E-Hentai è stato lanciato come gruppo Yahoo! il 1° luglio 1999. Il gruppo si è spostato su un dominio .net nel 2001 prima di passare al suo attuale dominio .org nel 2005 dopo che la proprietà del suo dominio .net è decaduta ed è stato acquistato da un’altra parte. Il 27 marzo 2010, E-Hentai ha annunciato che in risposta alle pressioni degli inserzionisti, non avrebbe più ospitato opere d’arte raffiguranti personaggi minorenni (lolicon e shotacon) e bestialità. Le gallerie esistenti che contenevano questi contenuti sono state cancellate dal sito, pari alla rimozione di circa 30.000 delle 150.000 gallerie del sito; questo contenuto è stato poi scorporato su Exhentai, un sito gemello di E-Hentai. L’accesso a Exhentai richiede un account E-Hentai esistente; per gli individui senza un account, Exhentai appare come una pagina bianca con l’illustrazione di un panda che piange, e di conseguenza si è guadagnato il soprannome di “Panda triste” tra gli utenti del sito. Nel giugno 2019, entrambi i siti sono stati rimossi da Google, secondo la politica aziendale di de-listing dei siti web che violano il Digital Millennium Copyright Act.
Il 26 luglio 2019, E-Hentai e Exhentai hanno annunciato che entrambi i siti avrebbero chiuso in risposta ai “recenti cambiamenti legislativi nei Paesi Bassi”, dove i server dei siti erano ospitati al momento. Vice ha ipotizzato che lo spegnimento fosse in reazione alla direttiva sul diritto d’autore nel mercato unico digitale adottata dall’Unione europea nel giugno 2019, che rende le piattaforme digitali legalmente responsabili del materiale pubblicato dagli utenti che viola il diritto d’autore, così come una proposta del luglio 2019 del ministro della giustizia olandese Ferdinand Grapperhaus per imporre punizioni più severe ai siti web che non rimuovono rapidamente la pornografia infantile. È stato dato un preavviso di 24 ore per la chiusura di Exhentai, portando gli utenti della image board 4chan a tentare di archiviare l’intero sito prima della sua chiusura il 27 luglio. Il 2 agosto 2019, Exhentai ha rilanciato dopo che i suoi server sono stati trasferiti in Moldavia.