Il vaccino antinfluenzale funziona stimolando il corpo a produrre anticorpi per combattere i virus con componenti molecolari simili a quelli del vaccino. L’efficacia del vaccino dipende da almeno tre fattori: 1) quanto strettamente i componenti del vaccino corrispondono a quelli del virus che causa l’epidemia di una data stagione; 2) quanto efficacemente il corpo è stato stimolato a produrre anticorpi; e 3) quanto durano questi anticorpi. Alcune stagioni sono migliori di altre in termini di corrispondenza tra il vaccino e i virus che finiscono per causare effettivamente le epidemie. Migliore è la corrispondenza, migliore è la protezione. Tuttavia, poiché i virus dell’influenza mutano rapidamente, il grado di corrispondenza diminuisce drasticamente ogni stagione. Inoltre, diversi gruppi di persone tendono ad avere diversi livelli di produzione di anticorpi in risposta al vaccino. Gli individui con una maggiore risposta al vaccino avranno quindi una protezione migliore e più duratura. Inoltre, man mano che i livelli di anticorpi diminuiscono (di circa il 50% nei primi sei mesi, con un certo livellamento nei due anni successivi), diminuisce anche la protezione. Queste sono le ragioni per cui il CDC raccomanda il vaccino antinfluenzale annuale per una protezione adeguata ad ogni stagione influenzale.