1957年、セントルイス地域では福音主義キリスト教の教育機関に対するニーズが高まっていたため、ハンニバル・ラグランジ・カレッジの拡張キャンパスがタワー・グローブ・バプティスト教会に開設されました。
「セントルイス・バプティスト・カレッジ」として知られるエクステンション・センターの授業は、タワー・グローブ・バプティスト教会の活動棟で行われました。 1964年、ミズーリ・バプティスト・カレッジは、福音主義キリスト教の4年制リベラル・アーツ・カレッジとして設立されました。 ハンニバル・ラグランジュ・カレッジの後援を受け、学長のL.A.フォスター博士の指導のもと、牧師や一般人を対象とした聖書講座が開設されました。 第2学期には、いくつかの教養講座が要請され、提供されました。 学生の影響力と、セントルイスのバプティスト指導者、牧師、一般人の組織的活動が、MBUの設立に影響を与えた。 1964年1月、ミズーリ・バプティスト・カレッジの第1回評議員会が開催されました。
1964年7月には、西セントルイス郡の州間高速道路270号線と国道40号線の近くに、メインキャンパスとなる大規模な土地を取得しました。 1968年9月には186名の学生が授業を開始し、10年余りの間に3倍以上の規模になりました。
1980年、Missouri Baptist CollegeはPillsbury-Huff Residence Hallsを完成させ、コミューターキャンパスからレジデンシャルキャンパスへと転換し、新たなスタートを切りました。
1995年には、R.アルトン・レイシー氏がミズーリバプティスト大学の6代目学長に就任しました。
2000年4月には、教育学修士号の授与が承認されました。
2002年春、キャンパスは1,000万ドルをかけて建設されたPillsbury ChapelとDale Williams Fine Arts Centerの落成式をもって、Spirit of Excellenceキャンペーンを完了しました。 この建物は5,400平方メートル（58,000平方フィート）を超える広さがあり、音楽、宗教、ビジネス、教育、コミュニティのイベントを開催する場所として機能しています。 スピリット・オブ・エクセレンス」キャンペーンでは、トーマス・アンド・バージニア・フィールド・アカデミック・ホールの改修、カフェテリアとブックストアの大幅な拡張、新しい学生ラウンジ、改良されたコンピューターラボ、多数のオフィスや教室の建設も行われました。 また、2002年には、ミズーリ・バプティスト・カレッジがミズーリ・バプティスト大学となりました。 2005年秋には、MBUの学生数は4,460人となり、過去最高を記録しました。 また、第34回卒業式では、579名の学生に学位を授与しました。 2007年夏には、MBUのJung-Kellogg図書館が改装され、新しいコーヒーハウスが追加されました。
2017年、R.アルトン・レイシー博士が23年間務めたMBU学長を退任することを発表しました。 2017年秋には、キース・L・ロス博士がMBUの第7代学長に就任。 レイシーは2018年1月に理事長に就任しました。
2019年の夏には、図書館の継続的な改修とフットボールフィールドの大規模な追加が行われました。 現在、図書館はラーニング・コモンズのスペースに生まれ変わっています。 2019年、17年間の訴訟を経て、ミズーリ・バプティスト大学はミズーリ・バプティスト連盟評議員会の管轄下に戻りました。
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