1 de noviembre de 1899-13 de abril de 1902): Emilio Aguinaldo lideró una rebelión contra el gobierno militar estadounidense en Filipinas a partir del 1 de noviembre de 1899. Unos 200 rebeldes filipinos comandados por el general Licerio Gerónimo atacaron a las tropas estadounidenses comandadas por el general Henry Ware Lawton cerca de San Mateo el 19 de diciembre de 1899, lo que provocó la muerte del general Lawton y de otros 13 soldados estadounidenses. Las tropas estadounidenses se enfrentaron a los rebeldes filipinos cerca de Catubig entre el 15 y el 19 de abril de 1900, con el resultado de la muerte de unos 150 rebeldes y al menos 21 soldados estadounidenses. Las tropas estadounidenses se enfrentaron a los rebeldes filipinos cerca de Cagayan de Misamis el 4 de junio de 1900, con el resultado de la muerte de nueve soldados estadounidenses y un rebelde. Las tropas estadounidenses se enfrentaron a los rebeldes filipinos cerca de Pulang Lupa, en la isla de Marinduque, el 13 de septiembre de 1900, con el resultado de cuatro soldados estadounidenses muertos. Las tropas estadounidenses al mando del coronel Benjamin F. Cheatham, Jr. se enfrentaron a los rebeldes filipinos al mando del general Juan Cailles cerca de Mabitac el 17 de septiembre de 1900, con el resultado de la muerte de 21 soldados estadounidenses y 11 rebeldes. Emilio Aguinaldo fue capturado por las tropas filipinas leales al gobierno estadounidense el 23 de marzo de 1901, y fue sustituido por el general Miguel Malvar como líder rebelde. Emilio Aguinaldo juró lealtad al gobierno estadounidense el 19 de abril de 1901. Los moros atacaron a las tropas estadounidenses en la ciudad de Balangiga, en la isla de Samar, el 28 de septiembre de 1901, con el resultado de la muerte de unos 48 soldados estadounidenses y 28 moros. Los militares estadounidenses establecieron y mantuvieron campos de concentración (reconcentrados) con unos 298.000 filipinos en la provincia de Batangas de enero a abril de 1902, lo que provocó la muerte de unos 8.350 filipinos. Las tropas estadounidenses y filipinas reprimieron la rebelión con la rendición del general Miguel Malvar el 16 de abril de 1902. Unos 200.000 filipinos, 4.234 soldados estadounidenses y 20.000 filipinos murieron durante el conflicto.
Fase posterior al conflicto (17 de abril de 1902-15 de junio de 1913): Las tropas estadounidenses al mando del coronel Frank Baldwin se enfrentaron a los moros cerca de Bayan, en la isla de Mindanao, el 2 de mayo de 1902, con el resultado de la muerte de unos 350 moros y once soldados estadounidenses. El 1 de julio de 1902, el Congreso de Estados Unidos aprobó la Ley de Filipinas, que otorgaba a Filipinas un autogobierno limitado. El 4 de julio de 1902, el gobierno estadounidense sustituyó el gobierno militar de Filipinas por un gobierno civil encabezado por William Howard Taft. El presidente estadounidense Teddy Roosevelt proclamó una amnistía general para los rebeldes filipinos el 4 de julio de 1902. El general Luke Wright prestó juramento como gobernador estadounidense de Filipinas el 1 de febrero de 1904. Unas 790 tropas estadounidenses al mando del coronel J. W. Duncan se enfrentaron a los moros cerca de Bud Dajo del 5 al 7 de marzo de 1906, lo que provocó la muerte de cientos de hombres, mujeres y niños moros. Unos 21 soldados estadounidenses también murieron durante los enfrentamientos cerca de Bud Dajo. Henry Clay Ide prestó juramento como gobernador estadounidense de Filipinas el 2 de abril de 1906, y James Smith lo hizo el 20 de septiembre de 1906. El 12 de marzo de 1907 se creó el Partido Nacionalista (PN). Las elecciones legislativas se celebraron el 30 de julio de 1907, y el Partido Nacionalista (PN) obtuvo 59 de los 80 escaños de la Asamblea de Filipinas. El Partido Progresista (PP) obtuvo 16 escaños en la Asamblea de Filipinas. La Asamblea de Filipinas se reunió en Manila el 16 de octubre de 1907. Las elecciones legislativas se celebraron el 2 de noviembre de 1909, y el Partido Nacionalista (PN) obtuvo 62 de los 81 escaños de la Asamblea de Filipinas. El Partido Progresista (PP) obtuvo 17 escaños en la Asamblea de Filipinas. El general de división John J. Pershing asumió la gobernación de la provincia de Moro el 11 de noviembre de 1909. El 8 de septiembre de 1911, el general de división Pershing emitió una orden ejecutiva para el desarme completo de los moros en la provincia de Moro. Las elecciones legislativas se celebraron el 4 de junio de 1912, y el Partido Nacionalista (PN) obtuvo 62 de los 81 escaños de la Asamblea de Filipinas. El Partido Progresista (PP) obtuvo 16 escaños en la Asamblea de Filipinas. El 15 de junio de 1913, las tropas estadounidenses reprimieron la rebelión de los moros en el sur de Filipinas, que había durado 14 años. Al menos 10.000 moros, 630 soldados estadounidenses, 116 soldados filipinos y 750 policías filipinos murieron durante la rebelión.
