El neoabsolutismo, 1841-59
Durante los primeros 10 años de su reinado, la época del llamado neoabsolutismo, el emperador -ayudado por destacados consejeros como Félix, príncipe zu Schwarzenberg (hasta 1852), Leo, Graf (conde) von Thun und Hohenstein, y Alexander, Freiherr (barón) von Bach-inauguró un régimen muy personal al intervenir tanto en la formulación de la política exterior como en las decisiones estratégicas de la época. Junto con Schwarzenberg, que se había convertido en primer ministro y ministro de Asuntos Exteriores en 1848, Francisco José se propuso poner en orden su imperio.
En asuntos exteriores Schwarzenberg logró una posición de poder para Austria; en particular, con la Punción de Olmütz (noviembre de 1850), en la que Prusia reconoció el predominio de Austria en Alemania. Sin embargo, en los asuntos internos, el duro gobierno de Schwarzenberg y la formación de un aparato policial intolerante evocaron un ambiente de rebelión latente. Este ambiente se hizo más amenazador después de 1851, cuando el gobierno retiró la promesa de una constitución, dada en 1849 bajo la presión de los problemas revolucionarios. Esa retractación tuvo largas secuelas y provocó la desconfianza permanente de los liberales hacia el gobierno de Francisco José. En 1853 hubo un atentado contra el emperador en Viena y en un motín en Milán.
Tras la muerte de Schwarzenberg (1852), Francisco José decidió no sustituirle como primer ministro y tomó él mismo una mayor participación en la política. La política errónea de Austria durante la Guerra de Crimea tuvo su origen en gran medida en el emperador, dividido entre la gratitud a Rusia por su ayuda en la sofocación de una rebelión en Hungría en 1849 y la ventaja que la monarquía podría obtener al ponerse del lado de Gran Bretaña y Francia. La movilización de una parte del ejército austriaco en Galitzia, en las fronteras de Rusia, resultó ser, en retrospectiva, un grave error. No se ganó ningún amigo para Austria entre las potencias occidentales, pero se perdió la considerable buena voluntad que el zar Nicolás I había albergado antes para Francisco José.
En casa, el neo-absolutismo dio lugar a un servicio civil dotado de expertos muy competentes que trataron de cumplir con los altos estándares del emperador, pero cuyas limitaciones, sin embargo, se hicieron cada vez más evidentes en 1859-60 cuando intentaron hacer frente a los complejos problemas financieros del imperio. Los gastos del ejército tuvieron que ser reducidos en 1859, cuando se inició una serie de guerras nefastas que sacudieron seriamente la reputación militar de Austria. Además, el régimen policial resultó ser impracticable a largo plazo. Así, el gobierno tomó decisiones militares críticas en un contexto de muchos problemas no resueltos en las finanzas y los asuntos internos. De muchas de estas decisiones, especialmente del desafortunado resultado de la guerra de 1859 contra el Reino de Cerdeña y el Imperio de Francia, fue responsable el emperador. Después de provocar a Austria para que entrara en guerra, Camillo Benso, conte di Cavour, primer ministro de Cerdeña, planeó utilizar el ejército francés para expulsar a Austria de Italia. Cuando el comandante en jefe imperial se mostró incapaz, el propio Francisco José asumió el mando supremo, pero no pudo evitar la derrota de Solferino (24 de junio de 1859). Consternado por la exigencia de Prusia de que, como condición para su intervención del lado del emperador, el ejército austriaco se pusiera bajo el mando prusiano, Francisco José se apresuró a concluir la Paz de Villafranca en julio de 1859, en virtud de la cual Lombardía era cedida a Cerdeña. Sin estar de acuerdo con este acuerdo, Francisco José adoptó una política exterior que preparaba el camino para un paso por las armas con Italia y Prusia, mediante el cual esperaba recuperar para Austria su antigua posición en Alemania e Italia, tal y como había sido establecida por Metternich en 1814-15.