El juego comienza con el jugador habiendo recibido una flota de exploración de la corona española, que consiste en cuatro barcos, cien hombres y algunos bienes comerciales. El juego aparece mostrando una ciudad en España, una representación bastante simplificada en 2D de desplazamiento lateral de la ciudad que consiste en la casa del jugador, un palacio, una taberna y una armada. El jugador puede caminar por la ciudad con el joystick, entrando en los edificios para interactuar con ellos a través de los menús. Por ejemplo, al entrar en la tienda de armas aparecerá un menú que permite al usuario comprar suministros, hombres y productos comerciales. La interacción en España es bastante limitada; el jugador pronto se desplaza a los barcos, en un extremo del mapa de la ciudad, para salir del puerto.
La mayor parte del juego se desarrolla en una pantalla de juego con un pequeño mapa desplazable de arriba abajo en el centro y una serie de pantallas de estado que lo rodean. Tras salir del puerto, la pantalla cambia a este mapa y el jugador guía el barco hacia el Nuevo Mundo. En cualquier momento, el jugador puede abrir un menú con contenidos basados en la ubicación actual del jugador. Por ejemplo, si el menú aparece en el barco, los elementos permiten ver el mapa o «dejar cosas», lo que permite crear grupos de exploración dejando hombres y suministros desde los barcos. Cuando el jugador está en tierra como parte de un grupo de exploración, el mismo elemento del menú crea un fuerte cuando se dejan hombres en él.
Los nativos pueden ser atacados simplemente moviéndose sobre ellos. Unas pocas muertes accidentales son aceptables para el pueblo, y a veces inevitables, pero demasiadas y los nativos se volverán hostiles y atacarán a la partida. En muchos casos, los españoles pueden abrumar a los nativos, que acabarán abandonando la lucha y permitirán a los españoles saquear el pueblo. Las emboscadas también son comunes, entre los pueblos.
Mucho de Siete Ciudades de Oro fue influenciado por los relatos históricos de la época. Las interacciones con los nativos podían ser pacíficas u hostiles, o convertirse en hostiles debido a la barrera del idioma. Aunque se podría suponer que el objetivo del juego es volver con riquezas del Nuevo Mundo, en realidad no hay ningún objetivo. El juego no tiene un sistema de puntuación y proporciona al jugador información sobre el Rey, pero no interfiere, si matan a los nativos. Según Bunten, de una entrevista en Antic:
El enfoque pacífico es el que mejor funciona. No he utilizado un enfoque totalmente depravado y he ganado. Tienes que tener algunos amigos en alguna parte. Si algo sale mal, necesitas una misión amistosa donde puedas volver y no tener que preocuparte por una insurrección o algo así. Un lugar al que puedas volver y saber que habrá comida, por ejemplo. Necesitas una serie de estos lugares relativamente seguros incluso si vas a una misión de conquista. Si abusas continuamente de los nativos, acabarás viendo un mensaje del rey que te dirá: «No trates tan mal a los nativos. Pero sigue trayendo el oro’. Este doble rasero está sacado de la historia».
El tamaño del Nuevo Mundo fue uno de los conceptos que se integraron en el diseño; la tierra tenía que ser detallada y diversa. Como resultado, el almacenamiento y la recuperación de datos se convirtieron en un problema importante, sobre todo porque los desarrolladores no querían que los largos tiempos de carga interfirieran en el juego. Como describe Bunten, «Nuestra única salida fue utilizar tecnologías que no teníamos hasta que nos vimos obligados a inventarlas». El juego utilizó un sistema de streaming para poder cargar el mapa sin interrumpir la partida. El juego viene con un único «mundo» estrechamente modelado en el real, incluyendo detalles tan pequeños como los Cayos de Florida y los ríos más conocidos. El juego también incluye un motor de creación de mundos que permite al usuario construir un Nuevo Mundo verdaderamente nuevo, guardándolo en un disco suministrado por el usuario.
Los mapas del juego incluyen una o más «ciudades perdidas» que están ocultas por un icono de montaña en lugares que suelen estar alejados de otras masas de tierra. Los exploradores que tropiecen con una de estas ciudades ocultas serán recibidos con el mensaje «Señor, hemos descubierto una ciudad perdida.» Los habitantes de este tipo de aldeas son dóciles y huyen del jugador, y cuando se aborda al jefe de la aldea, el juego informará al jugador de que «¡Podemos tomar lo que queramos como tributo!» y el usuario podrá adquirir una cantidad considerable de oro sin tener que comerciar.