En el infarto de miocardio, la isquemia del miocardio puede extenderse al endocardio, alterando el revestimiento interno del corazón (infarto «transmural»). Los infartos menos extensos suelen ser «subendocárdicos» y no afectan al epicardio. En el contexto agudo, los infartos subendocárdicos son más peligrosos que los transmurales porque crean una zona de tejido muerto rodeada por una región límite de miocitos dañados. Esta región dañada conducirá los impulsos con mayor lentitud, dando lugar a ritmos irregulares. La región dañada puede ampliarse o extenderse y convertirse en una amenaza para la vida. En el contexto crónico, los infartos transmurales son más peligrosos debido a la mayor cantidad de daño muscular y al desarrollo de tejido cicatrizal que conduce a un deterioro de la contractilidad sistólica, un deterioro de la relajación diastólica y un mayor riesgo de rotura y formación de trombos.
Durante la despolarización el impulso se lleva del endocardio al epicardio, y durante la repolarización el impulso se mueve del epicardio al endocardio.En la endocarditis infecciosa, el endocardio (especialmente el endocardio que recubre las válvulas del corazón) se ve afectado por bacterias.