Het proces
Begin 13 januari 1431 werden verklaringen die in Lotharingen en elders waren afgenomen voorgelezen aan de bisschop en zijn assessoren; ze moesten het raamwerk vormen voor Jeanne’s verhoor. Ze vroeg toestemming om vooraf de mis bij te wonen, maar dit werd geweigerd vanwege de ernst van de misdaden waarvan ze beschuldigd werd, waaronder poging tot zelfmoord door in de gracht te springen. Zij werd bevolen de waarheid te zweren en deed dat ook, maar zij weigerde steeds de dingen te onthullen die zij tegen Karel had gezegd. Cauchon verbood haar de gevangenis te verlaten, maar Jeanne hield vol dat het haar moreel vrijstond een ontsnappingspoging te ondernemen. Er werden toen bewakers aangesteld om altijd bij haar in de cel te blijven, en ze werd vastgeketend aan een houten blok en soms in de boeien geslagen. Tussen 21 februari en 24 maart werd zij bijna een dozijn keer ondervraagd. Bij elke gelegenheid moest zij opnieuw zweren de waarheid te vertellen, maar zij maakte steeds duidelijk dat zij niet noodzakelijk alles aan haar rechters zou onthullen, omdat die, hoewel zij bijna allen Fransen waren, vijanden van koning Karel waren. Het verslag van dit eerste verhoor werd haar op 24 maart voorgelezen, en op twee punten na gaf ze de juistheid ervan toe.
Toen het eigenlijke proces een dag of wat later begon, had Jeanne twee dagen nodig om te antwoorden op de 70 aanklachten die tegen haar waren opgesteld. Deze waren voornamelijk gebaseerd op de bewering dat haar gedrag blijk gaf van godslasterlijke aanmatiging: in het bijzonder dat ze voor haar uitspraken het gezag van een goddelijke openbaring opeiste; de toekomst voorspelde; haar brieven met de namen van Jezus en Maria bekrachtigde en zich daarmee identificeerde met de nieuwe en verdachte cultus van de Naam van Jezus; beweerde verzekerd te zijn van verlossing; en mannenkleren droeg. De ernstigste beschuldiging was misschien wel dat zij de directe bevelen van God verkoos boven die van de kerk.
Op 31 maart werd zij opnieuw ondervraagd over verschillende punten waarover zij zich ontwijkend had uitgelaten, met name over de kwestie van haar onderwerping aan de kerk. In haar positie werd gehoorzaamheid aan het hof dat haar berechtte onvermijdelijk tot een test van die onderwerping gemaakt. Zij deed haar best om deze valstrik te ontwijken en zei dat zij goed wist dat de militante kerk niet kon dwalen, maar dat het aan God en aan haar heiligen was dat zij verantwoording moest afleggen voor haar woorden en daden. Het proces ging door en de 70 aanklachten werden teruggebracht tot 12, die ter overweging werden gestuurd naar vele vooraanstaande theologen in zowel Rouen als Parijs.
Tussen werd Jeanne ziek in de gevangenis en werd ze verpleegd door twee doktoren. Op 18 april kreeg ze bezoek van Cauchon en zijn assistenten, die haar aanmaanden zich te onderwerpen aan de kerk. Jeanne, die ernstig ziek was en dacht dat ze stervende was, smeekte om te mogen biechten en de heilige communie te ontvangen en om in gewijde grond begraven te worden. Ze bleven haar lastig vallen, maar kregen alleen haar voortdurende antwoord: “Ik vertrouw op onze Heer, ik blijf bij wat ik al gezegd heb.” Op 9 mei drongen zij nog meer aan en dreigden haar met marteling als zij bepaalde punten niet zou verduidelijken. Zij antwoordde dat zij zelfs als zij haar dood zouden martelen, niet anders zou antwoorden, en voegde eraan toe dat zij in ieder geval achteraf zou volhouden dat iedere verklaring die zij zou afleggen met geweld van haar was afgeperst. In het licht van deze gezond verstand standvastigheid, besloten haar verhoorders, met een meerderheid van 10 tegen 3, dat martelen geen zin had. Jeanne werd op 23 mei op de hoogte gebracht van het besluit van de Universiteit van Parijs dat als ze volhardde in haar dwalingen ze zou worden overgedragen aan de wereldlijke autoriteiten; alleen zij, en niet de kerk, konden het doodvonnis van een veroordeelde ketter voltrekken.