E-Hentai lançado como um Grupo Yahoo! a 1 de Julho de 1999. O grupo mudou-se para um domínio .net em 2001 antes de mudar para o seu actual domínio .org em 2005, após a expiração da propriedade do seu domínio .net, tendo sido adquirido por outra parte. Em 27 de Março de 2010, E-Hentai anunciou que, em resposta à pressão dos anunciantes, deixaria de acolher obras de arte representando personagens menores de idade (lolicon e shotacon) e bestialidade. Galerias existentes contendo este conteúdo foram eliminadas do site, o que equivale à remoção de aproximadamente 30.000 das 150.000 galerias do site; este conteúdo foi mais tarde transferido para o Exhentai, um site irmão do E-Hentai. O acesso ao Exhentai requer uma conta E-Hentai existente; para indivíduos sem conta, Exhentai aparece como uma página em branco com uma ilustração de um panda chorão, e consequentemente ganhou o apelido “Panda Triste” entre os utilizadores do site. Em Junho de 2019, ambos os sítios foram retirados do Google, de acordo com a política da empresa de retirar da lista os sítios que violam a Lei Digital Millennium Copyright.
A 26 de Julho de 2019, E-Hentai e Exhentai anunciaram que ambos os sítios seriam encerrados em resposta a “recentes alterações legislativas nos Países Baixos”, onde os servidores dos sítios estavam alojados na altura. O Vice especulou que o encerramento estava em reacção à Directiva sobre os Direitos de Autor no Mercado Único Digital adoptada pela União Europeia em Junho de 2019, que torna as plataformas digitais legalmente responsáveis pelo material publicado por utilizadores que violem os direitos de autor, bem como a uma proposta de Julho de 2019 do Ministro da Justiça holandês Ferdinand Grapperhaus para impor punições mais severas em sítios web que não removam rapidamente a pornografia infantil. Foi dado um aviso prévio de 24 horas para o encerramento do Exhentai, levando os utilizadores do quadro de imagens 4chan a tentar arquivar todo o sítio antes do seu encerramento a 27 de Julho. Em 2 de Agosto de 2019, Exhentai relançou após a transferência dos seus servidores para a Moldávia.