Crisisfase (10 december 1898 – 31 oktober 1899): De Amerikaanse regering nam de Filippijnen formeel over van Spanje met de ondertekening van het Verdrag van Parijs op 10 december 1898. De Amerikaanse regering kondigde op 21 december 1898 het militaire bewind over de Filippijnen af. Emilio Aguinaldo, een Filippijnse nationalist, riep op 5 januari 1899 de onafhankelijkheid van de Filippijnen uit. Emilio Aguinaldo vestigde op 23 januari 1899 een rebellenregering in Malolos, en Emilio Aguinaldo werd benoemd tot president van de rebellenregering. Op 4 februari 1899 raakten Amerikaanse troepen en Filippino’s slaags in Manilla. Op 18 mei 1899 namen Amerikaanse troepen de controle over Jolo op het eiland Sulu over.
Conflictfase (1 november 1899- 13 april 1902): Emilio Aguinaldo leidde vanaf 1 november 1899 een opstand tegen de militaire regering van de VS op de Filippijnen. Ongeveer 200 Filippijnse rebellen onder bevel van generaal Licerio Geronimo vielen op 19 december 1899 Amerikaanse troepen onder bevel van generaal Henry Ware Lawton aan bij San Mateo, waarbij generaal Lawton en 13 andere Amerikaanse soldaten om het leven kwamen. Op 15-19 april 1900 raakten Amerikaanse troepen slaags met Filippijnse rebellen bij Catubig, waarbij zo’n 150 rebellen en ten minste 21 Amerikaanse soldaten omkwamen. Op 4 juni 1900 raakten Amerikaanse troepen slaags met Filippijnse rebellen bij Cagayan de Misamis, waarbij negen Amerikaanse soldaten en één rebel om het leven kwamen. Op 13 september 1900 raakten Amerikaanse troepen slaags met Filippijnse rebellen bij Pulang Lupa op het eiland Marinduque, waarbij vier Amerikaanse soldaten om het leven kwamen. Amerikaanse troepen onder bevel van kolonel Benjamin F. Cheatham jr. raakten op 17 september 1900 slaags met Filippijnse rebellen onder bevel van generaal Juan Cailles bij Mabitac, waarbij 21 Amerikaanse soldaten en 11 rebellen om het leven kwamen. Emilio Aguinaldo werd op 23 maart 1901 gevangen genomen door Filippijnse troepen die loyaal waren aan de Amerikaanse regering, en hij werd vervangen door generaal Miguel Malvar als leider van de rebellen. Emilio Aguinaldo legde op 19 april 1901 een eed van trouw af aan de Amerikaanse regering. Moros vielen op 28 september 1901 Amerikaanse troepen aan in de stad Balangiga op het eiland Samar, wat resulteerde in de dood van ongeveer 48 Amerikaanse soldaten en 28 Moros. Het Amerikaanse leger vestigde en onderhield van januari tot april 1902 concentratiekampen (reconcentrados) met zo’n 298.000 Filippino’s in de provincie Batangas, waarbij zo’n 8.350 Filippino’s om het leven kwamen. Amerikaanse en Filippijnse troepen onderdrukten de opstand met de overgave van generaal Miguel Malvar op 16 april 1902. Ongeveer 200.000 Filippino’s, 4.234 Amerikaanse soldaten en 20.000 Filippijnse soldaten kwamen tijdens het conflict om het leven.
Post-Conflict Fase (17 april 1902-Juni 15, 1913): Amerikaanse troepen onder bevel van kolonel Frank Baldwin raakten op 2 mei 1902 slaags met Moros in de buurt van Bayan op het eiland Mindanao, waarbij ongeveer 350 Moros en elf Amerikaanse soldaten om het leven kwamen. Het Amerikaanse Congres keurde op 1 juli 1902 de Filippijnenwet goed, die de Filippijnen een beperkt zelfbestuur gaf. De Amerikaanse regering verving op 4 juli 1902 de militaire regering in de Filippijnen door een burgerregering onder leiding van William Howard Taft. De Amerikaanse president Teddy Roosevelt kondigde op 4 juli 1902 een algemene amnestie af voor de Filippijnse rebellen. Generaal Luke Wright werd op 1 februari 1904 beëdigd als Amerikaans gouverneur van de Filippijnen. Ongeveer 790 Amerikaanse troepen onder bevel van kolonel J. W. Duncan raakten op 5-7 maart 1906 slaags met Moros bij Bud Dajo, waarbij honderden Moro mannen, vrouwen en kinderen omkwamen. Ongeveer 21 Amerikaanse soldaten werden ook gedood tijdens de gevechten bij Bud Dajo. Henry Clay Ide werd op 2 april 1906 beëdigd als Amerikaans gouverneur van de Filippijnen, en James Smith werd op 20 september 1906 beëdigd als Amerikaans gouverneur van de Filippijnen. De Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) werd opgericht op 12 maart 1907. Op 30 juli 1907 werden parlementsverkiezingen gehouden en de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) won 59 van de 80 zetels in het Filippijnse parlement. De Progressieve Partij (Partido Progresista – PP) behaalde 16 zetels in de Filippijnse Assemblee. De Filippijnse Assemblee kwam op 16 oktober 1907 in Manilla bijeen. Op 2 november 1909 werden parlementsverkiezingen gehouden en de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) won 62 van de 81 zetels in de Filippijnse Assemblee. De Progressieve Partij (Partido Progresista – PP) won 17 zetels in het Filippijnse parlement. Generaal-majoor John J. Pershing kreeg op 11 november 1909 het gouverneurschap over de Moro provincie. Op 8 september 1911 vaardigde generaal-majoor Pershing een uitvoeringsbevel uit voor de volledige ontwapening van Moro’s in de Moro provincie. Op 4 juni 1912 werden parlementsverkiezingen gehouden en de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) won 62 van de 81 zetels in de Filippijnse Assemblee. De Progressieve Partij (Partido Progresista – PP) won 16 zetels in het Filippijnse parlement. Amerikaanse troepen onderdrukten de 14 jaar durende Moro-opstand in het zuiden van de Filippijnen op 15 juni 1913. Ten minste 10.000 Moros, 630 Amerikaanse soldaten, 116 Filippijnse soldaten en 750 Filippijnse politieagenten werden gedood tijdens de opstand.
