Nel 1957, un crescente bisogno di un’istituzione cristiana evangelica nella zona di St. Louis spinse all’apertura di un’estensione del campus dell’Hannibal-LaGrange College nella Tower Grove Baptist Church. Sessantotto studenti furono iscritti quell’anno inaugurale.
Le classi del centro di estensione, noto anche come St. Louis Baptist College, si incontravano nell’edificio delle attività della Tower Grove Baptist Church. Nel 1964, il Missouri Baptist College è stato fondato come un college cristiano evangelico quadriennale di arti liberali. Sotto gli auspici dell’Hannibal-LaGrange College e la direzione del suo presidente, il dottor L.A. Foster, furono offerti corsi biblici per pastori e laici. Durante il secondo mandato, furono richiesti e forniti diversi corsi di arti liberali. L’influenza degli studenti, insieme al lavoro organizzativo dei leader battisti di St. Louis, dei pastori e dei laici, influenzò lo statuto della MBU. La prima riunione del consiglio di amministrazione del Missouri Baptist College si tenne nel gennaio 1964. Il Dr. Frank Kellogg servì come primo presidente del consiglio di amministrazione e più tardi come secondo presidente.
Nel luglio 1964, i leader acquistarono il sito del campus principale di MBU, un terreno metropolitano vicino alla Interstate 270 e alla U.S. Route 40 nella contea di West Saint Louis. Nel settembre 1968, 186 studenti iniziarono le lezioni, più che triplicando le dimensioni dell’istituzione in poco più di un decennio. Nel maggio 1973, il Missouri Baptist College ha laureato la sua prima classe di ventinove studenti, ognuno dei quali ha conseguito un Bachelor of Arts.
Nel 1980, il Missouri Baptist College ha iniziato un nuovo capitolo della sua vita con il completamento delle Pillsbury-Huff Residence Halls, convertendosi da un campus per pendolari a un’istituzione residenziale. Nell’autunno del 1986, MBC ha iniziato ad offrire corsi in entrambe le contee di Jefferson e Franklin.
Il dottor R. Alton Lacey ha preso le redini della Missouri Baptist University nel 1995 come sesto presidente dell’università. Sotto la sua guida, gli iscritti alla MBU sono più che raddoppiati; l’università ha introdotto programmi di laurea, post-laurea e nuovi gradi di laurea; e la MBU ha tenuto una campagna di successo da 10 milioni di dollari, il più grande progetto di sviluppo nella storia della MBU.
Nell’aprile 2000, il college è stato approvato per offrire il Master of Science in Education. Oggi il programma di laurea di MBU include un Master of Business Administration e un Master of Arts in Christian Ministry e un’offerta ampliata del suo programma di laurea iniziale, il Master of Science in Education.
Nella primavera del 2002, il campus ha completato la campagna Spirit of Excellence con l’inaugurazione della nuova Cappella Pillsbury da 10 milioni di dollari e del Dale Williams Fine Arts Center. L’edificio, che comprende più di 58.000 piedi quadrati (5.400 m2), ospita eventi musicali, religiosi, commerciali, educativi e comunitari. La campagna Spirit of Excellence ha anche portato alla ristrutturazione della Thomas and Virginia Field Academic Hall, una caffetteria e una libreria molto più grandi, una nuova sala studenti, un laboratorio informatico migliorato e numerosi uffici e aule. Sempre nel 2002, il Missouri Baptist College è diventato Missouri Baptist University. Nell’autunno del 2005, l’iscrizione alla MBU ha raggiunto il massimo storico di 4.460 studenti. Alla sua trentaquattresima cerimonia di consegna, MBU ha conferito 579 lauree, un altro record di MBU. Durante l’estate del 2007, la Biblioteca Jung-Kellogg di MBU è stata rinnovata ed è stata aggiunta una nuova caffetteria. Nel semestre autunnale del 2009, l’università ha iniziato a offrire il suo primo programma di dottorato, un dottorato in educazione.
Nel 2017, il dottor R. Alton Lacey ha annunciato il suo ritiro dopo 23 anni come presidente della MBU. Nell’autunno del 2017, il dottor Keith L. Ross è stato nominato settimo presidente di MBU. Lacey ha assunto il ruolo di cancelliere nel gennaio 2018.
Sono stati in corso lavori di ristrutturazione della biblioteca e importanti aggiunte al campo di calcio durante l’estate del 2019. La biblioteca è stata trasformata in uno spazio di apprendimento comune. Nel 2019, dopo una causa di 17 anni la Missouri Baptist University è tornata sotto la giurisdizione del Consiglio dei fiduciari della Missouri Baptist Convention.