A principios de 2009 los desarrolladores de Ubuntu señalaron que la gestión de paquetes dentro de Ubuntu podría mejorarse y consolidarse. Las últimas versiones de Ubuntu, como Ubuntu 9.04 (Jaunty Jackalope) incluían cinco aplicaciones para la gestión de paquetes que consumían espacio y otros recursos, además de proporcionar confusión a los usuarios. Las aplicaciones podían descargarse utilizando el básico Añadir/Quitar Aplicaciones o con el Gestor de Paquetes Synaptic. El actualizador de software permitía actualizar los paquetes instalados y el limpiador de ordenadores limpiaba los paquetes que ya no eran necesarios. La aplicación Software Sources permitía al usuario seleccionar la ubicación de descarga de los paquetes.
Los desarrolladores de Ubuntu se marcaron como objetivo:
«… debería haber un mecanismo obvio para instalar, eliminar y actualizar el software en Ubuntu, con un nombre evidente y una interfaz que cualquiera pueda utilizar. Debería haber un sistema coordinado para que los desarrolladores y entusiastas mejoren la utilidad de las descripciones y otros metadatos de los paquetes de software. La interfaz de actualizaciones de software debería perfeccionarse para maximizar la instalación voluntaria de actualizaciones en los millones de ordenadores en los que está instalado Ubuntu. Y se debería animar a los proyectos y proveedores cuyo software está empaquetado para Ubuntu a que proporcionen enlaces a la presencia de su software en la Tienda de Software, en lugar de instrucciones de instalación por línea de comandos.»
Canonical introdujo el Centro de Software de forma gradual, comenzando con Ubuntu 9.10 (Karmic Koala) con una funcionalidad completa prevista para Ubuntu 11.10, en octubre de 2011. En mayo de 2011, el plan se había completado en su mayor parte:
Octubre de 2009 – versión 1.0.2 enviada con Ubuntu 9.10 (Karmic Koala) Introdujo una nueva y sencilla interfaz para localizar, instalar y eliminar software, con una mejor seguridad basada en PolicyKit en lugar de gksudo. Abril de 2010 – versión 2.0.2 enviada con Ubuntu 10.04 (Lucid Lynx) LTS El Centro de Software añadió listas de paquetes que no son de aplicación de forma simplificada y también proporciona subcategorías para aplicaciones y Archivos de Paquetes Personales. Octubre de 2010 – la versión 3.0.4 se envió con Ubuntu 10.10 (Maverick Meerkat) Permitió a los usuarios comprar software y mostró un historial de instalaciones, eliminaciones y compras anteriores, incluyendo deshacer cambios específicos. Abril de 2011 – versión 4.0 enviada con Ubuntu 11.04 (Natty Narwhal) Añadió la calificación de los usuarios y la revisión del software, y la capacidad de ver las calificaciones y revisiones de otros usuarios de Ubuntu participantes. Octubre de 2011 – Ubuntu 11.10 (Oneiric Ocelot) La quinta versión del Centro de Software fue reescrita en GTK3, mejorando el diseño (mejor integración con el tema del sistema, se añadió un banner de promoción, un listado más bonito de aplicaciones), también se mejoró el tiempo de arranque. El Centro de Software fue parcialmente preparado para el control táctil incluyendo iconos más grandes. El Centro de Software también trajo la integración de Unity Launcher, la clasificación por calificaciones y los requisitos del sistema para las aplicaciones. También se integró parte de la tecnología GDebi para mejorar la velocidad en el manejo de archivos .deb. 19 de diciembre de 2011 Se lanzó una edición online del Centro de Software de Ubuntu, el Directorio de Aplicaciones de Ubuntu. La tienda web muestra el mismo contenido que la aplicación del Centro de Software, con un botón de descarga que abre la aplicación si se ejecuta Ubuntu o un enlace para descargar el instalador del sistema operativo Ubuntu si se ejecuta un sistema operativo diferente. Abril de 2012 – Ubuntu 12.04 (Precise Pangolin) El Centro de Software de Ubuntu adquirió nuevos elementos monocromáticos. Canonical creó una plataforma para desarrolladores basada en la web para ayudar a los programadores a crear aplicaciones para Ubuntu. El Centro de Software incluyó una nueva categoría: «Libros y revistas», la capacidad de mostrar presentaciones de vídeo de aplicaciones de pago y múltiples capturas de pantalla por una aplicación. Y también se añadió el soporte de la barra de progreso para el Centro de Software.
En agosto de 2015 Chris Hoffman, de PC World, criticó la aplicación, indicando que Canonical no la mantenía adecuadamente mientras se trabajaba en la aplicación de reemplazo. En particular, señaló que las aplicaciones de pago no estaban siendo soportadas adecuadamente y que Canonical no había informado a los desarrolladores de ello. La aplicación sigue funcionando para instalar y gestionar aplicaciones de software libre.
En noviembre de 2015 Canonical anunció que el desarrollo terminaría y la aplicación sería reemplazada por GNOME Software en Ubuntu 16.04 LTS.