Neo-absolucionismo, 1841-59
Durante os primeiros 10 anos do seu reinado, a era do chamado neo-absolucionismo, o imperador – ajudado por conselheiros tão notáveis como Félix, o príncipe zu Schwarzenberg (até 1852), Leo, Graf (conde) von Thun und Hohenstein, e Alexander, Freiherr (barão) von Bach-inaugurou um regime muito pessoal ao tomar uma mão tanto na formulação da política externa como nas decisões estratégicas da época. Juntamente com Schwarzenberg, que se tinha tornado primeiro-ministro e ministro dos negócios estrangeiros em 1848, Franz Joseph decidiu pôr o seu império em ordem.
Em assuntos externos Schwarzenberg alcançou uma posição poderosa para a Áustria; em particular, com o Punctation of Olmütz (Novembro de 1850), no qual a Prússia reconheceu a predominância da Áustria na Alemanha. Nos assuntos internos, contudo, o duro domínio de Schwarzenberg e a formação de um aparelho policial intolerante evocou um estado de espírito de rebelião latente. Este estado de espírito tornou-se mais ameaçador após 1851, quando o governo retirou a promessa de uma constituição, dada em 1849 sob a pressão dos problemas revolucionários. Essa retracção teve efeitos retroactivos e levou à desconfiança permanente dos liberais em relação ao regime de Franz Joseph. Em 1853 houve um atentado contra a vida do imperador em Viena e um motim em Milão.
Após a morte de Schwarzenberg (1852), Franz Joseph decidiu não o substituir como primeiro-ministro e tomou ele próprio um papel mais importante na política. A política errada da Áustria durante a Guerra da Crimeia teve origem em grande parte no imperador, dividido entre a gratidão à Rússia pela sua ajuda para pôr fim a uma rebelião na Hungria em 1849 e a vantagem que a monarquia poderia obter se estivesse do lado da Grã-Bretanha e da França. A mobilização de uma parte do exército austríaco na Galiza nas fronteiras da Rússia revelou-se, em retrospectiva, um grave erro. Não ganhou amigos para a Áustria entre as potências ocidentais, mas perdeu uma considerável boa vontade que o czar Nicolau Nicholas I tinha anteriormente abrigado para Franz Joseph.
Em casa, o neo-absolutismo resultou num pessoal da função pública composto por peritos altamente competentes que tentaram satisfazer os elevados padrões do imperador, mas cujas limitações se tornaram no entanto cada vez mais óbvias em 1859-60 à medida que tentavam lidar com os complexos problemas financeiros do império. As despesas do exército tiveram de ser reduzidas em 1859, quando começou uma série de guerras infelizes que abalaram seriamente a reputação militar da Áustria. Além disso, o regime policial provou ser impraticável a longo prazo. Assim, o governo tomou decisões militares críticas, num contexto de muitos problemas não resolvidos nas finanças e assuntos internos. Para muitas destas decisões, especialmente o infeliz resultado da guerra de 1859 contra o Reino da Sardenha e o Império de França, o imperador foi o responsável. Depois de provocar a Áustria na guerra, Camillo Benso, conte di Cavour, o primeiro-ministro da Sardenha, planeou utilizar o exército francês para expulsar a Áustria da Itália. Quando o comandante imperial em chefe se revelou incapaz, o próprio Franz Joseph assumiu o comando supremo, mas não pôde impedir a derrota de Solferino (24 de Junho de 1859). Consternado com a exigência da Prússia de que, como condição da sua intervenção do lado do imperador, o exército austríaco fosse colocado sob o comando prussiano, Franz Joseph concluiu precipitadamente a Paz de Villafranca em Julho de 1859, sob a qual a Lombardia foi cedida à Sardenha. Não reconciliado com este acordo, Franz Joseph adoptou uma política externa que preparou o caminho para uma passagem de armas com a Itália e a Prússia, através da qual esperava recuperar para a Áustria a sua antiga posição na Alemanha e Itália, tal como tinha sido estabelecida por Metternich em 1814-15.