Anfang 2009 stellten die Ubuntu-Entwickler fest, dass die Paketverwaltung in Ubuntu verbessert und konsolidiert werden könnte. Jüngere Versionen von Ubuntu, wie Ubuntu 9.04 (Jaunty Jackalope), enthielten fünf Anwendungen für die Paketverwaltung, die Platz und andere Ressourcen verbrauchten sowie für Verwirrung bei den Benutzern sorgten. Anwendungen konnten über das einfache Hinzufügen/Entfernen von Anwendungen oder mit dem Synaptic Package Manager heruntergeladen werden. Der Software Updater sorgte für die Aktualisierung installierter Pakete und der Computer Janitor bereinigte Pakete, die nicht mehr benötigt wurden. Die Anwendung „Software Sources“ erlaubte die Auswahl des Paket-Downloadortes durch den Benutzer.
Die Ubuntu-Entwickler setzten als Ziel:
„… es sollte einen offensichtlichen Mechanismus zum Installieren, Entfernen und Aktualisieren von Software in Ubuntu geben, mit einem selbstverständlichen Namen und einer Schnittstelle, die jeder benutzen kann. Es sollte ein koordiniertes System für Entwickler und Enthusiasten geben, um die Nützlichkeit von Beschreibungen und anderen Metadaten für Softwarepakete zu verbessern. Die Schnittstelle für Software-Updates sollte verfeinert werden, um die freiwillige Installation von Updates auf den Millionen von Computern, auf denen Ubuntu installiert ist, zu maximieren. Und Projekte und Anbieter, deren Software für Ubuntu verpackt ist, sollten ermutigt werden, Links zur Präsenz ihrer Software im Software Store bereitzustellen, anstelle von Befehlszeilen-Installationsanweisungen.“
Canonical führte das Software Center schrittweise ein, beginnend mit Ubuntu 9.10 (Karmic Koala), wobei die vollständige Funktionalität für Ubuntu 11.10 im Oktober 2011 erwartet wurde. Bis Mai 2011 war der Plan größtenteils abgeschlossen:
Oktober 2009 – Version 1.0.2, die mit Ubuntu 9.10 (Karmic Koala) ausgeliefert wurde, führte eine neue, einfache Oberfläche zum Auffinden, Installieren und Entfernen von Software ein, mit besserer Sicherheit auf Basis von PolicyKit statt gksudo. April 2010 – Version 2.0.2 wurde mit Ubuntu 10.04 (Lucid Lynx) LTS ausgeliefert Das Software-Center fügte Listen von Nicht-Anwendungspaketen auf vereinfachte Art und Weise hinzu und bietet auch Unterkategorien für Anwendungen und Persönliche Paketarchive. Oktober 2010 – Version 3.0.4 wurde mit Ubuntu 10.10 (Maverick Meerkat) ausgeliefert. Sie ermöglichte es Benutzern, Software zu kaufen und zeigte eine Historie vergangener Installationen, Entfernungen und Käufe, einschließlich des Rückgängigmachens bestimmter Änderungen. April 2011 – Version 4.0 wurde mit Ubuntu 11.04 (Natty Narwhal) ausgeliefert. Sie ermöglichte es Benutzern, Software zu bewerten und zu rezensieren, sowie die Möglichkeit, Bewertungen und Rezensionen anderer teilnehmender Ubuntu-Benutzer zu sehen. Oktober 2011 – Ubuntu 11.10 (Oneiric Ocelot) Die fünfte Version des Software Centers wurde in GTK3 neu geschrieben, das Design wurde verbessert (bessere Integration in das Systemthema, Werbebanner hinzugefügt, schönere Auflistung von Apps), auch die Startzeit wurde verbessert. Software Center wurde teilweise für die Touch-Bedienung vorbereitet, indem größere Icons eingebaut wurden. Das Software Center brachte auch die Integration von Unity Launcher, Sortierung nach Bewertungen und Systemanforderungen für Anwendungen. Einige GDebi-Technologie wurde ebenfalls integriert, um die Geschwindigkeit beim Umgang mit .deb-Dateien zu verbessern. 19. Dezember 2011 Eine Online-Ausgabe des Ubuntu Software Centers wurde veröffentlicht, das Ubuntu Apps Directory. Der Webshop zeigt den gleichen Inhalt wie die Software-Center-Anwendung, mit einer Download-Schaltfläche, die die Anwendung öffnet, wenn Ubuntu läuft, oder einem Link zum Herunterladen des Ubuntu-Betriebssystem-Installationsprogramms, wenn ein anderes Betriebssystem läuft. April 2012 – Ubuntu 12.04 (Precise Pangolin) Das Ubuntu Software Center erhielt neue monochrome Elemente. Canonical schuf eine webbasierte Entwicklerplattform, um Programmierern zu helfen, Anwendungen für Ubuntu zu erstellen. Das Software Center erhielt eine neue Kategorie: „Bücher und Zeitschriften“, die Möglichkeit, Videopräsentationen von kostenpflichtigen Anwendungen und mehrere Screenshots pro einer App anzuzeigen. Außerdem wurde die Unterstützung für Fortschrittsbalken im Software Center hinzugefügt.
Im August 2015 kritisierte Chris Hoffman von PC World die Anwendung und wies darauf hin, dass Canonical sie nicht richtig pflegte, während an der Ersatzanwendung gearbeitet wurde. Insbesondere merkte er an, dass kostenpflichtige Anwendungen nicht richtig unterstützt wurden und dass Canonical die Entwickler nicht darüber informiert hatte. Die Anwendung funktioniert immer noch für die Installation und Verwaltung von freien Software-Anwendungen.
Im November 2015 kündigte Canonical an, dass die Entwicklung beendet und die Anwendung durch GNOME Software in Ubuntu 16.04 LTS ersetzt werden würde.