Das Herz der Finsternis dreht sich um Marlow, einen introspektiven Seemann, und seine Reise den Kongo-Fluss hinauf, um Kurtz zu treffen, der ein idealistischer Mann mit großen Fähigkeiten sein soll.Marlow nimmt einen Job als Flussschiff-Kapitän bei der Company an, einem belgischen Unternehmen, das den Handel im Kongo organisiert. Auf seiner Reise nach Afrika und dann den Kongo hinauf stößt Marlow auf weit verbreitete Ineffizienz und Brutalität in den Stationen der Company. Die Eingeborenen der Region wurden in den Dienst der Kompanie gezwungen, und sie leiden schrecklich unter Überarbeitung und schlechter Behandlung durch die Agenten der Kompanie. Die Grausamkeit und das Elend des kaiserlichen Unternehmens stehen in scharfem Kontrast zu dem leidenschaftslosen und majestätischen Dschungel, der die Siedlungen der Weißen umgibt und sie wie winzige Inseln inmitten einer riesigen Finsternis erscheinen lässt.
Marlow kommt an der Central Station an, die vom Generalmanager geleitet wird, einem unangenehmen, verschwörerischen Charakter. Er findet heraus, dass der Dampfer gesunken ist und verbringt mehrere Monate damit, auf Teile zur Reparatur zu warten. In dieser Zeit wächst sein Interesse an Kurtz. Der Manager und sein Favorit, der Ziegelmacher, scheinen Kurtz als Bedrohung ihrer Position zu fürchten. Es wird gemunkelt, dass Kurtz krank ist, was die Verzögerungen bei der Reparatur des Schiffes noch kostspieliger macht. Marlow bekommt schließlich die Teile, die er braucht, um sein Schiff zu reparieren, und er und der Manager machen sich mit ein paar Agenten (die Marlow wegen ihrer seltsamen Angewohnheit, lange Holzstäbe mit sich zu führen, Pilger nennt) und einer Mannschaft von Kanibalen auf eine lange, schwierige Reise den Fluss hinauf. Der dichte Dschungel und die bedrückende Stille machen alle an Bord etwas nervös, und der gelegentliche Anblick eines Eingeborenendorfes oder der Klang von Trommeln versetzt die Pilger in Aufregung.
Marlow und seine Mannschaft stoßen auf eine Hütte mit gestapeltem Feuerholz, zusammen mit einer Notiz, die besagt, dass das Holz für sie ist, sie sich aber vorsichtig nähern sollen. Kurz nachdem der Dampfer das Brennholz an Bord genommen hat, wird er von einem dichten Nebel umgeben. Als sich der Nebel lichtet, wird das Schiff von einer unsichtbaren Gruppe von Eingeborenen angegriffen, die aus der Sicherheit des Waldes Pfeile abfeuern. Der afrikanische Steuermann wird getötet, bevor Marlow die Eingeborenen mit der Dampfpfeife des Schiffes verscheucht. Nicht lange danach kommen Marlow und seine Begleiter an Kurtz‘ Innenstation an, in der Erwartung, ihn tot vorzufinden, aber ein halbverrückter russischer Händler, der sie begrüßt, als sie an Land kommen, versichert ihnen, dass alles in Ordnung ist und informiert sie, dass er derjenige ist, der das Holz verlassen hat. Der Russe behauptet, Kurtz habe seinen Geist erweitert und könne nicht den gleichen moralischen Urteilen unterworfen werden wie normale Menschen. Offenbar hat sich Kurtz bei den Eingeborenen als Gott etabliert und unternimmt auf der Suche nach Elfenbein brutale Raubzüge in der Umgebung. Die Ansammlung von abgetrennten Köpfen, die die Zaunpfähle um die Station schmücken, zeugt von seinen „Methoden“. Die Pilger bringen Kurtz auf einer Bahre aus dem Stationshaus, und eine große Gruppe von Eingeborenen-Kriegern stürmt aus dem Wald und umzingelt sie. Kurtz spricht zu ihnen, und die Eingeborenen verschwinden im Wald.
Der Manager bringt Kurtz, der ziemlich krank ist, an Bord des Dampfers. Eine schöne Eingeborene, offenbar Kurtz‘ Geliebte, erscheint am Ufer und starrt auf das Schiff hinaus. Der Russe deutet an, dass sie in irgendeiner Weise mit Kurtz verwickelt ist und durch ihren Einfluss auf ihn schon einmal Ärger verursacht hat. Die Russin offenbart Marlow, nachdem sie ihn zur Verschwiegenheit verpflichtet hat, dass Kurtz den Angriff auf den Dampfer befohlen hatte, um sie glauben zu lassen, er sei tot, damit sie umkehren und ihn seinen Plänen überlassen. Daraufhin verlässt der Russe das Schiff mit dem Kanu, da er den Unmut des Managers fürchtet. Kurtz verschwindet in der Nacht, und Marlow macht sich auf die Suche nach ihm und findet ihn auf allen Vieren in Richtung des Eingeborenenlagers kriechend. Marlow hält ihn auf und überredet ihn, zum Schiff zurückzukehren. Am nächsten Morgen fahren sie den Fluss hinunter, aber Kurtz‘ Gesundheit lässt schnell nach.
Marlow hört Kurtz beim Reden zu, während er das Schiff steuert, und Kurtz vertraut Marlow ein Paket mit persönlichen Dokumenten an, darunter ein eloquentes Pamphlet über die Zivilisierung der Wilden, das mit einer gekritzelten Nachricht endet, die besagt: „Exterminiert alle Bestien!“ Der Dampfer hat eine Panne, und sie müssen für Reparaturen anhalten. Kurtz stirbt und spricht seine letzten Worte – „Der Horror! Das Grauen!“ – im Beisein des verwirrten Marlow. Marlow erkrankt kurz darauf und überlebt nur knapp. Schließlich kehrt er nach Europa zurück und besucht Kurtz‘ Zukünftige (seine Verlobte). Sie ist immer noch in Trauer, obwohl es schon über ein Jahr her ist, dass Kurtz gestorben ist, und sie lobt ihn als ein Vorbild an Tugend und Leistung.Sie fragt, was seine letzten Worte waren, aber Marlow kann sich nicht dazu durchringen, ihre Illusionen mit der Wahrheit zu zerstören. Stattdessen sagt er ihr, dass Kurtz‘ letztes Wort ihr Name war.