Der Cummins ISX-Dieselmotor kann in einer Dual-Fuel-Konfiguration betrieben werden, das heißt, er kann sowohl mit Dieselkraftstoff als auch mit Erdgas betrieben werden. Durch die Verbrennung einer Erdgasalternative bleibt der thermische Wirkungsgrad des Diesels erhalten. Der effizientere Motor kann im Gegenzug weniger Emissionen produzieren. Der ISX kann dies durch die Veränderung von Zündverzug und Einspritzzeitpunkt erreichen. Durch die Untersuchung des Verbrennungsbeginns (SOC) ist der Motorcomputer in der Lage, eine prädiktive Zündverzugs-Korrelation anzuwenden. Die prädiktiven Eigenschaften des Motors maximieren sowohl den Wirkungsgrad als auch die Nutzleistung für die gegebene Kraftstoffquelle. Es werden Kompensationen für das Erdgas vorgenommen, so dass das Leistungsband und der Betriebsbereich für die Kunden weiterhin funktionsfähig sind, während die Emissionen reduziert werden. Der Cummins ISX wurde von der EPA auch für den Einsatz mit Erdgas getestet, was zu einer erheblichen Reduzierung der NOx-Emissionen führte. Die Konfiguration weist neunzig Prozent niedrigere NOx-Emissionen auf als die aktuelle EPA-Norm. Dies macht den mit Erdgas betriebenen Cummins ISX zu einem der am saubersten laufenden Dieselmotoren der Welt. Der ISX verfügt außerdem über einen DPF, einen Dieselpartikelfilter, der von der EPA vorgeschrieben ist. Der DPF filtert die Feststoffpartikel im Abgas des Motors heraus und reduziert so die Auspuffemissionen. Der DPF muss jedoch aufgrund seiner komplizierten Konstruktion regelmäßig gewartet werden. Das Emissionskontrollsystem führt eine Filterregeneration durch, bei der die Partikel abgebrannt werden. Die in den Schmierstoffadditiven enthaltenen Verbrennungsrückstände verbleiben im DPF, was zu Problemen mit dem Gegendruck und der Effizienz führen kann. Das bedeutet, dass der DPF beim Cummins ISX regelmäßig ausgebaut und gereinigt werden muss. Ein aschefreies Öl könnte bedeuten, dass eine Reinigung unnötig wäre, kann aber die Schmiereigenschaften beeinträchtigen. Ein phosphorfreies Öl wurde untersucht und als ideal für DPF-Systeme und Schmierung befunden. Das Öl zeigt gute Ergebnisse sowohl bei Kolbenablagerungen als auch beim Ölverbrauch, was bedeutet, dass das DPF-System durch die Verwendung eines phosphorfreien, extrem schwefelarmen Öls optimiert würde. Der Cummins ISX nutzte in späteren Modellen auch DEF, oder Dieselabgasflüssigkeit, als sich die EPA-Anforderungen änderten. DEF ist ein System aus eingespritztem Harnstoff, das die Emissionen eines Dieselmotors reduziert. Der Cummins ISX muss über Inhibitoren verfügen, die bei bestimmten Störungen des DEF-Systems zum Einsatz kommen. Wenn der DEF-Tank niedrig oder leer ist, reduziert der ISX die Leistung um fünfundzwanzig Prozent. Leistungsabschaltungen und Fahrerwarnungen werden auch eingesetzt, wenn das DEF-System manipuliert wurde oder nicht richtig funktioniert. Cummins hat mehrere Fehlfunktionen korrigiert und eine kundenbasierte Untersuchung von mehreren Millionen Kilometern Straßeneinsatz des Cummins ISX durchgeführt, um das DEF-System so funktionsfähig wie möglich zu machen. Das System ist außerdem verpflichtet, bei Problemen die Leistung zu reduzieren, um die Emissionen auf ein absolutes Minimum zu senken.