Guinguette Marais Poitevin

The Diatoms: 簡単な概要

珪藻類は、生命の連鎖系に属する驚くべき生物のグループです。 光合成を行う単細胞生物（大きさは1μmから1mm以上）で、クロロフィルaとc、そしてキサントフィルやカロテノイドなどの副色素を持ち、生きた細胞は金色に輝く。 細胞壁は二層ガラスで、光合成による生成物は脂質である。 珪藻類は、生物の中で最も効率的な光合成装置を持っていると言われている。 珪藻は海洋、河口域、淡水の生態系に存在し、幅広い環境条件に生息している。 珪藻は、水のあるところ、あるいは水のあったところには必ず存在し、その効率的な光合成プロセスにより、炭素と酸素の地球規模での循環に重要な役割を果たしているのである。 また、細胞分裂に二酸化ケイ素を必要とすることから、シリカの地球規模での循環にも重要な役割を果たしている。

ほとんどの水生生態系において、珪藻類は他の藻類とともに食物連鎖の基盤となっています。

ほとんどの水生生態系において、珪藻類は他の藻類とともに食物連鎖の基礎となっており、一次生産者として生物界とアビオティック界をつなぐ重要な存在です。 このような重要な位置にある珪藻は、（その短い生成時間に加えて）環境変化の重要な指標となり得る（下記参照）。

このグループは全体的に非常に広範な生態系を占めています。

このグループは、全体的に非常に広い生態系を占めています。内陸のシステムでは、熱帯から極地まで世界中で珪藻を見つけることができ、大小の湖、沼、泉、湿地帯などの多くの湖沼環境や、源流から大河の河口までの湖沼環境など、幅広い生息環境に存在します。 温度勾配に沿って、氷の中で成長することが確認されており、温泉で発見された最初の真核生物の一つである。 塩分濃度に関しては、海の数倍の塩分濃度を持つ内陸湖や、最も希薄な淡水にも生息している。 珪藻は、最も自然で手つかずの環境や、一次下水処理場の排水口にも生息しています。

珪藻の細胞壁が珪酸質であることから、海洋と淡水の両方で珪藻の膨大な化石記録が残されています。

珪藻の細胞壁が珪素質であることから、海洋と淡水の両方で珪藻の化石記録が数多く残されています。 海洋記録の化石露頭はすべての大陸に存在し、海洋からは深海掘削計画や海洋掘削計画で採取された多くのコアが存在する。 海洋性珪藻類は、淡水性珪藻類よりも多くの属が存在する。 淡水域では、記録はより若く、最も古い記録は始新世のものであるとされている。

このような幅広い環境条件に加えて、珪藻は水生生態系の中で様々な物理的ニッチを占めています。 湖や大河の水面近くに浮かんだり、漂ったりしてプランクトンとして存在する適応性を持っています。 海岸線や流れの速い水域の高エネルギー地帯では、石や岩、木、他の植物や藻類などに様々なメカニズムで付着している。

珪藻が生息する環境には、物理的・化学的な要素に加えて、生物学的な要素もあります。 例えば、珪藻は様々な炭素源を利用し、中には海藻の粘質多糖類の中で生活する完全従属栄養の種も存在します。

世界的な分布、広い生態系、重要な生態学的役割を考慮すると、珪藻類が系統的に多様であることは驚くべきことではありません。 このグループには75,000以上の分類名が付けられており、200,000以上の種が存在するのではないかという推定もあります。

珪藻類はグループとしては広く分布していますが、個々の種は環境条件に対してそれぞれの好みや耐性を持っています。 珪藻類は環境の変化に素早く反応します。 水生生態系の状況や傾向を調べるために珪藻を利用する際には、個々の種の反応や群集の反応を理解することが基本的なアプローチとなっています。 珪藻は100年以上前から水質評価に用いられており、複数の大陸や多くの国でこのテーマに関する膨大な文献があり、このアプローチは多くの淡水、河口、海洋環境の現状を評価するために用いられている。 化石や、いくつかの長期的なモニタリングの取り組みにより、珪藻類は過去の状態をハインドキャストするためだけでなく、環境変化の傾向を予測するために使用されてきました。