Post-crisisfase (16 juni 1913 – 7 december 1941): Francis Harrison werd op 21 augustus 1913 beëdigd als Amerikaans gouverneur van de Filippijnen. Op 6 juni 1916 werden parlementsverkiezingen gehouden en de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) won 75 van de 90 zetels in het Huis van Afgevaardigden. Het Amerikaanse Congres keurde op 29 augustus 1916 de Jones Act goed, die voorzag in een tweekamerstelsel voor de Filippijnse wetgevende macht, met een Huis van Afgevaardigden en een Senaat. Op 3 juni 1919 werden parlementsverkiezingen gehouden en de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) won 75 van de 90 zetels in het Huis van Afgevaardigden. Generaal Leonard Wood werd op 5 oktober 1921 beëdigd als Amerikaans gouverneur van de Filippijnen. Op 6 juni 1922 werden parlementsverkiezingen gehouden en de twee grootste facties van de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) wonnen 64 van de 93 zetels in het Huis van Afgevaardigden. De Filippijnse Assemblee keurde op 19 november 1924 een resolutie goed waarin “volledige onafhankelijkheid” van de VS werd geëist. Op 2 juni 1925 werden er parlementsverkiezingen gehouden en de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) won 64 van de 92 zetels in het Huis van Afgevaardigden. De Filippijnse Assemblee diende op 7 december 1925 een petitie in bij het Amerikaanse Congres waarin onafhankelijkheid werd geëist. De Filippijnse Assemblee keurde op 26 juli 1926 een resolutie goed die opriep tot een volksreferendum over onafhankelijkheid, maar gouverneur Wood sprak zijn veto uit over de resolutie. Gouverneur Wood overleed op 7 augustus 1927 en Henry Stimson werd op 13 december 1927 beëdigd als Amerikaans gouverneur van de Filippijnen. Dwight Davis werd op 17 mei 1929 beëdigd als Amerikaans gouverneur van de Filippijnen. Op 5 juni 1928 werden parlementsverkiezingen gehouden en de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) won 71 van de 94 zetels in het Huis van Afgevaardigden. Op 2 juni 1931 werden parlementsverkiezingen gehouden, en de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) behaalde 66 van de 86 zetels in het Huis van Afgevaardigden. Het Amerikaanse Congres keurde op 24 maart 1934 de Tydings-McDuffie Act goed, die de Filippijnen binnen 12 jaar onafhankelijkheid beloofde. Op 5 juni 1934 werden parlementsverkiezingen gehouden, en de voorstanders van onafhankelijkheid van de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) wonnen 70 van de 92 zetels in het Huis van Afgevaardigden. De anti-onafhankelijkheidsfactie van de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista – PN) behaalde 19 zetels in het Huis van Afgevaardigden. Zoals bepaald in de Tydings-McDuffie-wet van 1934, werden op 10 juli 1934 verkiezingen gehouden voor de afgevaardigden in de Constitutionele Conventie. Benigno Ramos leidde op 1 en 2 mei 1935 een rechtse opstand tegen de regering in de provincies Bulacan en Laguna, waarbij ongeveer 100 mensen omkwamen. Benigno Ramos vluchtte naar Japan. Een grondwet tot oprichting van het Gemenebest van de Filippijnen werd goedgekeurd door 96 procent van de kiezers in een referendum op 14 mei 1935. Wetgevende verkiezingen werden gehouden op 15 september 1935, en de factie van Manuel Luis Quezón (pro-onafhankelijkheidsfactie) van de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) won 64 van de 98 zetels in het Huis van Afgevaardigden. De factie van Sergio Osmeña van de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista – PN) behaalde 19 zetels in het Huis van Afgevaardigden. Manuel Luis Quezón van de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) werd op 15 september 1935 tot president van het Gemenebest gekozen. Het Gemenebest van de Filippijnen werd formeel opgericht op 15 november 1935. Op 8 november 1938 werden parlementsverkiezingen gehouden en de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) won 98 van de 98 zetels in het Huis van Afgevaardigden. Verscheidene grondwetswijzigingen, waaronder de instelling van een uit twee kamers bestaand Congres van de Filippijnen, werden goedgekeurd in een constitutionele volksraadpleging die op 18 juni 1940 werd gehouden. Op 2 november 1941 werden parlementsverkiezingen gehouden en de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) won 95 van de 98 zetels in het Huis van Afgevaardigden. President Manuel Luis Quezón werd op 11 november 1941 herkozen met 82 procent van de stemmen.
