「闇の奥」は、内省的な船乗りマーロウが、理想主義者で優れた能力を持つとされるカーツに会うためにコンゴ川を遡る旅を中心に描かれている。マーロウは、コンゴでの貿易を目的に組織されたベルギーの会社「カンパニー」の川船の船長としての仕事を受ける。 アフリカ、そしてコンゴを旅するうちに、マーロウはカンパニーのステーションに蔓延する非効率性と残虐性を目の当たりにする。 この地域の先住民は、会社に強制的に連れてこられ、会社のエージェントの手による過労と虐待に苦しんでいた。
マーロウは、不潔で陰謀を企む人物である総支配人が経営する中央駅に到着する。
マーロウは、不健全で陰謀をたくらむ総支配人が経営するセントラル・ステーションに到着し、蒸気船が沈没したことを知り、修理のための部品を待つために数ヶ月を過ごす。 この間にカーツへの関心が高まっていく。 経営者とそのお気に入りの煉瓦屋は、自分たちの地位を脅かす存在としてクルツを恐れているようだ。 また、カーツには病気の噂もあり、船の修理が遅れればそれだけ費用がかさむことになる。 船の修理に必要な部品を手に入れたマーローは、支配人と一緒に、数人のエージェント（マーローは長い木の杖を持ち歩く奇妙な習慣から巡礼者と呼んでいる）と蟹座の乗組員を連れて、川を遡る長く困難な航海に出発した。
マーローたちは、薪を積んだ小屋を見つけ、そこには「自分たちのための薪だが、慎重に近づくように」と書かれていた。 薪を運んだ直後、蒸気船は濃霧に包まれる。 霧が晴れると、船は見知らぬ原住民の一団に襲われ、安全な森の中から矢を放たれる。 アフリカ人の操舵手は殺され、マーローは船の汽笛で原住民を追い払う。 しかし、上陸したロシア人商人は、「すべてが順調だ」と言い、「木を残したのは自分だ」と告げる。 ロシア人は、カーツは心が肥大していて、普通の人と同じような道徳的判断ができないと主張する。 クルツは原住民の間で神としての地位を確立し、象牙を求めて周辺地域を残虐に襲撃していたようだ。 周りのフェンスの柱に切断された首が飾られているのは、彼の “やり方 “を証明している。 巡礼者たちが担架に乗せたカーツを駅舎から運び出すと、森の中から先住民の大群が押し寄せ、彼らを取り囲む。
支配人は重症のカーツを船に乗せる。
経営者は重症のクルツを船に乗せるが、岸辺にはクルツの愛人と思われる美しい先住民の女性が現れ、船を見つめている。 ロシア人は、彼女がKurtzと何らかの関係があり、以前にもKurtzに影響を与えてトラブルを起こしたことがあるとほのめかしている。 ロシア人はマルローに秘密保持を誓った上で、カーツが蒸気船を襲撃して自分が死んだと思わせ、引き返すように命じたことを明かす。 ロシア人は支配人の怒りを買うのを恐れてカヌーで去っていく。 夜になって姿を消したカーツをマーローが探しに行くと、彼は四つん這いになって先住民のキャンプに向かっていた。 マーローは彼を呼び止め、船に戻るよう説得する。
マーローは船を操縦しながらカーツの話を聞き、カーツはマーローに私物の書類を託す。その中には「野蛮人を絶滅させろ」という落書きで終わる野蛮人の文明化に関する雄弁なパンフレットも含まれていた。 汽船が故障し、修理のために停泊することになった。 クルツは、「The horror! 混乱するマーローを前に、カーツは「恐怖だ！恐怖だ！」と最期の言葉を口にして死ぬ。 混乱するマーロウを前に、カーツは「恐ろしや、恐ろしや」と言って死んでしまった。 彼女はカーツの死から1年以上経っているにもかかわらず、カーツを美徳と功績の象徴として讃え、カーツの最期の言葉は何だったのかと尋ねるが、マーロウは彼女の幻想を打ち砕くような真実を伝えることができなかった。 しかし、マーロウは彼女の幻想を打ち砕くことができず、カーツの最後の言葉は彼女の名前だったと告げるのだった。