Os sulfuretos de ferro ocorrem amplamente na natureza sob a forma de proteínas de enxofre de ferro.
As matérias orgânicas degradam-se em condições de baixo teor de oxigénio (ou hipóxicas), tais como em pântanos ou zonas mortas de lagos e oceanos, as bactérias redutoras de sulfatos reduzem vários sulfatos presentes na água, produzindo sulfureto de hidrogénio. Alguns dos sulfuretos de hidrogénio reagirão com iões metálicos na água ou sólidos para produzir ferro ou sulfuretos metálicos, que não são solúveis na água. Estes sulfuretos metálicos, como o sulfureto de ferro(II), são frequentemente pretos ou castanhos, levando à cor do lodo.
Pirrotita é um produto residual da bactéria Desulfovibrio, uma bactéria redutora de sulfato.
Quando os ovos são cozinhados durante muito tempo, a superfície da gema pode ficar verde. Esta mudança de cor deve-se ao sulfureto de ferro(II), que se forma como o ferro da gema reage com o sulfureto de hidrogénio libertado da clara do ovo pelo calor. Esta reacção ocorre mais rapidamente nos ovos mais velhos, uma vez que as claras são mais alcalinas.
A presença de sulfureto de ferro como um precipitado preto visível no meio de crescimento do ágar de ferro peptona pode ser utilizada para distinguir entre os microrganismos que produzem a enzima de metabolização da cisteína cisteína dessulfidrase e os que não o fazem. O ágar de ferro peptona contém o aminoácido cisteína e um indicador químico, citrato férrico. A degradação da cisteína liberta o gás sulfureto de hidrogénio que reage com o citrato férrico para produzir sulfureto ferroso.