E-Hentai is op 1 juli 1999 van start gegaan als een Yahoo! Group. De groep verhuisde in 2001 naar een .net-domein en verhuisde in 2005 naar het huidige .org-domein nadat het eigendomsrecht van het .net-domein was vervallen en door een andere partij was gekocht. Op 27 maart 2010 kondigde E-Hentai aan dat het, onder druk van adverteerders, niet langer kunstwerken zou hosten met minderjarige personages (lolicon en shotacon) en bestialiteit. Bestaande galerijen met deze inhoud werden verwijderd van de site, wat neerkwam op de verwijdering van ongeveer 30.000 van de 150.000 galerijen van de website; deze inhoud werd later doorgesluisd naar Exhentai, een zustersite van E-Hentai. Toegang tot Exhentai vereist een bestaande E-Hentai account; voor personen zonder account, verschijnt Exhentai als een lege pagina met een illustratie van een huilende panda, en heeft bijgevolg de bijnaam “Sad Panda” onder de gebruikers van de site gekregen. In juni 2019 werden beide sites verwijderd van Google, volgens het beleid van het bedrijf om websites die de Digital Millennium Copyright Act schenden van de lijst te halen.
Op 26 juli 2019 kondigden E-Hentai en Exhentai aan dat beide sites zouden sluiten in reactie op “recente wetswijzigingen in Nederland”, waar de servers van de sites op dat moment werden gehost. Vice speculeerde dat de sluiting een reactie was op de richtlijn inzake auteursrecht in de digitale eengemaakte markt die in juni 2019 door de Europese Unie werd aangenomen en die digitale platforms wettelijk aansprakelijk maakt voor materiaal dat door gebruikers wordt geplaatst en dat het auteursrecht schendt, evenals een voorstel van de Nederlandse minister van Justitie Ferdinand Grapperhaus van juli 2019 om zwaardere straffen op te leggen aan websites die kinderporno niet snel verwijderen. De sluiting van Exhentai werd 24 uur van tevoren aangekondigd, waardoor gebruikers op het prikbord 4chan probeerden de hele site te archiveren voordat deze op 27 juli werd gesloten. Op 2 augustus 2019 werd Exhentai opnieuw gelanceerd nadat haar servers naar Moldavië waren verplaatst.