El destino de la Biblioteca de Alejandría sigue siendo un misterio para muchos que creen en su pasado, ya que hay algunos que ni siquiera creen que haya existido en primer lugar. Con la inestable historia de la Ciudad Eterna -Roma-, no se sabe qué ocurrió realmente. La teoría más conocida es que fue destruida en un incendio que habría calcinado con ella miles de obras y textos antiguos. La idea de perder unas obras maestras tan valiosas -que habrían detallado el pasado y pintado una imagen sólida de cómo era- es suficiente para que los historiadores y los aficionados a la historia se estremezcan, aunque muchos siguen acudiendo allí para ver sus descubrimientos arqueológicos más recientes.
La causa exacta de la destrucción sigue siendo ampliamente desconocida, aunque la culpa se ha atribuido principalmente a una persona. Tanto si se trata de un acto malintencionado como de uno que se salió drásticamente de control, muchos están de acuerdo en que la biblioteca no estaba tan protegida como debería. Si es que existió, la gran cantidad de documentos históricos que contenía, junto con otros aspectos de este «Templo de las Musas», como se le llamó en su día, habría sido suficiente para llenar varios museos.