A Igreja Baptista moderna foi fundada na Holanda em 1609 por John Smyth, um clérigo que se tinha separado da Igreja de Inglaterra. Ele sustentou que a igreja deveria receber os seus membros pelo baptismo depois de estes terem conscientemente reconhecido a sua fé e, uma vez que uma criança é incapaz de o fazer, opôs-se ao baptismo infantil. Alguns dos seus seguidores estabeleceram uma igreja baptista em Londres em 1612, sendo o seu pastor Thomas Helwys, que acreditava na tolerância religiosa para todos os homens e mulheres, incluindo ateus e pagãos, bem como cristãos.
A propagação das igrejas baptistas foi grandemente influenciada pelos movimentos de reavivamento durante os dois séculos seguintes. Em 1891, os Baptistas Gerais e Particulares estavam unidos na União Baptista da Grã-Bretanha e Irlanda. Os Baptistas são a maior denominação nos EUA. Existem comunidades Baptistas significativas na Índia, Mianmar, Brasil, Nigéria, Grã-Bretanha, Roménia e Ucrânia. Mas é uma igreja mundial, e os Baptistas testemunham também em muitos outros países do mundo.
Interpretando o Novo Testamento, os Baptistas sublinham que a igreja como corpo de Cristo é uma comunhão dos fiéis que tomaram pessoal e voluntariamente uma decisão por Cristo, e por causa da sua confissão pessoal de fé tornam-se, através do baptismo, membros da igreja de Cristo. Os baptistas reconhecem apenas a Bíblia (sem credo) como autoridade vinculativa. Sob a orientação do Espírito Santo, cada igreja pode interpretar as escrituras e desenhar a vida da sua comunidade. A pronunciada constituição congregacional não permite uma estrutura eclesiástica centralizada, mas promove uniões e convenções de igrejas individuais.