Ortega volvió al poder tras derrotar al candidato conservador Eduardo Montealegre en las elecciones presidenciales de 2006. Parece haber cambiado el marxismo intransigente de su pasado por una política más pragmática, Ortega prometió mantener las reformas económicas de libre mercado de sus predecesores. Por su parte, el gobierno se centró en la difícil tarea de acabar con la corrupción oficial y mejorar las condiciones económicas generales, especialmente para los nicaragüenses más pobres. La entrada formal de Nicaragua en el Tratado de Libre Comercio entre Centroamérica y la República Dominicana (CAFTA-DR) con Estados Unidos en 2006 ayudó a Nicaragua a atraer inversiones, crear puestos de trabajo y promover el desarrollo económico. En 2007 se canceló la deuda de 1.000 millones de dólares del país con el Banco Interamericano de Desarrollo. Nicaragua siguió impulsando la estabilidad regional y las relaciones pacíficas con sus vecinos. En 2007, la Corte Internacional de Justicia resolvió un antiguo litigio marítimo con Honduras. En 2009, el mismo tribunal resolvió un prolongado conflicto con Costa Rica por el uso del río San Juan, que discurre a lo largo de la frontera entre Nicaragua y Costa Rica. En octubre de 2011, el Tribunal Supremo de Nicaragua levantó la prohibición constitucional de la reelección consecutiva del presidente, lo que permitió a Ortega presentarse de nuevo y ganar las elecciones presidenciales de noviembre, aunque hubo denuncias de fraude electoral. Además, los votantes entregaron al FSLN 62 escaños en la Asamblea Nacional de 90 miembros, una «supermayoría» que dio a los sandinistas una gran influencia sobre el rumbo del país.
Nicaragua también continuó siendo un gran beneficiario del CAFTA-DR, ya que Estados Unidos siguió siendo su mayor socio comercial a pesar de las incursiones económicas de China y Rusia. El pivote de Nicaragua hacia China se ejemplificó con el proyecto de construcción de un canal interoceánico a través de Nicaragua que fue impulsado por el multimillonario chino Wang Jing. En diciembre de 2014 se puso oficialmente la primera piedra del canal, que estaba previsto que fuera aproximadamente tres veces más largo que el Canal de Panamá. Sin embargo, la puesta en marcha efectiva del proyecto se retrasó hasta 2016, en gran medida por la preocupación sobre su impacto medioambiental, especialmente en el lago de Nicaragua. En octubre de 2015 se planteó la cuestión de si el canal llegaría a construirse cuando Wang sufrió un golpe en el colapso del mercado de valores chino, su fortuna personal cayó de 10.200 millones de dólares a unos 1.100 millones de dólares.
Mientras tanto, la popularidad de Ortega subió entre quienes se habían beneficiado de los programas sociales de su gobierno. Sin embargo, muchos miembros de la clase media se desencantaron con lo que consideraban un gobierno cada vez más autoritario de Ortega, la falta de transparencia de su gobierno y el aumento de su control sobre la Asamblea Nacional, los tribunales, el ejército y la policía. Además, parte de los beneficios del dinero del petróleo venezolano se invirtieron en empresas privadas controladas por la familia y los amigos de Ortega, que empezaron a entregarse a un consumo conspicuo que, según los críticos, reflejaba el del régimen de Somoza que los sandinistas habían derrocado. Las acusaciones de corrupción del gobierno aumentaron, pero la oposición se mantuvo fragmentada, y el FSLN utilizó su supermayoría en la legislatura para impulsar cambios en la constitución que eliminaban los límites de los mandatos presidenciales -lo que permitía a Ortega presentarse a la reelección en noviembre de 2016- y aumentaban la capacidad del jefe del ejecutivo para gobernar por decreto. Al mismo tiempo, el gobierno negó que una fuerza guerrillera de la Contra «rearmada» se hubiera levantado en armas contra él, aunque había pruebas de lo contrario. Ortega fue reelegido por un amplio margen. Obtuvo más del 72% de los votos, aunque la votación se llevó a cabo sin observadores internacionales y fue boicoteada por muchos miembros de la oposición, que calificaron las elecciones de farsa.
La esposa de Ortega, Rosario Murillo, que había sido la principal portavoz en el anterior gobierno de Ortega, fue elegida vicepresidenta. Al aumentar su influencia en el nuevo gobierno, ella y Ortega comenzaron a ser percibidos como copresidentes. Su sólido dominio del poder se vio amenazado en abril de 2018 cuando estallaron protestas y disturbios generalizados en respuesta a la aplicación por parte del gobierno de una reforma de la seguridad social que aumentaba las cotizaciones de empresarios y trabajadores al tiempo que reducía las prestaciones. A lo largo de varios días, el foco de las manifestaciones se desplazó hacia una denuncia general del régimen Ortega-Murillo y se extendió desde Managua a otras ciudades nicaragüenses. En el proceso, decenas de manifestantes murieron en enfrentamientos con la policía y los contramanifestantes enviados por el gobierno. Para aplacar el alboroto, Ortega anuló rápidamente los cambios en la seguridad social. Sin embargo, la violenta respuesta del gobierno a las manifestaciones provocó protestas más amplias, que se intensificaron hasta involucrar a decenas de miles de nicaragüenses en los meses siguientes. Aunque la mayoría de las manifestaciones fueron pacíficas, algunos manifestantes iban armados con cócteles molotov y morteros improvisados. El gobierno acusó a los manifestantes de haber dado un golpe de estado. En julio, la policía y las fuerzas paramilitares leales al gobierno retomaron dos lugares que se habían convertido en bastiones de la resistencia, la Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua en Managua y Monimbó, un suburbio de Masaya, que, significativamente, había sido un foco y un catalizador de la rebelión antisomocista durante la revolución sandinista. Se calcula que los muertos por la violencia iniciada en abril superaron los 300. Al pedir el fin de la violencia, un portavoz de derechos humanos de la ONU acusó a la policía y a las autoridades de ejecuciones extrajudiciales, torturas, detenciones arbitrarias y negación del derecho a la libertad de expresión. Otras organizaciones internacionales hicieron acusaciones similares, incluida la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), que se unió a la Organización de Estados Americanos y al gobierno nicaragüense para crear el Grupo Interdisciplinario de Expertos Independientes para investigar los abusos contra los derechos humanos, sólo para ver cómo el gobierno expulsaba a ese organismo en diciembre de 2019, en vísperas de la publicación de un informe condenatorio. La CIDH estimó que para enero de 2020 unos 88.000 nicaragüenses habían huido del país como consecuencia de los disturbios.
Los editores de la Enciclopedia Británica