Der Prozess
Anfangend am 13. Januar 1431 wurden Aussagen, die in Lothringen und anderswo gemacht wurden, vor dem Bischof und seinen Beisitzern verlesen; sie sollten den Rahmen für das Verhör von Jeanne bilden. Als sie am 21. Februar vor ihre Richter geladen wurde, bat Johanna um die Erlaubnis, vorher die Messe besuchen zu dürfen, was ihr jedoch wegen der Schwere der ihr zur Last gelegten Verbrechen, darunter der Selbstmordversuch durch einen Sprung in den Graben, verweigert wurde. Man befahl ihr zu schwören, die Wahrheit zu sagen, was sie auch tat, aber sie weigerte sich stets, die Dinge, die sie zu Karl gesagt hatte, preiszugeben. Cauchon verbot ihr, ihr Gefängnis zu verlassen, aber Johanna bestand darauf, dass sie moralisch frei sei, einen Fluchtversuch zu unternehmen. Daraufhin wurden Wachen eingeteilt, die immer bei ihr in der Zelle blieben, und sie wurde an einen Holzblock gekettet und manchmal in Eisen gelegt. Zwischen dem 21. Februar und dem 24. März wurde sie fast ein Dutzend Mal verhört. Jedes Mal musste sie aufs Neue schwören, die Wahrheit zu sagen, aber sie machte stets deutlich, dass sie ihren Richtern nicht unbedingt alles verraten würde, da diese, obwohl fast alle Franzosen waren, Feinde von König Karl waren. Der Bericht dieser vorläufigen Befragung wurde ihr am 24. März vorgelesen, und bis auf zwei Punkte gab sie seine Richtigkeit zu.
Als der eigentliche Prozess etwa einen Tag später begann, dauerte es zwei Tage, bis Johanna auf die 70 Anklagepunkte antwortete, die gegen sie aufgestellt worden waren. Diese stützten sich hauptsächlich auf die Behauptung, dass ihr Verhalten blasphemische Anmaßung zeige: insbesondere, dass sie für ihre Äußerungen die Autorität göttlicher Offenbarung beanspruchte; die Zukunft prophezeite; ihre Briefe mit den Namen Jesu und Marias versah und sich damit mit dem neuartigen und verdächtigen Kult des Namens Jesu identifizierte; behauptete, sich der Erlösung sicher zu sein; und Männerkleidung trug. Der vielleicht schwerwiegendste Vorwurf war, dass sie das, was sie für die direkten Gebote Gottes hielt, denen der Kirche vorzog.
Am 31. März wurde sie erneut zu mehreren Punkten befragt, zu denen sie ausweichend geantwortet hatte, insbesondere zur Frage ihrer Unterordnung unter die Kirche. In ihrer Position wurde der Gehorsam gegenüber dem Gericht, das sie verurteilte, unweigerlich zu einem Test für diese Unterordnung gemacht. Sie tat ihr Bestes, um diese Falle zu vermeiden, indem sie sagte, sie wisse sehr wohl, dass die militante Kirche nicht irren könne, aber sie sei Gott und ihren Heiligen gegenüber für ihre Worte und Taten verantwortlich. Der Prozess wurde fortgesetzt, und die 70 Anklagepunkte wurden auf 12 reduziert, die zur Prüfung an viele bedeutende Theologen in Rouen und Paris geschickt wurden.
In der Zwischenzeit erkrankte Johanna im Gefängnis und wurde von zwei Ärzten betreut. Am 18. April erhielt sie Besuch von Cauchon und seinen Assistenten, die sie ermahnten, sich der Kirche zu unterwerfen. Johanna, die schwer krank war und dachte, sie würde sterben, bat darum, zur Beichte gehen und die heilige Kommunion empfangen zu dürfen und in geweihter Erde begraben zu werden. Sie bedrängten sie weiter und erhielten nur ihre ständige Antwort: „Ich verlasse mich auf unseren Herrn, ich halte an dem fest, was ich bereits gesagt habe.“ Am 9. Mai wurden sie noch hartnäckiger und drohten ihr mit Folter, wenn sie bestimmte Punkte nicht klarstellen würde. Sie antwortete, dass sie, selbst wenn sie zu Tode gefoltert würde, nicht anders antworten würde, und fügte hinzu, dass sie in jedem Fall hinterher behaupten würde, dass jede Aussage, die sie machen würde, mit Gewalt von ihr erpresst worden sei. Angesichts dieser vernünftigen Haltung entschieden ihre Vernehmer mit einer Mehrheit von 10 zu drei, dass Folter nutzlos sei. Am 23. Mai wurde Johanna über die Entscheidung der Pariser Universität informiert, dass sie, wenn sie auf ihren Irrtümern beharrte, den weltlichen Behörden übergeben würde; nur diese, und nicht die Kirche, könnten das Todesurteil einer verurteilten Ketzerin vollstrecken.