In 1957 was er een groeiende behoefte aan een evangelisch-christelijke instelling in het gebied rond St. Louis. Dit leidde tot de opening van een uitbreiding van het Hannibal-LaGrange College in de Tower Grove Baptist Church. In het eerste jaar werden 68 studenten ingeschreven
De lessen van het uitbreidingscentrum, ook bekend als St. Louis Baptist College, vonden plaats in het activiteitengebouw van de Tower Grove Baptist Church. In 1964 werd het Missouri Baptist College gecharterd als een evangelisch-christelijk, vierjarig college voor vrije kunsten. Onder auspiciën van het Hannibal-LaGrange College en onder leiding van zijn president, Dr. L.A. Foster, werden bijbelcursussen aangeboden voor predikanten en leken. Tijdens de tweede termijn werden verschillende vrije-schoolcursussen aangevraagd en gegeven. De invloed van studenten, samen met het organisatorische werk van St. Louis Baptistenleiders, predikanten en leken, had invloed op het statuut van MBU. De eerste vergadering van de Board of Trustees voor het Missouri Baptist College werd gehouden in januari 1964. Dr. Frank Kellogg was de eerste voorzitter van de Board of Trustees en later de tweede president.
In juli 1964 verwierven de leiders de plaats van MBU’s hoofdcampus, grootstedelijk land in de buurt van Interstate 270 en U.S. Route 40 in West Saint Louis County. In september 1968 begonnen 186 studenten aan de lessen, waarmee de omvang van de instelling in iets meer dan tien jaar tijd meer dan verdrievoudigde. In mei 1973 slaagde Missouri Baptist College in haar eerste klas van negenentwintig studenten, die elk een Bachelor of Arts-graad behaalden.
In 1980 begon Missouri Baptist College aan een nieuw hoofdstuk van haar leven met de voltooiing van de Pillsbury-Huff Residence Halls, waarmee het van een forensencampus veranderde in een residentiële instelling. In de herfst van 1986 begon MBC met het aanbieden van cursussen in zowel Jefferson als Franklin counties.
Dr. R. Alton Lacey nam in 1995 de teugels van Missouri Baptist University over als zesde president van de universiteit. Onder zijn leiding, MBU’s inschrijving meer dan verdubbeld; de universiteit introduceerde graduate, post-graduate programma’s, en nieuwe undergraduate graden; en MBU hield een succesvolle $ 10 miljoen campagne, het grootste ontwikkelingsproject in MBU’s geschiedenis.
In april 2000, werd de hogeschool goedgekeurd om de Master of Science in Education aan te bieden. Vandaag de dag omvat het MBU graduate programma een Master of Business Administration en een Master of Arts in Christian Ministry en een uitgebreid aanbod van het oorspronkelijke graduate programma, de Master of Science in Education.
In het voorjaar van 2002 voltooide de campus de Spirit of Excellence campagne met de inwijding van de nieuwe $10 miljoen kostende Pillsbury Chapel en Dale Williams Fine Arts Center. Het gebouw, dat meer dan 5.400 m2 beslaat, is een gastheer voor muzikale, religieuze, zakelijke, educatieve en gemeenschapsevenementen. De Spirit of Excellence-campagne leidde ook tot de renovatie van de Thomas en Virginia Field Academic Hall, een veel grotere cafetaria en boekhandel, een nieuwe studentenlounge, een verbeterd computerlab en talrijke kantoren en klaslokalen. In 2002 werd Missouri Baptist College omgedoopt tot Missouri Baptist University. In de herfst van 2005 bereikte MBU een recordaantal van 4.460 studenten. Tijdens haar vierendertigste diploma-uitreiking reikte MBU 579 diploma’s uit, opnieuw een MBU-record. In de zomer van 2007 werd de Jung-Kellogg Bibliotheek van MBU gerenoveerd en werd er een nieuw koffiehuis aan toegevoegd. In het herfstsemester van 2009 begon de universiteit met het aanbieden van haar eerste doctoraatsprogramma, een Doctorate of Education.
In 2017 kondigde Dr. R. Alton Lacey zijn pensionering aan na 23 jaar als MBU-president. In het najaar van 2017 werd Dr. Keith L. Ross benoemd tot de zevende president van MBU. Lacey nam in januari 2018 de rol van kanselier op zich.
Tijdens de zomer van 2019 waren er voortdurende renovaties aan de bibliotheek en grote toevoegingen aan het voetbalveld. De bibliotheek is nu omgevormd tot een learning commons-ruimte. In 2019 kwam Missouri Baptist University na een 17 jaar durende rechtszaak weer onder de jurisdictie van de raad van trustees van de Missouri Baptist Convention.