Serie Finale:
Aflevering 45 – The Great Leap Forward
Tom (Joel Gretsch) wordt in een vrachtwagen gezet waar Diana (Jacqueline McKenzie), Meghan (Jenni Baird), Marco (Richard Kahan) en Shawn (Patrick Flueger) staan te wachten. Marco injecteert Tom met polonium dat de nano-machines in hem verbrandt en de body snatcher vernietigt. Het proces doodt hem uiteindelijk, maar Shawn redt Tom door hem te genezen. Tom heeft nog steeds alle herinneringen van het gemerkt zijn en is ontzet over wat hij heeft gedaan. Hij vertelt Diana en Meghan dat hij terug moet gaan om Collier te bevrijden. Omdat zij geloven dat hij gemerkt is, zegt Tom dat hij de enige is die daarin kan slagen.
Danny (Kaj-Erik Eriksen) gaat met zijn moeder (Chilton Crane) naar het ziekenhuis. Hij merkt dat mensen dezelfde symptomen beginnen te vertonen en beginnen te sterven, alsof ze een promicin injectie hebben gekregen. Danny realiseert zich dat hij de mogelijkheid heeft ontwikkeld om promicin te verspreiden als een virus in de lucht. Daardoor zorgt hij ervoor dat honderden sterven of gaven ontwikkelen. Hij gaat naar het 4400 centrum om Shawn om hulp te vragen, om hem te vertellen dat hij degene is die verantwoordelijk is voor de sterfgevallen/bekwaamheden, en dat hun moeder is overleden. Kevin (Jeffrey Combs) geeft Danny een remmer zodat hij niet langer besmettelijk is.
Tussen worden de mensen van Seattle besmet. De uitbraak bleef niet beperkt tot het ziekenhuis en verspreidt zich via het politiekorps en de NTAC. De NTAC wordt gedwongen samen te werken met de bewoners van Promise City om te proberen het geweld en de chaos die zich voordoen onder controle te krijgen.
Vreemd genoeg is Diana de enige overlevende in het NTAC die niet positief op promicin is getest. Marco schrijft dit toe aan het feit dat Kevin haar eerder een aantal promicininjecties heeft gegeven. Daardoor is ze er op de een of andere manier immuun voor geworden. Ze gaat naar het 4400-centrum en Kevin stelt vast dat een enzym, ubiquinone genaamd, haar in staat stelt weerstand te bieden aan de blootstelling aan promicin. Gelukkig zit dat enzym in een vrij verkrijgbaar medicijn. Diana stuurt een order om voorraden van het medicijn beschikbaar te stellen aan diegenen in Seattle die nog niet zijn blootgesteld aan het virus.
Tussen spoort een gemerkte Isabelle (Megalyn Echikunwoke) Kyle (Chad Faust) op, die de nieuwe leider is geworden van de Promise City bewoners. De gemerkten zijn niet blij. De effecten van Danny’s gave verpesten hun plannen om 4400s te beëindigen en te voorkomen dat mensen gaven krijgen. Tom keert terug om te proberen Collier (Billy Campbell) te bevrijden, maar heeft geen succes. Als hij hoort dat Isabelle gestuurd is om Kyle te vermoorden, deinst hij terug en geeft zichzelf weg.
Isabelle verzet zich tegen het doden van Kyle en keert in plaats daarvan terug om Tom en Collier te bevrijden. Ze doodt de gemarkeerde lijfwachten en Rebecca Parrish (Penny Johnson) maar wordt uiteindelijk zelf gedood. Tom en Collier ontsnappen en leren hoe de stad is veranderd.
Terug in het 4400 centrum werkt de remmer op Danny, maar de promicin hoopt zich op in zijn lichaam. Omdat het niet meer wordt vrijgegeven, wordt hij langzaam dood. Hij vertelt Shawn dat hij niet wil stoppen met het innemen van de remmer omdat hij weet dat anderen zullen sterven. Hij zou liever de laatste zijn. Danny smeekt Shawn hem te doden en Shawn geeft toe.
Met meer dan 9.000 doden en evenveel nieuwe mensen is Seattle echt veranderd. We zien Meghan een pen in een bloem veranderen, agent Garrity (Kavan Smith) een energie-kloon van zichzelf maken en Marco zichzelf onbedoeld van NTAC naar Promise City teleporteren.
Seattle wordt omgedoopt tot Promise City en is nu in handen van Collier en zijn volgelingen. Maia zegt tegen Diana dat ze denkt dat het zo beter is. Kyle bezoekt zijn vader en vertelt hem dat hij verder moet gaan, ook al heeft hij mensen vermoord, en laat hem een promicin injectie achter.
Eerst uitgezonden: 16 september 2007