E-Hentaiは、1999年7月1日にYahoo！グループとしてスタートしました。 2001年には.netドメインに移行し、2005年には.netドメインの所有権が失効したため、現在の.orgドメインに移行しています。 2010年3月27日、E-Hentaiは、広告主からの圧力に応じて、未成年のキャラクター（ロリコンやショタコン）や獣姦を描いた作品を掲載しないことを発表しました。 これらのコンテンツを含む既存のギャラリーはサイトから削除され、15万のギャラリーのうち約3万のギャラリーが削除されたことになる。 ExhentaiにアクセスするにはE-Hentaiのアカウントが必要で、アカウントを持っていない人がExhentaiにアクセスすると、泣いているパンダのイラストが描かれた真っ白なページが表示され、ユーザーの間では「Sad Panda」というニックネームで呼ばれていました。
2019年7月26日、E-HentaiとExhentaiは、当時両サイトのサーバーが置かれていた「オランダにおける最近の法改正」に対応するため、両サイトを閉鎖することを発表しました。 Viceは、2019年6月に欧州連合が採択した「デジタル単一市場における著作権に関する指令」により、ユーザーが投稿した著作権違反の素材に対してデジタルプラットフォームが法的責任を負うことになったことや、2019年7月にオランダのフェルディナンド・グラッパーハウス法務大臣が提案した、児童ポルノを迅速に削除しないウェブサイトに厳しい罰則を科すことに反応したものと推測しています。 Exhentaiの閉鎖は24時間前に予告されていたため、画像掲示板「4chan」のユーザーは、7月27日の閉鎖前にサイト全体のアーカイブ化を試みました。 2019年8月2日、Exhentaiはサーバーをモルドバに移転して再スタートしました
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