Hay dos teorías sobre la génesis de la novela epistolar. La primera afirma que el género se originó a partir de las novelas con cartas intercaladas, en las que se fue reduciendo la parte que contenía la narración en tercera persona entre las cartas. La otra teoría afirma que la novela epistolar surgió a partir de misceláneas de cartas y poesía: algunas de las cartas se unían en una trama (en su mayoría amorosa). Ambas afirmaciones tienen cierta validez. La primera novela verdaderamente epistolar, la «Cárcel de amor» (c.1485) de Diego de San Pedro, pertenece a una tradición de novelas en las que un gran número de cartas insertadas ya dominaban la narración. Otros ejemplos conocidos de las primeras novelas epistolares están estrechamente relacionados con la tradición de los libros de cartas y las misceláneas epistolares. En las sucesivas ediciones de las Cartas de respeto, de gratitud y de amor (Lettres de respect, d’obligation et d’amour) de Edmé Boursault (1669), un grupo de cartas escritas a una muchacha llamada Babet se amplía y se distingue cada vez más de las otras cartas, hasta formar una pequeña novela epistolar titulada Cartas a Babet (Lettres à Babet). Las inmensamente famosas Cartas de una monja portuguesa (Lettres portugaises) (1669) atribuidas generalmente a Gabriel-Joseph de La Vergne, conde de Guilleragues, aunque una pequeña minoría sigue considerando a Marianna Alcoforado como la autora, se afirma que forman parte de una miscelánea de prosa y poesía de Guilleragues. Muchos dicen que el fundador de la novela epistolar en inglés es James Howell (1594-1666) con «Cartas familiares» (1645-50), que escribe sobre la cárcel, las aventuras en el extranjero y el amor a las mujeres.
La primera novela en exponer el complejo juego que permite el género fue Love-Letters Between a Nobleman and His Sister de Aphra Behn, que apareció en tres volúmenes en 1684, 1685 y 1687. La novela muestra los resultados del género de las perspectivas cambiantes: los puntos individuales fueron presentados por los personajes individuales, y la voz central del autor y la evaluación moral desapareció (al menos en el primer volumen; sus volúmenes posteriores introdujeron un narrador). Además, Behn exploró un ámbito de intriga con cartas que caen en manos equivocadas, cartas falsas, cartas retenidas por los protagonistas y una interacción aún más compleja.
La novela epistolar como género se popularizó en el siglo XVIII en las obras de autores como Samuel Richardson, con sus inmensamente exitosas novelas Pamela (1740) y Clarissa (1749). La primera novela erótica de John Cleland, Fanny Hill (1748), está escrita como una serie de cartas del personaje titular a un destinatario sin nombre. En Francia, las Lettres persanes (1721) de Montesquieu, seguidas de Julie, ou la nouvelle Héloïse (1761) de Jean-Jacques Rousseau, y Les Liaisons dangereuses (1782) de Choderlos de Laclos, que utilizaron la forma epistolar con gran efecto dramático, ya que la secuencia de acontecimientos no siempre se relata de forma directa o explícita. En Alemania, se publicaron Las penas del joven Werther (Die Leiden des jungen Werther) (1774), de Johann Wolfgang von Goethe, y Hyperion, de Friedrich Hölderlin. La primera novela canadiense, La historia de Emily Montague (1769), de Frances Brooke, y veinte años más tarde la primera novela estadounidense, El poder de la simpatía (1789), de William Hill Brown, fueron escritas en forma epistolar.
A partir del siglo XVIII, la forma epistolar fue objeto de muchas burlas, lo que dio lugar a una serie de burlas salvajes. El ejemplo más notable fue Shamela (1741) de Henry Fielding, escrita como parodia de Pamela. En ella, la narradora se encuentra empuñando una pluma y garabateando sus anotaciones en el diario en las circunstancias más dramáticas e inverosímiles. Oliver Goldsmith utilizó el formato con efecto satírico en El ciudadano del mundo, subtitulado «Cartas de un filósofo chino residente en Londres a sus amigos de Oriente» (1760-61). También lo hizo la diarista Fanny Burney en una primera novela cómica de gran éxito, Evelina (1788).
La novela epistolar cayó lentamente en desuso a finales del siglo XVIII. Aunque Jane Austen probó el epistolario en sus escritos juveniles y en su novela Lady Susan (1794), abandonó esta estructura en su obra posterior. Se cree que su novela perdida Primeras impresiones, que fue reformulada para convertirse en Orgullo y prejuicio, pudo ser epistolar: Orgullo y prejuicio contiene un número inusual de cartas citadas en su totalidad y algunas desempeñan un papel fundamental en la trama.
La forma epistolar, no obstante, siguió utilizándose, sobreviviendo en excepciones o en fragmentos en las novelas del siglo XIX. En la novela de Honoré de Balzac Cartas de dos novias, dos mujeres que se hicieron amigas durante su educación en un convento se escriben a lo largo de 17 años, intercambiando cartas que describen sus vidas. Mary Shelley emplea la forma epistolar en su novela Frankenstein (1818). Shelley utiliza las cartas como uno de los diversos dispositivos de encuadre, ya que la historia se presenta a través de las cartas de un capitán de barco y explorador científico que intenta llegar al polo norte y que se encuentra con Victor Frankenstein y registra la narración y las confesiones del moribundo. Publicada en 1848, la novela de Anne Brontë El inquilino de Wildfell Hall se enmarca como una carta retrospectiva de uno de los héroes principales a su amigo y cuñado con el diario del inquilino epónimo en su interior. A finales del siglo XIX, Bram Stoker publicó una de las novelas en forma epistolar más reconocidas y exitosas hasta la fecha, Drácula. Impresa en 1897, la novela se compone en su totalidad de cartas, entradas de diarios, recortes de periódicos, telegramas, notas del médico, diarios de a bordo, y similares.