El esfuerzo masivo para eliminar la segregación en las escuelas públicas de todo Estados Unidos fue uno de los principales objetivos del Movimiento por los Derechos Civiles. Desde la década de 1930, los abogados de la Asociación Nacional para el Avance de las Personas de Color (NAACP) habían elaborado estrategias para llevar a los tribunales las demandas locales, argumentando que lo separado no era igual y que todos los niños, independientemente de su raza, merecían una educación de primera clase. Estas demandas se combinaron en el histórico caso del Tribunal Supremo Brown v. Board of Education, que prohibió la segregación en las escuelas en 1954. Pero la gran mayoría de las escuelas segregadas no se integraron hasta muchos años después. Muchos entrevistados del Proyecto de Historia de los Derechos Civiles relatan una larga y dolorosa lucha que marcó a muchos estudiantes, profesores y padres.
Tres años antes del caso Brown v. Board, en noviembre de 1951, los estudiantes de una clase de educación cívica en el instituto negro segregado Adkin High School de Kinston, Carolina del Norte, discutían sobre las características que debería tener una escuela ideal para una tarea de clase. Cuando se dieron cuenta de que el instituto blanco local tenía todo lo que habían imaginado, se plantó la semilla de una protesta dirigida por los estudiantes. Sin la ayuda de ningún adulto, estos estudiantes se enfrentaron al consejo escolar local por la flagrante desigualdad de las escuelas locales. Cuando el consejo ignoró su petición de más fondos, los estudiantes se reunieron por su cuenta para planificar qué hacer a continuación. En una entrevista de grupo con estos antiguos alumnos, John Dudley recuerda: «Así que, esa semana, hasta el lunes, trazamos una estrategia. Y teníamos a todo el mundo a bordo, 720 estudiantes. Les dijimos que no contaran a sus padres ni a su profesor lo que estaba pasando. Y puedes creer que hasta el día de hoy, 2013, nadie me ha dicho que un adulto supiera lo que estaba pasando. Niños». Decidieron una frase codificada que se leyó durante los anuncios de la mañana. Todos los alumnos de la escuela salieron, recogieron pancartas que se habían hecho con antelación y marcharon al centro para protestar. Los alumnos se negaron a volver a la escuela durante una semana y, dieciocho meses después, el instituto Adkin fue renovado y dotado de un gimnasio nuevo. Sin embargo, seguiría segregada hasta 1970.
La desegregación no siempre fue una batalla en todas las comunidades del Sur. Lawrence Guyot, que más tarde se convertiría en un líder del Comité Coordinador Estudiantil No Violento, creció en Pass Christian, una ciudad de la costa del Golfo de Misisipi que estaba influenciada por los fuertes sindicatos de la industria de los astilleros y la Iglesia Católica. Explica cómo se eliminó la segregación en las escuelas católicas: «La Iglesia católica tomó en 1957 o 58 la decisión de eliminar la segregación en las escuelas. Lo hicieron así. El anuncio fue que teníamos dos programas. Tenemos la excomunión y tenemos la integración. Hagan su elección antes del viernes. Ahora había violencia en Luisiana. No pasó nada en la Costa del Golfo. Aprendí de primera mano que las instituciones pueden tener realmente un impacto en la política social.»
En una entrevista sobre su madre, la activista de los derechos civiles Gayle Jenkins, Willie «Chuck» Jenkins describe cómo ella le exigió que fuera el demandante en una demanda de desegregación escolar, Jenkins contra el Consejo Escolar de Bogalusa, en Luisiana. Se convirtió en el primer estudiante afroamericano en asistir a la escuela secundaria blanca de Bogalusa en 1967 y recuerda cómo tenía un pie en cada mundo, pero cada vez estaba más alejado de ambos: «La comunidad negra me echaba en cara su falta de respeto, porque solían decir: ‘Oh, te crees algo porque vas a la escuela de los blancos’. Ellos no sabían que yo estaba recibiendo un infierno en la escuela blanca. No tenía amigos, ya sabes. Así que siempre fue un conflicto». Pero al final, cree que valió la pena. Afirma: «Fue duro, pero ¿sabes qué? Si tuviera que volver a hacerlo, lo haría exactamente igual. Porque fue una causa que valió la pena, aunque siento que la gente en Bogalusa todavía no acepta tanto como podría.» El instituto siguió teniendo un baile de graduación separado para blancos y otro para negros hasta hace muy poco. Pero su madre, Gayle Jenkins, formaría parte del Consejo Escolar de Bogalusa durante veintisiete años.
Julia Matilda Burns describe sus experiencias como profesora, madre y miembro del consejo escolar en el condado de Holmes, Mississippi. Su marido era un activo trabajador de los derechos civiles y su trabajo como maestra se vio amenazado cuando se asoció con miembros del Comité Coordinador Estudiantil No Violento (SNCC). Cuando su hijo y otros niños afroamericanos intentaron integrar una escuela en Tchula en 1965, ésta fue incendiada dos veces. La comunidad blanca local creó su propia academia privada para blancos, un plan habitual para eludir la integración en todo el Sur. Ella continuó enseñando en una escuela pública y analiza las dificultades a las que se enfrentan los niños y jóvenes afroamericanos de las zonas rurales para conseguir una educación igualitaria en la actualidad.
Aunque el caso Brown v. Board of Education y muchos otros casos legales rompieron las barreras oficiales para que los afroamericanos obtuvieran una educación igualitaria, conseguir este ideal nunca ha sido fácil ni sencillo. El debate continúa hoy en día entre los responsables políticos, los educadores y los padres sobre cómo cerrar la brecha de rendimiento entre los niños de las minorías y los blancos. Ruby Sales, ex miembro del Comité Coordinador Estudiantil No Violento (SNCC) que más tarde se convirtió en la fundadora y directora de la organización sin ánimo de lucro Spirt House, señala que son pocos los que buscan en el pasado las respuestas a nuestros problemas actuales en materia de educación: «…Nos hemos ocupado de la contracultura de la educación, y qué podríamos aprender de esa contracultura durante la segregación que permitiera a los estudiantes negros no ser víctimas en las escuelas públicas hoy en día. Y una de las cosas que me perturbó tremendamente -y esto es sobre la narrativa otra vez: estos maestros negros del sur crearon estudiantes y líderes sobresalientes. Y muchos de ellos todavía existen. Y nadie se ha molestado en preguntarles: «¿Cómo lo hicisteis? ¿Qué podemos aprender de ustedes? ¿Cuáles fueron sus estrategias? ¿Cómo se enfrentaron a situaciones complicadas? ¿Cómo hicisteis para animar a los jóvenes a creer que podían marcar la diferencia incluso cuando el mundo blanco decía que no podían?»