Het spel begint met de speler die van de Spaanse kroon een verkenningsvloot heeft gekregen, bestaande uit vier schepen, honderd man en enkele handelsgoederen. Het spel verschijnt met een stad in Spanje, een vrij vereenvoudigde 2D side-scrolling weergave van de stad bestaande uit het huis van de speler, een paleis, een kroeg en een outfitters. De speler kan door de stad lopen met de joystick en de gebouwen binnengaan om er via menu’s mee te communiceren. Als je bijvoorbeeld de outfitters binnenloopt, verschijnt er een menu waarmee je voorraden, manschappen en handelsgoederen kunt kopen. De interactie in Spanje is vrij beperkt; de speler beweegt zich al snel naar de schepen, aan een kant van de stadsplattegrond, om de haven te verlaten.
Het grootste deel van het spel wordt gespeeld op een speelscherm met een kleine scrollende top-down kaart in het midden en een aantal status displays eromheen. Na het verlaten van de haven schakelt het scherm over naar deze kaart, en de speler leidt het schip naar de Nieuwe Wereld. Op elk moment kan de speler een menu oproepen met een inhoud die gebaseerd is op de huidige locatie van de speler. Als het menu bijvoorbeeld op het schip wordt opgeroepen, kun je de kaart bekijken of “spullen droppen”, waarbij de laatste optie het mogelijk maakt om verkenningsgroepen samen te stellen door manschappen en voorraden vanaf het schip te droppen. Wanneer de speler aan land is als onderdeel van een verkenningsgroep, creëert hetzelfde menu-item een fort wanneer er mannen in worden afgezet.
Aankomst in de nieuwe wereld kan de speler de kustlijn verkennen, missionarissen en forten opzetten, en interactie hebben met de inheemse bevolking. Als je de dorpen nadert, zoomt de kaart in en zie je het dorp, weergegeven door vier gebouwen, en de inheemse bevolking die zich verplaatst. In het midden staat het dorpshoofd. Als je hem benadert en het menu opent, kun je handelen in goud en voedsel. De speler heeft de optie om vreedzaam handel te drijven met de inboorlingen of ze te veroveren, en kan (met de juiste keuzes en geluk) ze soms bekeren, waardoor het dorp in een missie verandert.
De inboorlingen kunnen worden aangevallen door simpelweg op ze af te stappen. Een paar doden per ongeluk is acceptabel voor het dorp, en soms onvermijdelijk, maar te veel en de inboorlingen zullen vijandig worden en de partij aanvallen. In veel gevallen kunnen de Spanjaarden de inboorlingen overweldigen, die uiteindelijk de strijd zullen opgeven en de Spanjaarden toestaan de stad te plunderen. Amboshes zijn ook gebruikelijk, tussen de steden.
Veel van Seven Cities of Gold werd beïnvloed door historische verslagen van die tijd. De interacties met de inboorlingen kunnen vreedzaam of vijandig zijn, of vijandig worden door de taalbarrière. Hoewel men zou kunnen denken dat het doel van het spel is om terug te keren met rijkdommen uit de Nieuwe Wereld, zijn er eigenlijk helemaal geen doelen. Het spel heeft geen scoresysteem en geeft de speler feedback van de Koning, maar geen inmenging, als hij de inboorlingen afslacht. Volgens Bunten, uit een interview in Antic:
De vreedzame aanpak werkt echt het beste. Ik heb nog nooit een totaal verdorven aanpak gebruikt en gewonnen. Je moet toch ergens wat vrienden hebben. Als er iets misgaat, heb je een vriendelijke missie nodig waar je naar terug kunt en je geen zorgen hoeft te maken over een opstand of zo. Een plek waar je naar terug kunt en weet dat er voedsel zal zijn, bijvoorbeeld. Je hebt een reeks van deze relatief veilige plaatsen nodig, zelfs als je op een veroveringsmissie gaat. Als je voortdurend de inboorlingen mishandelt zal je uiteindelijk een boodschap van de koning te zien krijgen die zegt ‘Behandel de inboorlingen niet zo slecht. Maar laat het goud maar komen. Deze dubbele moraal komt regelrecht uit de geschiedenis.”
De omvang van de Nieuwe Wereld was een van de concepten die in het ontwerp werden geïntegreerd; het land moest gedetailleerd en divers zijn. Als gevolg daarvan werd de opslag en het ophalen van gegevens een groot probleem, vooral omdat de ontwikkelaars niet wilden dat lange laadtijden het spel zouden hinderen. Zoals Bunten het omschreef: “Onze enige uitweg was om technologieën te gebruiken die we niet hadden, totdat we gedwongen werden ze uit te vinden.” Het spel gebruikte een streaming systeem om de kaart in te laden zonder het spel te onderbreken. Het spel wordt geleverd met een enkele “wereld” die nauw gemodelleerd is naar de echte, inclusief details zo klein als de Florida Keys en de meest bekende rivieren. Het spel bevat ook een wereld creatie engine die de gebruiker in staat stelt een werkelijk nieuwe Nieuwe Wereld te bouwen en op te slaan op een door de gebruiker te leveren disk.
Gamekaarten bevatten een of meer “verloren steden” die verborgen zijn door een berg icoon op locaties die meestal ver van andere landmassa’s liggen. Ontdekkingsreizigers die op een van deze verborgen steden stuiten, worden begroet met de boodschap “Meneer, we hebben een verloren stad ontdekt.” Inwoners van dit soort dorpen zijn volgzaam en lopen weg van de speler en wanneer het dorpshoofd wordt benaderd, zal het spel de speler informeren dat “We mogen nemen wat we willen als eerbetoon!” en de gebruiker zal in staat zijn om een aanzienlijke hoeveelheid goud te verwerven zonder te hoeven ruilen.