En 1957, un besoin croissant d’une institution chrétienne évangélique dans la région de St. Louis a entraîné l’ouverture d’une extension du campus du Hannibal-LaGrange College à Tower Grove Baptist Church. Soixante-huit étudiants étaient inscrits cette année inaugurale.
Les classes du centre d’extension, également connu sous le nom de St. Louis Baptist College, se réunissaient dans le bâtiment des activités de Tower Grove Baptist Church. En 1964, le Missouri Baptist College a reçu une charte en tant que collège chrétien évangélique de quatre ans d’arts libéraux. Sous les auspices du Hannibal-LaGrange College et sous la direction de son président, le Dr L.A. Foster, des cours bibliques ont été proposés aux pasteurs et aux laïcs. Au cours du deuxième trimestre, plusieurs cours d’arts libéraux ont été demandés et fournis. L’influence des étudiants, ainsi que le travail d’organisation des dirigeants baptistes de St Louis, des pasteurs et des laïcs, ont influencé la charte de la MBU. La première réunion du conseil d’administration du Missouri Baptist College s’est tenue en janvier 1964. Le Dr Frank Kellogg a été le premier président du conseil d’administration et plus tard le deuxième président.
En juillet 1964, les dirigeants ont acquis le site du campus principal de MBU, un terrain métropolitain près de l’Interstate 270 et de la route américaine 40 dans le comté de West Saint Louis. En septembre 1968, 186 étudiants ont commencé les cours, faisant plus que tripler la taille de l’institution en un peu plus d’une décennie. En mai 1973, le Missouri Baptist College a diplômé sa première classe de vingt-neuf étudiants, chacun obtenant un baccalauréat ès arts.
En 1980, le Missouri Baptist College a entamé un nouveau chapitre de sa vie avec l’achèvement des résidences Pillsbury-Huff, passant d’un campus de banlieue à une institution résidentielle. À l’automne 1986, le MBC a commencé à offrir des cours dans les comtés de Jefferson et de Franklin.
Le Dr R. Alton Lacey a pris les rênes de l’Université baptiste du Missouri en 1995 en tant que sixième président de l’université. Sous sa direction, le nombre d’inscriptions à MBU a plus que doublé ; l’université a introduit des programmes de troisième cycle, des programmes post-universitaires et de nouveaux diplômes de premier cycle ; MBU a organisé une campagne réussie de 10 millions de dollars, le plus grand projet de développement de l’histoire de MBU.
En avril 2000, le collège a été approuvé pour offrir le Master of Science in Education. Aujourd’hui, le programme d’études supérieures de MBU comprend une maîtrise en administration des affaires et une maîtrise ès arts en ministère chrétien, ainsi qu’une offre élargie de son programme d’études supérieures initial, la maîtrise en sciences de l’éducation.
Au printemps 2002, le campus a achevé la campagne Spirit of Excellence avec l’inauguration de la nouvelle chapelle Pillsbury et du centre des beaux-arts Dale Williams, d’une valeur de 10 millions de dollars. Le bâtiment, qui s’étend sur plus de 58 000 pieds carrés (5 400 m2), sert d’hôte à des événements musicaux, religieux, commerciaux, éducatifs et communautaires. La campagne Spirit of Excellence a également permis de rénover le Thomas and Virginia Field Academic Hall, d’agrandir la cafétéria et la librairie, de créer un nouveau salon pour les étudiants, d’améliorer le laboratoire informatique et de créer de nombreux bureaux et salles de classe. En 2002 également, le Missouri Baptist College est devenu la Missouri Baptist University. À l’automne 2005, le nombre d’inscriptions à l’UMB a atteint le chiffre record de 4 460 étudiants. Lors de sa trente-quatrième cérémonie de remise des diplômes, MBU a décerné 579 diplômes, un autre record MBU. Au cours de l’été 2007, la bibliothèque Jung-Kellogg de MBU a été rénovée et un nouveau café a été ajouté. Au semestre d’automne 2009, l’université a commencé à offrir son premier programme de doctorat, un doctorat en éducation.
En 2017, le Dr R. Alton Lacey a annoncé sa retraite après 23 ans en tant que président de MBU. À l’automne 2017, le Dr Keith L. Ross a été nommé comme septième président de MBU. Lacey a assumé le rôle de chancelier en janvier 2018.
Des rénovations continues de la bibliothèque et des ajouts majeurs au terrain de football ont eu lieu pendant l’été 2019. La bibliothèque a maintenant été transformée en un espace commun d’apprentissage. En 2019, après un procès de 17 ans, l’Université baptiste du Missouri est revenue sous la juridiction du conseil d’administration de la Convention baptiste du Missouri.
Il y a eu des rénovations dans la bibliothèque et des ajouts importants au terrain de football pendant l’été 2019.