珪藻類のアプリケーションは、水質評価をはるかに超えています。

珪藻の応用は水質評価にとどまらず、珪藻土と呼ばれる海洋・淡水の化石は、断熱材、研磨材、ろ過材など多くの素材として利用されています。 また、光合成によって脂質を生成する能力を持つ珪藻は、再生可能なバイオ燃料の原料として注目されており、石油の何倍もの価格の脂質細胞は、オメガ3オイルの栄養補助食品の原料として利用されています。

珪藻の研究テーマは、ナノテクノロジー、生物多様性、生息地の保全などで、時間的・空間的にコンパクトであることから、理論的・実践的な観点から生態現象の研究に利用されています。 分子生物学的研究では、油の生産から、温度や栄養レベルの変動に対応した取り込みと代謝、さらにはゲノムの変換に至るまで、幅広い活動のための遺伝的・生理的機構を発見し、評価する。 そして、彼らの系統関係についての理解に革命が起きつつあり、彼らの分類に対する古典的なアプローチを確実に覆しつつあります。

Editors

• Kociolek, John Patrick: Chief taxonomic editor

• Blanco, Saúl
• Coste, Michel
• Ector, Luc
• Karthick, Balasubramanian
• Kociolek, John Patrick: Mediophyceae
• Kulikovskiy, Maxim
• Liu, Yan
• Ludwig, Thelma
• Lundholm, Nina
• Potapova, マリーナ
• リメ、フレデリック
• サベ、コーエン
• サラ、シルビア
• サル、エウゲニア
• テイラー． Jonathan
• Thirouin, Kevin (on request Pat Kociolek, assistantship), Bacillariophyceae incertae sedis (on request Pat Kociolek, assistantship)
• Van de Vijver, Bart
• Wetzel, Carlos Eduardo
• Williams, David M.
• Witkowski, Andrzej
• Witkowski, Jakub

History of Diatom Names Catalogues

Fourtanier and Kociolek (2009)は、珪藻類の名前のカタログの開発の歴史を提供しています（1800年代初頭のAgardhとBoryの研究に始まり）。 また、Habirshaw、Peragallo、Mills、Vanlandinghamなど、珪藻類に焦点を当てて出版された主要なカタログも含まれています。 1932年以降に記載された種のカタログを確立し、構築した自然科学アカデミーのルース・パトリックの仕事（Potapova et al.2017年にまとめられている）や、ポール・シルバの仕事とIndex Nominum Algarumの開発も、珪藻類の名前の主要なリソースとなった。 Catalogue of Diatom Names (Fourtanier and Kociolek 2011) は、上記のリソースを統合し、クロスチェックを行い、12,500の文献にわたる情報の検証を含むオンラインリソースとして構築されました。

DiatomBaseは、Catalogue of Diatom Namesを統合し、Catalogue of Diatom Namesが最後に更新された2011年以降に登場した名前を含めるとともに、タイプ、生態、画像、オリジナルの記述、分布などの情報を含める試みです。 また、VLIZの支援を受けていることから、「DiatomBase」に収録されている名称のうち、どのような名称が認められているのか、また、その広範な生態的分布を把握することも目的としています。 同型同音異義語だけでなく、異型同音異義語も含めて決定することになります。 現在までに、74,000以上の名前がDiatomBaseに登録されています。 DiatomBaseを珪藻類の研究のための広範なリソースにするために、コミュニティの助けを借りて、新しいエントリーを取り入れ、矛盾を解決し、現在のエントリーに追加情報を加えることが編集者の仕事です。

What is here in the resources: Opportunities and limitations and future development

受け入れられているかどうかにかかわらず、各珪藻類の種や特定下層分類群について、以下のようなエントリがあるかもしれません。

1. 属名
2. 種名
3. 該当する場合は、三名法で示された特定下層名。
4. 種名の著者と年
5. AphiaID（ユニークな数値のデータベース識別子）
6. 上位分類（現在はCox, 2015による）
7. 「受け入れられている」か「受け入れられていない」かのステータス

