E-Hentai se lanzó como un grupo de Yahoo! el 1 de julio de 1999. El grupo se trasladó a un dominio .net en 2001 antes de pasar a su actual dominio .org en 2005, después de que la propiedad de su dominio .net caducara y fuera adquirida por otra parte. El 27 de marzo de 2010, E-Hentai anunció que, en respuesta a la presión de los anunciantes, dejaría de alojar obras de arte con personajes menores de edad (lolicon y shotacon) y zoofilia. Las galerías existentes con este contenido se eliminaron del sitio, lo que supuso la retirada de aproximadamente 30.000 de las 150.000 galerías del sitio web; este contenido se escindió posteriormente en Exhentai, un sitio hermano de E-Hentai. El acceso a Exhentai requiere una cuenta existente de E-Hentai; para las personas sin una cuenta, Exhentai aparece como una página en blanco con una ilustración de un panda llorando, y en consecuencia se ha ganado el apodo de «Panda triste» entre los usuarios del sitio. En junio de 2019, ambos sitios fueron eliminados de Google, de acuerdo con la política de la compañía de eliminar de la lista a los sitios web que violan la Ley de Derechos de Autor del Milenio Digital.
El 26 de julio de 2019, E-Hentai y Exhentai anunciaron que ambos sitios cerrarían en respuesta a «los recientes cambios legislativos en los Países Bajos», donde los servidores de los sitios estaban alojados en ese momento. Vice especuló que el cierre era una reacción a la Directiva sobre Derechos de Autor en el Mercado Único Digital adoptada por la Unión Europea en junio de 2019, que hace que las plataformas digitales sean legalmente responsables del material publicado por los usuarios que viola los derechos de autor, así como una propuesta de julio de 2019 del Ministro de Justicia holandés Ferdinand Grapperhaus para imponer castigos más duros a los sitios web que no eliminen rápidamente la pornografía infantil. Se avisó con 24 horas de antelación del cierre de Exhentai, lo que llevó a los usuarios del tablero de imágenes 4chan a intentar archivar todo el sitio antes de que se cerrara el 27 de julio. El 2 de agosto de 2019, Exhentai se relanzó después de que sus servidores se reubicaran en Moldavia.