In het begin van 2009 merkten de Ubuntu-ontwikkelaars op dat het pakketbeheer binnen Ubuntu verbeterd en geconsolideerd kon worden. Recente releases van Ubuntu, zoals Ubuntu 9.04 (Jaunty Jackalope) bevatten vijf applicaties voor pakketbeheer die ruimte en andere bronnen gebruikten, en verwarring stichtten bij gebruikers. Toepassingen konden worden gedownload met de standaard Add/Remove Applications of met de Synaptic Package Manager. De Software Updater zorgde voor het bijwerken van geïnstalleerde pakketten en Computer Janitor ruimde pakketten op die niet langer nodig waren. Met de Software Sources-toepassing kon de gebruiker de downloadlocatie voor pakketten selecteren.
De ontwikkelaars van Ubuntu stelden zich het volgende ten doel:
“… er zou één voor de hand liggend mechanisme moeten zijn voor het installeren, verwijderen en bijwerken van software in Ubuntu, met een voor de hand liggende naam en een interface die iedereen kan gebruiken. Er zou een gecoördineerd systeem moeten komen voor ontwikkelaars en enthousiastelingen om de bruikbaarheid van beschrijvingen en andere metadata voor softwarepakketten te verbeteren. De software updates interface zou moeten worden aangescherpt om de vrijwillige installatie van updates te maximaliseren op de miljoenen computers waarop Ubuntu is geïnstalleerd. En projecten en leveranciers wiens software is verpakt voor Ubuntu moet worden aangemoedigd om links naar hun software aanwezigheid in de Software Store te bieden, in plaats van command-line installatie-instructies.”
Canonical introduceerde het Software Center geleidelijk, te beginnen met Ubuntu 9.10 (Karmic Koala) met volledige functionaliteit verwacht door Ubuntu 11.10, in oktober 2011. Tegen mei 2011, was het plan grotendeels voltooid:
Oktober 2009 – versie 1.0.2 geleverd met Ubuntu 9.10 (Karmic Koala) Introduceerde een nieuwe eenvoudige interface voor het vinden, installeren en verwijderen van software, met een betere beveiliging op basis van PolicyKit in plaats van gksudo. April 2010 – versie 2.0.2 meegeleverd met Ubuntu 10.04 (Lucid Lynx) LTS Het Software Center voegde op een vereenvoudigde manier lijsten toe van niet-toepassingspakketten en voorzag ook in subcategorieën voor toepassingen en Persoonlijke pakketarchieven. Oktober 2010 – versie 3.0.4 meegeleverd met Ubuntu 10.10 (Maverick Meerkat) Stelde gebruikers in staat om software te kopen en toonde een geschiedenis van vroegere installaties, verwijderingen en aankopen, inclusief het ongedaan maken van specifieke wijzigingen. April 2011 – versie 4.0 meegeleverd met Ubuntu 11.04 (Natty Narwhal) Toegevoegd gebruikers beoordelen en beoordelen van software, en de mogelijkheid om beoordelingen en beoordelingen van andere deelnemende Ubuntu-gebruikers te zien. Oktober 2011 – Ubuntu 11.10 (Oneiric Ocelot) Software Center’s vijfde versie werd herschreven in GTK3, verbeterde vormgeving (betere integratie met systeemthema, promotie banner toegevoegd, mooiere lijst van apps), opstarttijd werd ook verbeterd. Software Center werd gedeeltelijk voorbereid voor aanraakbediening door grotere pictogrammen op te nemen. Software Center bracht ook Unity Launcher integratie, sorteren op ratings en systeemvereisten voor applicaties. Er werd ook wat GDebi-technologie geïntegreerd om de snelheid bij het verwerken van .deb-bestanden te verbeteren. 19 december 2011 Een online editie van het Ubuntu Software Center werd vrijgegeven, de Ubuntu Apps Directory. De Web winkel toont dezelfde inhoud als de Software Center applicatie, met een download knop die de applicatie opent als Ubuntu draait of een link om het Ubuntu besturingssysteem installatieprogramma te downloaden als een ander besturingssysteem draait. April 2012 – Ubuntu 12.04 (Precise Pangolin) Ubuntu Software Center kreeg nieuwe monochrome elementen. Canonical creëerde een web-gebaseerd ontwikkelaars platform om programmeurs te helpen applicaties te maken voor Ubuntu. Software Center bevatte een nieuwe categorie: “Boeken en tijdschriften”, mogelijkheid om videopresentaties van betaalde applicaties te tonen en meerdere screenshots per één app. En ook voortgangsbalk ondersteuning toegevoegd voor Software Center.
In augustus 2015 bekritiseerde Chris Hoffman van PC World de applicatie, door aan te geven dat Canonical deze niet goed onderhield terwijl er gewerkt werd aan de vervangende applicatie. In het bijzonder merkte hij op dat betaalde applicaties niet goed werden ondersteund en dat Canonical ontwikkelaars hierover niet had geïnformeerd. De applicatie werkt nog wel voor het installeren en beheren van vrije softwaretoepassingen.
In november 2015 kondigde Canonical aan dat de ontwikkeling zou worden beëindigd en dat de applicatie zou worden vervangen door Gnome Software in Ubuntu 16.04 LTS.