Neo-absolutisme, 1841-59
Tijdens de eerste 10 jaar van zijn koningschap, het tijdperk van het zogenaamde neo-absolutisme, voerde de keizer, bijgestaan door uitstekende adviseurs als Felix, prins zu Schwarzenberg (tot 1852), Leo, graaf von Thun und Hohenstein, en Alexander, Freiherr (baron) von Bach, een zeer persoonlijk regime door het nemen van de hand zowel in de formulering van de buitenlandse politiek als in de strategische beslissingen van de tijd. Samen met Schwarzenberg, die in 1848 minister-president en minister van Buitenlandse Zaken was geworden, stelde Frans Jozef zich ten doel zijn rijk op orde te brengen.
In buitenlandse zaken bereikte Schwarzenberg een machtige positie voor Oostenrijk; in het bijzonder met de Punctatie van Olmütz (november 1850), waarin Pruisen de overheersing van Oostenrijk in Duitsland erkende. In binnenlandse aangelegenheden echter riepen Schwarzenbergs harde bewind en de vorming van een intolerant politieapparaat een latente stemming van opstandigheid op. Deze stemming werd dreigender na 1851, toen de regering de belofte van een grondwet, gedaan in 1849 onder druk van de revolutionaire onlusten, introk. Deze intrekking had lange nawerkingen en leidde tot een blijvend wantrouwen van de liberalen jegens het bewind van Frans Jozef. In 1853 werd in Wenen en Milaan een aanslag op het leven van de keizer gepleegd.
Na de dood van Schwarzenberg (1852) besloot Frans Jozef hem niet als eerste minister te vervangen en nam hij zelf meer deel aan de politiek. Het verkeerde beleid van Oostenrijk tijdens de Krimoorlog was grotendeels te wijten aan de keizer, die heen en weer geslingerd werd tussen dankbaarheid jegens Rusland voor de hulp bij het neerslaan van een opstand in Hongarije in 1849 en het voordeel dat de monarchie zou kunnen behalen door zich aan de zijde van Groot-Brittannië en Frankrijk te scharen. De mobilisatie van een deel van het Oostenrijkse leger in Galicië aan de grens met Rusland bleek achteraf een grove fout te zijn geweest. Oostenrijk maakte geen vrienden bij de westerse mogendheden, maar verloor wel de goodwill die tsaar Nicolaas I eerder voor Frans Jozef koesterde.
In eigen land leidde het neo-absolutisme tot een ambtenarenapparaat met zeer bekwame deskundigen, die aan de hoge eisen van de keizer probeerden te voldoen, maar wier beperkingen in 1859-60 steeds duidelijker werden, toen zij probeerden het hoofd te bieden aan de complexe financiële problemen van het keizerrijk. De uitgaven voor het leger moesten in 1859 worden teruggeschroefd, toen een reeks noodlottige oorlogen begon die de militaire reputatie van Oostenrijk ernstig aantastten. Bovendien bleek het politieregime op lange termijn onuitvoerbaar te zijn. De regering nam dus cruciale militaire beslissingen tegen een achtergrond van vele onopgeloste problemen op het gebied van financiën en binnenlandse zaken. Voor veel van deze beslissingen, vooral de ongelukkige afloop van de oorlog van 1859 tegen het koninkrijk Sardinië en het keizerrijk Frankrijk, was de keizer verantwoordelijk. Camillo Benso, conte di Cavour, de eerste minister van Sardinië, had Oostenrijk tot een oorlog geprovoceerd en wilde het Franse leger gebruiken om Oostenrijk uit Italië te verdrijven. Toen de keizerlijke opperbevelhebber niet in staat bleek te zijn, nam Frans Jozef zelf het opperbevel over, maar hij kon de nederlaag van Solferino (24 juni 1859) niet voorkomen. Ontzet door de eis van Pruisen, dat het Oostenrijkse leger onder Pruisisch bevel zou worden geplaatst, als voorwaarde voor zijn optreden aan de zijde van de keizer, sloot Frans Jozef in juli 1859 haastig de Vrede van Villafranca, waarbij Lombardije aan Sardinië werd afgestaan. Niet verzoend met deze regeling, nam Frans Jozef een buitenlandse politiek aan, die de weg bereidde voor een wapenstilstand met Italië en Pruisen, waardoor hij voor Oostenrijk zijn vroegere positie in Duitsland en Italië, zoals die door Metternich in 1814-15 was vastgesteld, hoopte te herwinnen.