Fase posterior a la crisis (16 de junio de 1913-7 de diciembre de 1941): Francis Harrison juró como gobernador estadounidense de Filipinas el 21 de agosto de 1913. El 6 de junio de 1916 se celebraron elecciones legislativas y el Partido Nacionalista (PN) obtuvo 75 de los 90 escaños de la Cámara de Representantes. El 29 de agosto de 1916, el Congreso de los Estados Unidos aprobó la Ley Jones, que establecía una legislatura filipina bicameral que incluía una Cámara de Representantes y un Senado. Las elecciones legislativas se celebraron el 3 de junio de 1919, y el Partido Nacionalista (PN) obtuvo 75 de los 90 escaños de la Cámara de Representantes. El general Leonard Wood prestó juramento como gobernador estadounidense de Filipinas el 5 de octubre de 1921. Las elecciones legislativas se celebraron el 6 de junio de 1922, y las dos principales facciones del Partido Nacionalista (PN) obtuvieron 64 de los 93 escaños de la Cámara de Representantes. La Asamblea de Filipinas aprobó una resolución el 19 de noviembre de 1924, en la que se exigía la «independencia total y completa» de Estados Unidos. Las elecciones legislativas se celebraron el 2 de junio de 1925, y el Partido Nacionalista (PN) obtuvo 64 de los 92 escaños de la Cámara de Representantes. El 7 de diciembre de 1925, la Asamblea de Filipinas presentó una petición de independencia al Congreso de Estados Unidos. La Asamblea de Filipinas aprobó una resolución pidiendo un plebiscito sobre la independencia el 26 de julio de 1926, pero la resolución fue vetada por el gobernador Wood. El gobernador Wood murió el 7 de agosto de 1927, y Henry Stimson prestó juramento como gobernador estadounidense de Filipinas el 13 de diciembre de 1927. Dwight Davis prestó juramento como gobernador estadounidense de Filipinas el 17 de mayo de 1929. Las elecciones legislativas se celebraron el 5 de junio de 1928, y el Partido Nacionalista (PN) obtuvo 71 de los 94 escaños de la Cámara de Representantes. Las elecciones legislativas se celebraron el 2 de junio de 1931, y el Partido Nacionalista (PN) obtuvo 66 de los 86 escaños de la Cámara de Representantes. El 24 de marzo de 1934, el Congreso de Estados Unidos aprobó la Ley Tydings-McDuffie, que prometía la independencia de Filipinas en 12 años. Las elecciones legislativas se celebraron el 5 de junio de 1934 y la facción independentista del Partido Nacionalista (PN) obtuvo 70 de los 92 escaños de la Cámara de Representantes. La facción antiindependentista del Partido Nacionalista (PN) obtuvo 19 escaños en la Cámara de Representantes. Tal y como se establecía en la Ley Tydings-McDuffie de 1934, el 10 de julio de 1934 se celebraron elecciones para elegir a los delegados de la Convención Constitucional. Benigno Ramos dirigió un levantamiento de la derecha contra el gobierno en las provincias de Bulacan y Laguna el 1 y 2 de mayo de 1935, con el resultado de un centenar de muertos. Benigno Ramos huyó a Japón. El 96% de los votantes aprobaron en un referéndum celebrado el 14 de mayo de 1935 una constitución que establecía la Mancomunidad de Filipinas. Las elecciones legislativas se celebraron el 15 de septiembre de 1935, y la facción de Manuel Luis Quezón (facción independentista) del Partido Nacionalista (PN) obtuvo 64 de los 98 escaños de la Cámara de Representantes. La facción de Sergio Osmeña del Partido Nacionalista (PN) obtuvo 19 escaños en la Cámara de Representantes. Manuel Luis Quezón, del Partido Nacionalista (PN), fue elegido presidente de la Mancomunidad el 15 de septiembre de 1935. La Mancomunidad de Filipinas se estableció formalmente el 15 de noviembre de 1935. Las elecciones legislativas se celebraron el 8 de noviembre de 1938, y el Partido Nacionalista (PN) obtuvo 98 de los 98 escaños de la Cámara de Representantes. En un plebiscito constitucional celebrado el 18 de junio de 1940 se aprobaron varias enmiendas constitucionales, incluido el establecimiento de un Congreso bicameral de Filipinas. Las elecciones legislativas se celebraron el 2 de noviembre de 1941, y el Partido Nacionalista (PN) obtuvo 95 de los 98 escaños de la Cámara de Representantes. El presidente Manuel Luis Quezón fue reelegido con el 82 por ciento de los votos el 11 de noviembre de 1941.
