リンカーン病院は、1839年に “The Home for the Colored Aged “として、”Society for the Relief of Worthy Aged Indigent Colored Persons “と呼ばれる著名な慈善家グループによって設立されました。
半世紀以上にわたり、マンハッタンの様々な場所で活動してきましたが、1895年、評議員会は当時市の半農村地帯であったサウスブロンクスの141丁目とサザンブルバードの角に大きな土地を購入しました。 最新の医療設備を備えた新病院が建設された。 1899年4月29日に竣工式が行われた。 この病院は、黒人の救済と発展を目的とした設立当初の関係を維持しながらも、肌の色や信条に関係なくすべての人に開かれた総合病院となった。 病院の再編成が行われ、新しい土地に移転した際には、エイブラハム・リンカーン大統領に敬意を表して、リンカーン病院と改名されました。
人口密度が高くなり、サービスに対する需要が高まっていたことから、リンカーン病院は1938年に設立されました。 1925年、理事会はリンカーン病院をニューヨーク市の公共福祉局に売却することを決定しましたが、その理由は、人口密度の高いサウスブロンクスで必要とされるサービスの需要が増加し、慈善団体の資金が減少したためです。 第二次世界大戦中の軍隊への医師の大量流出と、それに続く地域の社会経済的な急激な衰退は、リンカーン病院にも影響を与えました。 産業構造改革により雇用が失われたことで、アメリカ南部、カリブ海、ラテンアメリカの貧しい農村地域からの新規移民や移住者は、それまでの世代の移民が持っていた安定した（しかし低スキルの）労働機会を得られなくなりました。
人口の変化に伴い、リンカーン病院にも変化が起こりました。 1969年、黒人やプエルトリコ人の専門家ではないスタッフが15日間にわたって精神科を占拠したことで、リンカーン病院はコミュニティ・メンタルヘルス運動の誕生に大きく貢献しました。 占拠者たちは、白人の精神科医のパターナリズムを批判し、コミュニティ・メンタルヘルスは、都市部の貧しい患者のニーズに十分に応えることも認識することもできない善意のエリートに支配された、都市部に奉仕する施設以上のものでなければならないと訴えた。 翌年の1970年7月14日には、プエルトリコ人活動家の過激なグループであるヤングロードがリンカーン病院の管理棟を占拠し、プエルトリコ人やアフリカ系アメリカ人の患者の健康上のニーズに市が無関心であることに抗議した。 彼らはまた、リンカーン病院の医療提供の悲惨な状況に抗議し、（病院のインターンを提供することで報酬を得ていた）医学部が患者のケアよりも医学生の育成を優先していると非難しました。 この抗議行動は、2人のヤング・ロードが逮捕されるという結果に終わった。 数ヵ月後の1970年11月には、ヤングロードとその仲間たちがリンカーン病院のナース・レジデンス・ビルを占拠し、リンカーンが予想していた薬物治療資金の使用、管理棟のスペースを薬物解毒プログラムに使用すること、精神科のオフィススペースを使用することなどを勝ち取りました。 また、「ピープルズ・プログラム」と呼ばれるコミュニティ・コントロールが開始されました。 リンカーン病院は、1970年代には、新たに設立されたニューヨーク市保健病院公社の中で、病人のケアや専門家のトレーニングを行う最高の施設の一つとして復活を遂げました。
現在のキャンパス
1976年。 1976年、「旧リンカーン」から2マイルほど離れた場所に、2億2千万ドルの建設費をかけて新施設が建設されました。 現在の病院の建物には、病院設計における最先端のコンセプトと洗練された設備が取り入れられています。 市街地の5ブロックを占め、サウスブロンクスのコミュニティ全体とアッパーマンハッタンの一部に医療を提供しています。
1990年代、リンカーンはMetropolitan Hospital Center、Morrisania Diagnostic and Treatment Center、Segundo Ruiz Belvis Diagnostic and Treatment CenterとともにNorth-Manhattan/South Bronxの「Generations Plus Network」の一員となりました。
2007年の時点で、リンカーンのベッド数は347床。
2014年には、2,400万ドルを投じて改修・拡張した救急部がオープンし、最新の設備を整えました。