El motor diesel Cummins ISX puede funcionar en una configuración de doble combustible, lo que significa que puede funcionar correctamente con combustible diesel y gas natural. La quema de una alternativa de gas natural preserva la eficiencia térmica del diesel. A su vez, el motor más eficiente puede producir menos emisiones. El ISX puede conseguirlo alterando el retardo del encendido y el tiempo de inyección. Al examinar el inicio de la combustión (SOC), el ordenador del motor es capaz de emplear una correlación predictiva del retardo del encendido. Las características predictivas del motor maximizan tanto la eficiencia como la potencia útil para la fuente de combustible dada. Se realizan compensaciones para el gas natural de modo que la banda de potencia y el rango de funcionamiento sigan siendo funcionales para los clientes, al tiempo que se reducen las emisiones. La EPA también ha realizado pruebas con el Cummins ISX para el uso de gas natural que han dado como resultado una importante reducción de las emisiones de NOx. La configuración cuenta con un noventa por ciento menos de emisiones de NOx que la norma actual de la EPA. Esto hace que el Cummins ISX que quema gas natural sea uno de los motores diesel más limpios del mundo. El ISX también utiliza un DPF, o filtro de partículas diesel, exigido por la EPA. El DPF filtra las partículas sólidas en el escape del motor, reduciendo las emisiones del tubo de escape. Sin embargo, el DPF tiene que ser mantenido regularmente, debido a su intrincado diseño. El sistema de control de emisiones instituye una regeneración del filtro que quema las partículas. Cualquier incombustible que se encuentre en los aditivos de lubricación permanecerá en el DPF, lo que puede causar problemas de contrapresión y eficiencia. Esto significa que el DPF debe ser retirado y limpiado regularmente para el Cummins ISX. Un aceite sin cenizas podría significar que la limpieza sería innecesaria, pero puede inhibir las propiedades de lubricación. Se ha estudiado un aceite sin fósforo y se ha descubierto que es ideal para los sistemas DPF y la lubricación. El aceite muestra resultados satisfactorios tanto para los depósitos en los pistones como para el consumo de aceite, lo que significa que el sistema DPF se optimizaría con el uso de aceite con cero fósforo y ultra bajo en azufre. El Cummins ISX también utilizó DEF, o líquido de escape diesel, en modelos posteriores cuando cambiaron los requisitos de la EPA. El DEF es un sistema de urea inyectada que reduce las emisiones de un motor diesel. El Cummins ISX está obligado a tener inhibidores para ciertos fallos del sistema DEF. Cuando el depósito de DEF está bajo o vacío, el ISX corta la potencia en un veinticinco por ciento. Los cortes de energía y las advertencias al conductor también se utilizan cuando el sistema DEF ha sido manipulado o no funciona correctamente. Cummins ha corregido varios fallos de funcionamiento y ha llevado a cabo una investigación basada en el cliente de varios millones de millas de uso en carretera del Cummins ISX para hacer que el sistema DEF sea lo más funcional posible. El sistema también está obligado a disminuir la potencia ante cualquier problema para reducir las emisiones a un mínimo absoluto.