Fase de crisis (8 de diciembre de 1941-17 de octubre de 1945): La aviación militar japonesa atacó el aeródromo de Clark del gobierno estadounidense en Filipinas el 8 de diciembre de 1941, provocando la muerte de 80 militares estadounidenses. Unos 43.000 soldados japoneses al mando del general Masaharu Homma invadieron las islas de Luzón, Mindanao y Joló el 22 de diciembre de 1941. Las tropas japonesas tomaron el control de Manila el 2 de enero de 1942. El general Douglas MacArthur, comandante de las tropas estadounidenses en Filipinas, fue evacuado de la península de Batann el 11 de marzo de 1942. Unos 12.000 soldados estadounidenses y 58.000 filipinos al mando del general Edward King se rindieron a las tropas japonesas en la isla de Luzón el 9 de abril de 1942. Las tropas del gobierno estadounidense al mando del general de división Jonathan Wainwright se rindieron a las tropas japonesas en la isla de Corregidor el 6 de mayo de 1942. El presidente Manuel Luis Quezón huyó a Estados Unidos y estableció el gobierno del Commonwealth en el exilio en Washington DC. Bajo la ocupación japonesa, las elecciones legislativas para la Asamblea Nacional de la Segunda República de Filipinas se celebraron el 20 de septiembre de 1943, y el Kapisanan sa Paglilingkod sa Bagong Philinas – KALIBAPI liderado por Benigno Aquino, Sr. ganó 108 de los 108 escaños de la Asamblea Nacional. José Paciano Laurel fue elegido presidente de la Segunda República de Filipinas por la Asamblea Nacional el 14 de octubre de 1943. El presidente Manuel Luis Quezón murió en el estado de Nueva York el 1 de agosto de 1944, y el vicepresidente Sergio Osmeña se convirtió en presidente del gobierno de la Commonwealth en el exilio el 1 de agosto de 1944. El presidente José Paciano Laurel declaró la ley marcial en Filipinas el 22 de septiembre de 1944, y declaró el estado de guerra con Estados Unidos y el Reino Unido el 23 de septiembre de 1944. Las tropas del gobierno estadounidense, al mando del general MacArthur, desembarcaron en la isla de Leyte el 20 de octubre de 1944. Los barcos navales japoneses se retiraron de la región de Filipinas el 25 de octubre de 1944 y las tropas estadounidenses desembarcaron en la isla de Samos el 26 de octubre de 1944. Las tropas estadounidenses capturaron la isla de Leyte el 24 de diciembre de 1944. Las tropas gubernamentales estadounidenses atacaron a las tropas japonesas en la isla de Luzón el 9 de enero de 1945 y capturaron la isla el 15 de agosto de 1945. Las tropas gubernamentales estadounidenses capturaron la isla de Corregidor del 16 al 27 de febrero de 1945. Las tropas gubernamentales estadounidenses atacaron a las tropas japonesas en la isla de Mindanao el 17 de abril de 1945 y capturaron la isla el 15 de agosto de 1945. José Paciano Laurel, que había huido a Japón, dimitió formalmente como presidente de Filipinas el 17 de agosto de 1945. Japón se rindió formalmente a Estados Unidos el 2 de septiembre de 1945.
Fase posterior a la crisis (3 de septiembre de 1945-4 de julio de 1946): Manuel Acuña Roxas, del ala liberal del Partido Nacionalista (PN), fue elegido presidente de la Mancomunidad de Filipinas con el 55% de los votos el 23 de abril de 1946, y tomó posesión como presidente el 28 de abril de 1946. Las elecciones legislativas se celebraron el 23 de abril de 1946, y el ala liberal del Partido Nacionalista (PN) obtuvo 49 de los 98 escaños de la Cámara de Representantes. El Partido Nacionalista (PN) obtuvo 35 escaños en la Cámara de Representantes. La República de Filipinas logró formalmente su independencia de Estados Unidos el 4 de julio de 1946.