Em 1957, uma necessidade crescente de uma instituição cristã evangélica na área de St. Louis motivou a abertura de uma extensão do campus do Hannibal-LaGrange College na Tower Grove Baptist Church. Sessenta e oito estudantes foram inscritos nesse ano inaugural.
Classes para o centro de extensão, também conhecido como St. Louis Baptist College, reuniram-se no edifício de actividades da Tower Grove Baptist Church. Em 1964, o Missouri Baptist College foi fundado como um colégio cristão evangélico de artes liberais com a duração de quatro anos. Sob os auspícios do Hannibal-LaGrange College e sob a direcção do seu presidente, Dr. L.A. Foster, foram oferecidos cursos bíblicos para pastores e leigos. Durante o segundo mandato, foram solicitados e oferecidos vários cursos de artes liberais. A influência estudantil, juntamente com o trabalho organizacional dos líderes, pastores e leigos de St. Louis Baptist, influenciou a carta da MBU. A primeira reunião do Conselho de Administração do Missouri Baptist College realizou-se em Janeiro de 1964. O Dr. Frank Kellogg foi o primeiro presidente do Conselho de Administração e mais tarde o segundo presidente.
Em Julho de 1964, os líderes adquiriram o local do campus principal da MBU, terreno metropolitano perto da Interstate 270 e da U.S. Route 40 no condado de West Saint Louis. Em Setembro de 1968, 186 estudantes começaram as aulas, mais do que triplicando a dimensão da instituição em pouco mais de uma década. Em Maio de 1973, o Missouri Baptist College formou a sua primeira turma de vinte e nove alunos, cada um deles com um Bacharelato em Artes.
Em 1980, o Missouri Baptist College iniciou um novo capítulo da sua vida com a conclusão dos Pillsbury-Huff Residence Halls, convertendo-se de um campus pendular para uma instituição residencial. No Outono de 1986, a MBC começou a oferecer cursos tanto nos condados de Jefferson como de Franklin.
Dr. R. Alton Lacey tomou as rédeas da Universidade Baptista do Missouri em 1995 como sexto presidente da universidade. Sob a sua liderança, a inscrição da MBU mais do que duplicou; a universidade introduziu programas de pós-graduação, pós-graduação, e novos cursos de graduação; e a MBU realizou com sucesso uma campanha de 10 milhões de dólares, o maior projecto de desenvolvimento na história da MBU.
Em Abril de 2000, a universidade foi aprovada para oferecer o Mestrado em Educação. Hoje o programa de pós-graduação da MBU inclui um Mestrado em Administração de Empresas e um Mestrado em Artes no Ministério Cristão e uma oferta alargada do seu programa inicial de pós-graduação, o Master of Science in Education.
Na Primavera de 2002, o campus completou a campanha Spirit of Excellence com a dedicação dos novos $10 milhões da Capela Pillsbury e do Centro de Belas Artes Dale Williams. O edifício, com mais de 5.400 m2 (58.000 pés quadrados), funciona como anfitrião de eventos musicais, religiosos, empresariais, educacionais e comunitários. A campanha Spirit of Excellence levou também à renovação do Salão Académico Thomas e Virginia Field, uma cafetaria e livraria muito maiores, um novo salão para estudantes, um laboratório de informática melhorado e numerosos escritórios e salas de aula. Também em 2002, o Missouri Baptist College tornou-se Missouri Baptist University. No Outono de 2005, a matrícula na MBU atingiu um máximo histórico de 4.460 estudantes. Nos seus trinta e quatro exercícios iniciais, a MBU conferiu 579 graus, outro recorde da MBU. Durante o Verão de 2007, a Biblioteca Jung-Kellogg da MBU foi renovada e foi acrescentada uma nova cafetaria. No semestre de Outono de 2009, a universidade começou a oferecer o seu primeiro programa de doutoramento, um Doutoramento em Educação.
p>Em 2017, o Dr. R. Alton Lacey anunciou a sua reforma após 23 anos como presidente da MBU. No Outono de 2017, o Dr. Keith L. Ross foi nomeado como o sétimo presidente da MBU. Lacey assumiu o papel de chanceler em Janeiro de 2018.
Foram feitas renovações em curso na biblioteca e grandes adições ao campo de futebol durante o Verão de 2019. A biblioteca foi agora transformada num espaço comum de aprendizagem. Em 2019, após um processo judicial de 17 anos, a Universidade Baptista do Missouri voltou a estar sob a jurisdição do Conselho de Administração da Convenção Baptista do Missouri.