O motor Cummins ISX a diesel pode ser operado numa configuração de combustível duplo, o que significa que pode funcionar correctamente com combustível diesel e gás natural. A queima de uma alternativa de gás natural preserva a eficiência térmica do gasóleo. O motor mais eficiente pode, por sua vez, produzir menos emissões. O ISX pode conseguir isto alterando o atraso de ignição e o tempo de injecção. Ao examinar o início da combustão (SOC), o computador do motor é capaz de empregar uma correlação preditiva de atraso de ignição. As características preditivas do motor maximizam tanto a eficiência como a potência útil para a fonte de combustível em questão. As compensações são feitas para o gás natural de modo a que a banda de potência e a gama de funcionamento continuem a funcionar para os clientes, reduzindo ao mesmo tempo as emissões. Foram também efectuados testes com o Cummins ISX pela EPA para utilização de gás natural que produziram resultados de grande redução de emissões de NOx. A configuração ostenta noventa por cento menos emissões de NOx do que a actual norma EPA. Isto torna o Cummins ISX que queima gás natural um dos motores diesel mais limpos a funcionar no mundo. O ISX também utiliza um DPF, ou filtro de partículas diesel, exigido pela EPA. O DPF filtra as partículas sólidas no escape do motor, reduzindo as emissões do tubo de escape. O DPF tem de ser mantido regularmente, no entanto, devido à sua concepção intrincada. O sistema de controlo de emissões irá instituir uma regeneração do filtro que queima as partículas. Qualquer combustível in-combustível encontrado nos aditivos de lubrificação permanecerá no DPF, o que pode causar problemas com a contrapressão e eficiência. Isto significa que o DPF precisa de ser regularmente removido e limpo para o Cummins ISX. Um óleo sem cinzas poderia significar que a limpeza seria desnecessária, mas pode inibir as propriedades de lubrificação. Um óleo sem fósforo foi estudado e considerado ideal para sistemas e lubrificação DPF. O óleo apresenta resultados de passagem tanto para depósitos de pistão como para o consumo de óleo, o que significa que o sistema DPF seria optimizado com a utilização de óleo com fósforo zero, ultra baixo teor de enxofre. O Cummins ISX também utilizou DEF, ou fluido de escape diesel, em modelos posteriores, quando os requisitos da EPA mudaram. O DEF é um sistema de ureia injectada que reduz as emissões de um motor diesel. O Cummins ISX é obrigado a ter inibidores em vigor para determinadas falhas do sistema DEF. Quando o depósito DEF é baixo ou vazio, o ISX reduz a potência em vinte e cinco por cento. Cortes de energia e avisos ao condutor são também utilizados quando o sistema DEF foi adulterado ou não está a funcionar correctamente. Cummins corrigiu várias avarias e realizou pesquisas baseadas no cliente de vários milhões de quilómetros de utilização rodoviária do ISX Cummins para tornar o sistema DEF tão funcional quanto possível. O sistema também é necessário para reduzir a potência dada qualquer problema a fim de reduzir as emissões a um mínimo absoluto.