Crisisfase (8 december 1941 – 17 oktober 1945): Japanse militaire vliegtuigen vielen op 8 december 1941 het vliegveld Clark van de Amerikaanse regering op de Filippijnen aan, waarbij 80 Amerikaanse militairen omkwamen. Ongeveer 43.000 Japanse troepen onder bevel van generaal Masaharu Homma vallen op 22 december 1941 de eilanden Luzon, Mindanao en Jolo binnen. Op 2 januari 1942 namen Japanse troepen de controle over Manilla over. Generaal Douglas MacArthur, bevelhebber van de Amerikaanse troepen op de Filippijnen, wordt op 11 maart 1942 geëvacueerd van het schiereiland Batann. Ongeveer 12.000 Amerikaanse troepen en 58.000 Filippijnse troepen onder bevel van generaal Edward King geven zich op 9 april 1942 over aan de Japanse troepen op het eiland Luzon. Amerikaanse regeringstroepen onder bevel van generaal-majoor Jonathan Wainwright gaven zich op 6 mei 1942 over aan de Japanse troepen op het eiland Corregidor. President Manuel Luis Quezón vlucht naar de VS en vestigt de regering van het Gemenebest in ballingschap in Washington DC. Onder Japanse bezetting werden op 20 september 1943 parlementsverkiezingen gehouden voor de Nationale Vergadering van de Tweede Republiek van de Filippijnen. De Kapisanan sa Paglilingkod sa Bagong Philinas – KALIBAPI onder leiding van Benigno Aquino, Sr. won 108 van de 108 zetels in de Nationale Vergadering. José Paciano Laurel werd op 14 oktober 1943 door de Nationale Vergadering gekozen tot president van de Tweede Republiek van de Filippijnen. President Manuel Luis Quezón stierf in de staat New York op 1 augustus 1944, en vice-president Sergio Osmeña werd president van de regering van het Gemenebest in ballingschap op 1 augustus 1944. President José Paciano Laurel kondigde op 22 september 1944 de staat van beleg af op de Filippijnen en verklaarde op 23 september 1944 de oorlogstoestand met de V.S. en het V.K. Amerikaanse regeringstroepen onder bevel van Generaal MacArthur landen op 20 oktober 1944 op het eiland Leyte. Japanse marineschepen trokken zich op 25 oktober 1944 terug uit de Filippijnen en Amerikaanse troepen landden op 26 oktober 1944 op het eiland Samos. De Amerikaanse troepen veroveren het eiland Leyte op 24 december 1944. De Amerikaanse regeringstroepen vallen op 9 januari 1945 de Japanse troepen op het eiland Luzon aan en veroveren het eiland op 15 augustus 1945. Amerikaanse regeringstroepen veroveren het eiland Corregidor op 16-27 februari 1945. Amerikaanse regeringstroepen vallen op 17 april 1945 de Japanse troepen op het eiland Mindanao aan en veroveren het eiland op 15 augustus 1945. José Paciano Laurel, die naar Japan was gevlucht, treedt op 17 augustus 1945 formeel af als president van de Filippijnen. Japan gaf zich formeel over aan de VS op 2 september 1945.
Post-Crisis Fase (3 september 1945 – 4 juli 1946): Manuel Acuña Roxas van de liberale vleugel van de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) werd op 23 april 1946 met 55 procent van de stemmen gekozen tot president van het Gemenebest van de Filippijnen en op 28 april 1946 als president ingehuldigd. Op 23 april 1946 werden parlementsverkiezingen gehouden, en de liberale vleugel van de Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) won 49 van de 98 zetels in het Huis van Afgevaardigden. De Nationalistische Partij (Partido Nacionalista,- PN) behaalde 35 zetels in het Huis van Afgevaardigden. De Republiek der Filippijnen werd formeel onafhankelijk van de VS op 4 juli 1946.