Das Spiel beginnt damit, dass der Spieler von der spanischen Krone eine Erkundungsflotte erhalten hat, bestehend aus vier Schiffen, hundert Mann und einigen Handelsgütern. Das Spiel zeigt eine Stadt in Spanien, eine ziemlich vereinfachte 2D-Sidescrolling-Darstellung der Stadt, die aus dem Haus des Spielers, einem Palast, einem Wirtshaus und einem Ausstatter besteht. Der Spieler kann mit dem Joystick durch die Stadt laufen und die Gebäude betreten, um über Menüs mit ihnen zu interagieren. Wenn man zum Beispiel das Ausrüstungsgeschäft betritt, wird ein Menü angezeigt, in dem man Vorräte, Männer und Handelswaren kaufen kann. Die Interaktion in Spanien ist ziemlich begrenzt; der Spieler bewegt sich bald zu den Schiffen, an einem Ende der Stadtkarte, um den Hafen zu verlassen.
Der größte Teil des Spiels wird auf einem Spielbildschirm mit einer kleinen, scrollenden Top-Down-Karte in der Mitte und einer Reihe von Statusanzeigen drum herum gespielt. Nach dem Verlassen des Hafens schaltet die Anzeige auf diese Karte um, und der Spieler steuert das Schiff in die Neue Welt. Zu jedem Zeitpunkt kann der Spieler ein Menü aufrufen, dessen Inhalt von der aktuellen Position des Spielers abhängt. Wird das Menü z. B. auf dem Schiff aufgerufen, kann man sich die Karte ansehen oder „Sachen absetzen“, wobei letztere Auswahl es ermöglicht, Erkundungstrupps zu bilden, indem man Männer und Vorräte von den Schiffen absetzen kann. Wenn der Spieler als Teil eines Erkundungstrupps an Land ist, wird mit demselben Menüpunkt ein Fort erstellt, wenn Männer darin abgesetzt werden.
Nach der Ankunft in der neuen Welt kann der Spieler die Küstenlinie erkunden, Missionen und Forts errichten und mit den Eingeborenen interagieren. Nähert man sich den Dörfern, zoomt die Karte heran und zeigt das Dorf, dargestellt durch vier Gebäude, und die Eingeborenen, die sich dort bewegen. In der Mitte steht der Häuptling des Dorfes. Wenn man sich ihm nähert und das Menü öffnet, kann man mit ihm gegen Gold und Nahrung handeln. Der Spieler hat die Möglichkeit, mit den Eingeborenen friedlich Handel zu treiben oder sie zu erobern, und kann sie (mit den richtigen Entscheidungen und etwas Glück) manchmal auch bekehren, wodurch das Dorf zu einer Mission wird.
Die Eingeborenen können angegriffen werden, indem man einfach auf sie zugeht. Ein paar versehentliche Tötungen sind für das Dorf akzeptabel und manchmal unvermeidlich, aber zu viele und die Eingeborenen werden feindlich und greifen die Gruppe an. In vielen Fällen können die Spanier die Eingeborenen überwältigen, die schließlich den Kampf aufgeben und den Spaniern erlauben, die Stadt zu plündern. Hinterhalte sind auch üblich, zwischen den Städten.
Vieles in Seven Cities of Gold wurde von historischen Berichten aus dieser Zeit beeinflusst. Die Interaktionen mit den Eingeborenen können friedlich oder feindselig sein, oder aufgrund der Sprachbarriere feindselig werden. Während man annehmen könnte, dass es das Ziel des Spiels ist, mit Reichtümern aus der Neuen Welt zurückzukehren, gibt es in Wirklichkeit überhaupt keine Ziele. Das Spiel hat kein Punktesystem und gibt dem Spieler eine Rückmeldung vom König, aber keine Einmischung, wenn er die Eingeborenen abschlachtet. Laut Bunten, aus einem Interview in Antic:
Der friedliche Ansatz funktioniert wirklich am besten. Ich habe noch nie einen total verkommenen Ansatz verwendet und gewonnen. Irgendwo muss man ja Freunde haben. Wenn etwas schief geht, brauchen Sie eine freundliche Mission, zu der Sie zurückkehren können und sich keine Sorgen um einen Aufstand oder so machen müssen. Einen Ort, an den man zurückkehren kann und weiß, dass es dort zum Beispiel Essen gibt. Sie brauchen eine Reihe dieser relativ sicheren Orte, auch wenn Sie auf eine Eroberungsmission gehen. Wenn Sie die Eingeborenen ständig misshandeln, werden Sie irgendwann eine Nachricht vom König erhalten, die besagt: ‚Behandeln Sie die Eingeborenen nicht so schlecht. Aber lass das Gold kommen.‘ Diese Doppelmoral ist direkt aus der Geschichte.“
Die Größe der Neuen Welt war eines der Konzepte, die in den Entwurf integriert wurden; das Land musste detailliert und vielfältig sein. Dadurch wurde die Datenspeicherung und -abfrage zu einem wichtigen Thema, zumal die Entwickler nicht wollten, dass lange Ladezeiten das Spiel beeinträchtigen. Bunten beschreibt: „Unser einziger Ausweg war, Technologien zu verwenden, die wir nicht hatten, bis wir gezwungen waren, sie zu erfinden.“ Das Spiel nutzte ein Streaming-System, um das Laden der Karte ohne Unterbrechung des Spielablaufs zu ermöglichen. Das Spiel wird mit einer einzigen „Welt“ ausgeliefert, die eng an die reale Welt angelehnt ist, einschließlich so kleiner Details wie die Florida Keys und die meisten bekannten Flüsse. Das Spiel enthält auch eine Welt-Erstellungs-Engine, die es dem Benutzer erlaubt, eine wirklich neue „Neue Welt“ zu erschaffen und sie auf einer vom Benutzer bereitgestellten Diskette zu speichern.
Die Spielkarten enthalten eine oder mehrere „verlorene Städte“, die durch ein Berg-Symbol an Orten versteckt sind, die typischerweise weit von anderen Landmassen entfernt sind. Entdecker, die über eine dieser versteckten Städte stolpern, werden mit der Meldung „Sir, wir haben eine verlorene Stadt entdeckt.“ begrüßt. Die Bewohner dieser Art von Dörfern sind gutmütig und laufen vor dem Spieler davon. Wenn der Häuptling des Dorfes angesprochen wird, informiert das Spiel den Spieler: „Wir können uns nehmen, was wir wollen, als Tribut!“ und der Benutzer kann eine beträchtliche Menge an Gold erwerben, ohne handeln zu müssen.