De Cummins ISX-dieselmotor kan worden gebruikt in een dual fuel-configuratie, wat betekent dat hij naar behoren kan werken op dieselbrandstof en aardgas. Door het verbranden van een aardgasalternatief blijft de thermische efficiëntie van de diesel behouden. De efficiëntere motor kan op zijn beurt minder emissies produceren. De ISX kan dit bereiken door de ontstekingsvertraging en het injectietijdstip te wijzigen. Door de start van de verbranding (SOC) te onderzoeken, kan de computer van de motor een voorspellende ontstekingsvertragingscorrelatie toepassen. De voorspellende eigenschappen van de motor maximaliseren zowel de efficiëntie als het nuttig vermogen voor de gegeven brandstofbron. Er worden compensaties gemaakt voor het aardgas, zodat de vermogensgroep en het werkingsgebied nog steeds functioneel zijn voor de klanten, terwijl de emissies worden beperkt. De EPA heeft ook tests uitgevoerd met de Cummins ISX voor het gebruik van aardgas en daaruit is gebleken dat de NOx-uitstoot aanzienlijk is gedaald. De configuratie heeft een negentig procent lagere NOx-uitstoot dan de huidige EPA-norm. Dit maakt de Cummins ISX die op aardgas brandt tot een van de schoonst draaiende dieselmotoren ter wereld. De ISX maakt ook gebruik van een DPF, of dieseldeeltjesfilter, vereist door de EPA. De DPF filtert de vaste deeltjes in de uitlaatgassen van de motor, waardoor de uitlaatemissies dalen. De DPF moet wel regelmatig onderhouden worden, vanwege het ingewikkelde ontwerp. Het emissiecontrolesysteem zal een filterregeneratie instellen die de deeltjes verbrandt. Alle verbrandingsstoffen die in smeeradditieven worden aangetroffen, zullen in de DPF achterblijven, wat problemen kan veroorzaken met de tegendruk en de efficiëntie. Dit betekent dat de DPF regelmatig moet worden verwijderd en gereinigd voor de Cummins ISX. Een asloze olie zou kunnen betekenen dat reinigen niet nodig is, maar kan de smeereigenschappen afremmen. Een fosforvrije olie is onderzocht en ideaal bevonden voor DPF-systemen en smering. De olie geeft goede resultaten voor zowel zuigerafzettingen als olieverbruik, wat betekent dat het DPF-systeem zou worden geoptimaliseerd door het gebruik van fosforvrije olie met een ultra laag zwavelgehalte. De Cummins ISX maakte ook gebruik van DEF, of dieseluitlaatvloeistof, in latere modellen toen de EPA-vereisten veranderden. DEF is een systeem van ingespoten ureum dat de emissies van een dieselmotor vermindert. De Cummins ISX moet remmers hebben voor bepaalde storingen van het DEF-systeem. Wanneer de DEF-tank leeg of bijna leeg is, schakelt de ISX het vermogen met vijfentwintig procent uit. Vermogensonderbrekingen en waarschuwingen voor de bestuurder worden ook gebruikt wanneer er met het DEF-systeem is geknoeid of het systeem niet naar behoren functioneert. Cummins heeft verschillende storingen gecorrigeerd en op klanten gebaseerd onderzoek van verscheidene miljoenen kilometers van gebruik op de weg van de Cummins ISX uitgevoerd om het DEF-systeem zo functioneel mogelijk te maken. Het systeem is ook verplicht om de-rate vermogen gegeven alle problemen om emissies tot een absoluut minimum te beperken.