À la fin de sa vie, Newton était l’un des hommes les plus célèbres d’Angleterre, sa prééminence en matière scientifique étant incontestée. Il était également devenu un homme riche ; il investissait judicieusement ses revenus substantiels et avait suffisamment d’argent pour faire des dons importants à des œuvres de charité et laisser une petite fortune dans son testament. Quant à savoir s’il était heureux, c’est une autre question. Il ne s’est jamais fait d’amis facilement et, dans les dernières années de sa vie, son mélange particulier de fierté, d’insécurité et de distraction semble avoir nui à ses relations. Il ne s’est jamais marié et a vécu comme le « moine de la science », ayant canalisé toute son énergie sexuelle dans son travail. Ses seules relations étroites avec des femmes étaient familiales : avec sa nièce, avec laquelle il a vécu pendant quelques années, et bien avant, avec sa mère, qui était morte en 1679. Vers 1700, il avait brièvement courtisé une riche veuve, mais rien n’en est sorti.
Dans sa vieillesse, la santé de Newton a commencé à se détériorer : octogénaire, il a commencé à souffrir d’incontinence, due à une faiblesse de la vessie, et ses mouvements et son alimentation sont devenus limités. Il mange principalement des légumes et du bouillon, et souffre d’un calcul dans la vessie. En 1725, il tombe malade de la goutte, et souffre d’hémorroïdes l’année suivante. Pendant ce temps, la douleur causée par ses calculs vésicaux s’aggrave et, le 19 mars 1727, il s’évanouit et ne reprend jamais conscience. Il meurt le 20 mars, à l’âge de quatre-vingt-cinq ans, et est enterré dans l’abbaye de Westminster ; ses funérailles sont suivies par tous les personnages éminents d’Angleterre, et son cercueil est porté par des nobles. Ce furent, nota un contemporain, des funérailles dignes d’un roi.
Sa renommée n’a fait que croître avec sa mort. Des décennies plus tard, le philosophe David Hume écrira que Newton était « le plus grand et le plus rare génie qui se soit jamais levé pour l’ornement et l’instruction de l’espèce. » Alexander Pope, le grand poète anglais, a composé une épitaphe : « La nature et les lois de la nature étaient cachées dans la nuit ; / Dieu a dit : « Que Newton soit ! » et tout s’est éclairé. » Il s’agit bien sûr d’une exagération ; l’exploit de Newton n’était pas un éclat de lumière contre les ténèbres, mais plutôt une explosion parmi d’autres dans la progression de la révolution scientifique. Mais il s’agissait de la plus grande explosion, et de loin, et l’impact de Newton sur le monde de la pensée occidentale peut être comparé à celui de personnages comme Platon, Aristote, Galilée et même Jésus. Toutes les idées qu’il a poursuivies n’ont pas abouti à un triomphe ; ses systèmes mathématiques se sont révélés un peu moins performants que ceux de Leibniz, et ses innombrables écrits sur l’alchimie et la théologie ont langui, et ne sont plus lus que par les biographes qui cherchent à mieux comprendre cet homme complexe et contradictoire. Mais les triomphes de Newton, et les principes universels qu’ils ont mis en évidence, n’ont pas trouvé d’équivalent dans la science de son époque. Comme le penseur français Laplace devait le remarquer, un peu à regret, il n’y avait qu’un seul univers, donc un seul homme pouvait découvrir sa « loi fondamentale ». Cette loi était la gravité, et cet homme, pendant des centaines d’années, a été Isaac Newton.
En fin de compte, bien sûr, Laplace a eu tort. Au 20e siècle, Albert Einstein allait bouleverser la compréhension newtonienne de l’univers, en montrant que les choses que Newton avait considérées comme absolues – espace, distance, temps, mouvement – étaient en fait relatives. Einstein allait montrer que l’espace et le temps ne formaient qu’un seul tissu, appelé « espace-temps », que l’univers était plus vaste et plus fantastique que Newton ne l’avait imaginé, et que les formules et les lois unifiées ne pouvaient plus s’appliquer. Et pourtant, ces merveilles découvertes par la suite n’auraient peut-être pas surpris le grand scientifique. Lorsqu’on lui demanda, alors qu’il était âgé, de faire le bilan de ses réalisations, Newton répondit : « Je ne sais pas ce que je peux paraître au monde ; mais pour moi, il me semble que je n’ai été que comme un garçon jouant au bord de la mer, et se détournant de temps en temps pour trouver un caillou plus lisse ou un coquillage plus joli que l’ordinaire, alors que le grand océan de la vérité se trouvait tout entier non découvert devant moi. »