。 WoRMSなどの用途で言えば、これは生物学的に認められた存在であるかどうかを意味し、同型同音異義語でも異型同音異義語でもありません。

8. 記録の状態（誰が記録をチェックしたかを示す）
9. 分類群のランク、例えば 種
10. 親：現在の分類群が属するすぐ上の分類群、例えば属
11. 同音異義語化された分類群：現在の名前にリンクされた同型の同音異義語のリスト
12. 出典：オリジナルの記述の文献参照、および該当する場合は最近の改訂版（「記録の基礎」として）。
13. 子分類群：すべての直下の分類群、例えば
14. 環境：海洋、汽水域、または淡水
15. 化石範囲：最近のもののみ、または化石としても知られているもの（近いうちにエポック範囲が利用可能になります）
16. 分布：少なくともホロタイプの原産地に基づいた、分類群の現代の地理的分布の表示
    異なる地理的属性が表示されることもあり、好ましくは海洋エコリージョン（Spalding et al. しかし、多くの場合、その国の排他的経済水域でもある。
17. 標本：タイプ標本の情報、または公開されている標本の情報
18. リンク：他の珪藻類のリソース、特定のサーバー上の画像やその他の情報へのリンク。 現在の一般的なリンクは、画像、オリジナルの説明、Genbankなどです。
19. 備考：説明、コメント、解説など、さらに関連する情報
20. 画像：サイトにアップロードされた写真やその他の画像
    タイプ標本の写真やイラストなど、分類群の「客観的」な画像が望ましいです。 未同定の珪藻類の写真は奨励しませんが、確実に同定された著作権フリーの画像は歓迎します。
21. LSID notation: (出版物のISBNに似ています)
22. 編集履歴：入力日と変更内容、編集者の名前
23. 分類学ツリーへのリンク

Cox, E.J. (2015). Coscinodiscophyceae, Mediophyceae, Fragilariophyceae, Bacillariophyceae (Diatoms). である。 Syllabus of Plant Families. Adolf Engler’s Syllabus der Pflanzenfamilien. 13th Ed. 光独立栄養真核藻類Glaucocystophyta, Cryptophyta, Dinophyta/Dinozoa, Heterokontophyta/Ochrophyta, Chlorarachniophyta/Cercozoa, Euglenophyta/Euglenozoa, Chlorophyta, Streptophyta pp. (Frey, W. editor), pp.64-103. ベルリン Borntraeger Science Publishers.

Fourtanier, E. Kociolek, J.P. (2009). 珪藻類の名前のカタログ。 第1部。 Introduction and Bibliography. Occasional Papers of the California Academy of Sciences 156: 1-168.

Fourtanier, E. Kociolek, J.P. (2011). Catalogue of Diatom Names, California Academy of Sciences, On-line Version updated18 September 2011. Available online at http://researcharchive.calacademy.org/research/diatoms/names/index.asp

Potapova, M.G., Minerovic, A.D., Veselá, J., Smith, C.R. (Editors) (2018). Diatom New Taxon File at the Academy of Natural Sciences (DNTF-ANS), Philadelphia. Retrieved on YYYY-MM-DD from http://symbiont.ansp.org/dntf

Citation

科学出版物におけるDiatomBaseからのデータの使用は、以下のように引用して謝意を示すべきです：

• Kociolek, J.P.; Blanco, S.
  • Kociolek, J.P.; Blanco, S.; Coste, M.; Ector, L.; Liu, Y.; Karthick, B.; Kulikovskiy, M.; Lundholm, N.; Ludwig, T.; Potapova, M.; Rimet, F.; Sabbe, K.; Sala, S.; Sar, E.; Taylor, J.; Van de Vijver, B.; Wetzel, C.E.; Williams, D.M.; Witkowski, A.; Witkowski, J. (2021). DiatomBase. Accessed at http://www.diatombase.org on 2021-03-25

  DiatomBaseからのデータが分析に使用されるレコードのかなりの割合を占めている場合は、データベースの編集長に連絡を取る必要があります。
  個々のページにはそれぞれ著者名と日付が記載されています。
  各ページにはそれぞれ著者名と日付が記載されていますので、個別に引用することができます。