De moderne Baptistenkerk werd in 1609 in Nederland gesticht door John Smyth, een geestelijke die zich had afgescheiden van de Church of England. Hij was van mening dat de kerk haar leden door de doop moest ontvangen nadat zij hun geloof bewust hadden erkend, en aangezien een kind hiertoe niet in staat is, was hij tegen de kinderdoop. Enkele van zijn volgelingen richtten in 1612 in Londen een baptistenkerk op met als voorganger Thomas Helwys, die geloofde in religieuze tolerantie voor alle mannen en vrouwen, dus ook voor atheïsten en heidenen en christenen.
De verspreiding van Baptistenkerken werd sterk beïnvloed door de opwekkingsbewegingen in de volgende twee eeuwen. In 1891 werden de General en de Particular Baptists verenigd in de Baptist Union of Great Britain and Ireland. De Baptisten zijn de grootste denominatie in de VS. Er zijn belangrijke baptistengemeenschappen in India, Myanmar, Brazilië, Nigeria, Groot-Brittannië, Roemenië en de Oekraïne. Maar het is een wereldkerk, en Baptisten getuigen ook in vele andere landen van de wereld.
Bij de interpretatie van het Nieuwe Testament benadrukken baptisten dat de kerk als het lichaam van Christus een gemeenschap is van gelovigen die persoonlijk en vrijwillig een beslissing voor Christus hebben genomen, en vanwege hun persoonlijke geloofsbelijdenis door de doop leden van Christus’ kerk zijn geworden. Baptisten erkennen alleen de Bijbel (geen geloofsbelijdenis) als bindend gezag. Onder leiding van de Heilige Geest mag elke kerk de Schriften interpreteren en het leven van haar gemeenschap vormgeven. De uitgesproken gemeentelijke grondwet staat geen gecentraliseerde kerkstructuur toe, maar bevordert unies en conventies van afzonderlijke kerken.