Das erste Geschäft wurde 1938 als Longs Self-Service Drugs von den Brüdern Thomas und Joseph Long (Schwiegersohn von Marion Barton Skaggs, Mitbegründerin von Safeway Inc.) gegründet, als sie ihr erstes Geschäft in der Piedmont Avenue in Oakland, Kalifornien, eröffneten. Das erste Longs auf Hawaii wurde am 29. März 1954 in Honolulu eröffnet. Bis 1971 meldete Longs einen Umsatz von 169 Millionen Dollar in seinen 54 Filialen. Im selben Jahr wurde das Unternehmen in eine Aktiengesellschaft umgewandelt.
1977 expandierte das Unternehmen nach Alaska, 1978 nach Arizona und Oregon und 1979 nach Nevada. Bis 1982 hatte Longs 162 Filialen und überschritt die Umsatzgrenze von 1 Milliarde Dollar. 1987 erwarb Longs 11 Osco-Drogerien in Kalifornien und eine in Colorado. Außerdem verkauften sie 15 Filialen in Arizona an Osco. Der Umsatz überschritt 1990 zum ersten Mal die Marke von 2 Milliarden Dollar. 1993 kaufte Longs Bill’s Drugs, eine Kette mit 20 Filialen in Nordkalifornien, für 23,9 Millionen Dollar.
1995 gründete Longs Integrated Health Concepts, eine Pharmacy Benefit Management Firma. Sie schlossen auch 2 Filialen in Alaska. Im Jahr 1997 schlossen Longs und American Drug Stores Inc. (damals eine Tochtergesellschaft von Albertson’s Inc.) ihre Pharmacy Benefit Management-Firmen zu RxAmerica zusammen, wobei jedes Unternehmen 50 % der Anteile behielt.
1998 erwarb Longs 20 Drug Emporium-Filialen von Western Drug Distributors, Inc. 18 der Filialen befanden sich im westlichen Washington und zwei in Portland, Oregon. Rite Aid verkaufte Longs im Oktober 1999 32 Filialen in Kalifornien für 150 Millionen Dollar.
Am 17. September 2001 übte Longs seine Option auf den Erwerb von Albertsons Anteil an RxAmerica aus und wurde damit zum vollständigen Eigentümer des PBM.
Im Jahr 2003 trat Bob Long als Chairman und CEO zurück und markierte damit das erste Mal in der Geschichte von Longs Drugs, dass ein Mitglied der Gründerfamilie nicht am Unternehmen beteiligt war. 2004 übernahm Longs die in Sacramento, Kalifornien, ansässige American Diversified Pharmacies (ADP), eine Versandapotheke. Am 1. Januar 2006 begann RxAmerica mit dem Angebot von Medicare Part D verschreibungspflichtigen Medikamentenplänen in allen 50 Bundesstaaten und dem District of Columbia.
Im Juni 2006 kaufte Longs 21 Einzelhandelsapotheken, von Network Pharmaceuticals, Inc. Die Network-Apotheken befinden sich in der Nähe des Point of Care (wie Krankenhäuser, Kliniken und medizinische Bürogebäude) und waren viel kleiner als Longs traditionelle Einzelhandelsgeschäfte. Longs erwarb außerdem 4 Filialen von PharMerica, Inc. einer Tochtergesellschaft der AmerisourceBergen Corporation.
Bis 2008 übernahm CVS/pharmacy Longs Drugs. Im Jahr 2011 schloss CVS den 8.400 m2 großen Flagship Superstore in Oakland, CA, aufgrund von Sanierungsplänen.