En 1957, la creciente necesidad de una institución cristiana evangélica en el área de San Luis impulsó la apertura de una extensión del campus del Hannibal-LaGrange College en la Iglesia Bautista Tower Grove. Ese año inaugural se matricularon 68 estudiantes.
Las clases del centro de extensión, también conocido como St. Louis Baptist College, se reunían en el edificio de actividades de la Iglesia Bautista Tower Grove. En 1964, el Missouri Baptist College se constituyó como una universidad cristiana evangélica de artes liberales de cuatro años de duración. Bajo los auspicios del Hannibal-LaGrange College y la dirección de su presidente, el Dr. L.A. Foster, se ofrecieron cursos de Biblia para pastores y laicos. Durante el segundo trimestre, se solicitaron y se impartieron varios cursos de artes liberales. La influencia de los estudiantes, junto con el trabajo de organización de los líderes bautistas de San Luis, pastores y laicos, influyeron en los estatutos de la MBU. La primera reunión del Consejo de Administración del Missouri Baptist College se celebró en enero de 1964. El Dr. Frank Kellogg fue el primer presidente de la Junta de Fideicomisarios y más tarde el segundo presidente.
En julio de 1964, los líderes adquirieron el sitio del campus principal de MBU, un terreno metropolitano cerca de la Interestatal 270 y la Ruta 40 de los Estados Unidos en el oeste del condado de Saint Louis. En septiembre de 1968, 186 estudiantes comenzaron las clases, triplicando el tamaño de la institución en poco más de una década. En mayo de 1973, el Missouri Baptist College graduó a su primera clase de veintinueve estudiantes, cada uno de los cuales obtuvo un título de Bachelor of Arts.
En 1980, el Missouri Baptist College comenzó un nuevo capítulo de su vida con la finalización de los Pillsbury-Huff Residence Halls, convirtiéndose de un campus de cercanía a una institución residencial. En el otoño de 1986, MBC comenzó a ofrecer cursos en los condados de Jefferson y Franklin.
El Dr. R. Alton Lacey tomó las riendas de Missouri Baptist University en 1995 como sexto presidente de la universidad. Bajo su liderazgo, la matrícula de MBU se duplicó con creces; la universidad introdujo programas de postgrado y nuevas titulaciones de grado; y MBU llevó a cabo una exitosa campaña de 10 millones de dólares, el mayor proyecto de desarrollo en la historia de MBU.
En abril de 2000, la universidad fue aprobada para ofrecer el Máster en Ciencias de la Educación. En la actualidad, el programa de postgrado de la MBU incluye un Máster en Administración de Empresas y un Máster en Ministerio Cristiano, así como una oferta ampliada de su programa de postgrado inicial, el Máster en Ciencias de la Educación.
En la primavera de 2002, el campus completó la campaña Espíritu de Excelencia con la dedicación de la nueva Capilla Pillsbury y el Centro de Bellas Artes Dale Williams, de 10 millones de dólares. El edificio, que abarca más de 5.400 m2, sirve de sede a eventos musicales, religiosos, empresariales, educativos y comunitarios. La campaña Espíritu de Excelencia también permitió la renovación del Salón Académico Thomas y Virginia Field, una cafetería y una librería mucho más grandes, una nueva sala de estudiantes, un laboratorio de informática mejorado y numerosas oficinas y aulas. También en 2002, el Missouri Baptist College se convirtió en la Missouri Baptist University. En el otoño de 2005, la matrícula de MBU alcanzó un máximo histórico de 4.460 estudiantes. En sus treinta y cuatro ejercicios de graduación, MBU confirió 579 títulos, otro récord de MBU. Durante el verano de 2007, la Biblioteca Jung-Kellogg de MBU fue renovada y se añadió una nueva cafetería. En el semestre de otoño de 2009, la universidad comenzó a ofrecer su primer programa de doctorado, un Doctorado en Educación.
En 2017, el Dr. R. Alton Lacey anunció su retiro después de 23 años como presidente de MBU. En el otoño de 2017, el Dr. Keith L. Ross fue nombrado séptimo presidente de MBU. Lacey asumió el papel de canciller en enero de 2018.
Hubo renovaciones en curso en la biblioteca e importantes adiciones al campo de fútbol durante el verano de 2019. La biblioteca se ha transformado en un espacio de aprendizaje común. En 2019, después de un pleito de 17 años la Universidad Bautista de Missouri volvió a estar bajo la jurisdicción de la Junta Directiva de la Convención Bautista de Missouri.