O narrador da história, Francis Wayland Thurston, conta a sua descoberta de várias notas deixadas pelo seu grande tio, George Gammell Angell, um proeminente professor de línguas semíticas na Universidade de Brown em Providence, Rhode Island, que morreu durante o Inverno de 1926 depois de ter sido empurrado por um “negro de aspecto náutico”.
O primeiro capítulo, “O Horror no Barro”, diz respeito a uma pequena escultura em baixo relevo encontrada entre as notas, que o narrador descreve: “A minha imaginação algo extravagante produziu imagens simultâneas de um polvo, um dragão, e uma caricatura humana. … Uma cabeça de polvo, de tentáculos, sobrepujou um corpo grotesco e escamoso com asas rudimentares”. A escultura é a obra de Henry Anthony Wilcox, aluno da Rhode Island School of Design, que baseou a sua criação num sonho delirante de “grandes cidades ciclópicas de blocos titânicos e monólitos de céu, todos a pingar com pingos verdes e sinistros de horror latente”. Referências tanto a Cthulhu como a R’lyeh estão incluídas em cartas escritas por Wilcox.
p>Angell também descobre relatos de “doenças mentais externas e surtos de loucura ou mania de grupo” em todo o mundo (na cidade de Nova Iorque, polícia mafiosa “histérica dos Levantines”; na Califórnia, uma colónia teosofista vestida com vestes brancas enquanto aguarda um “glorioso cumprimento”).
O segundo capítulo, “The Tale of Inspector Legrasse”, discute a primeira vez que o Professor ouviu a palavra “Cthulhu” e viu uma imagem semelhante. Na reunião de 1908 da Sociedade Arqueológica Americana em St. Louis, Missouri, um oficial da polícia de Nova Orleães chamado John Raymond Legrasse pediu aos antiquários reunidos que identificassem um ídolo esculpido numa misteriosa pedra negra-esverdeada. Legrasse tinha descoberto a relíquia meses antes nos pântanos a sul de Nova Orleães, durante a sua rusga a um suposto culto vudu. O ídolo assemelha-se à escultura de Wilcox, e representava uma “coisa, que parecia instinto com uma malignidade temível e antinatural, era de uma corpulência um tanto inchada, e agachada malvadamente sobre um bloco rectangular ou pedestal coberto de caracteres indecifráveis”
A 1 de Novembro de 1907, Legrasse liderou um grupo de colegas polícias em busca de várias mulheres e crianças que desapareceram de uma comunidade de ocupantes. A polícia encontrou os corpos “estranhamente marcados” das vítimas sendo utilizados num ritual em que 100 homens – todos do tipo “aberrante mentalmente” – estavam “a gabar-se, a mugir, e a contorcer-se” e a cantar repetidamente a frase: “Ph’nglui mglw’nafh Cthulhu R’lyeh wgah’nagl fhtagn”. Após matar cinco dos participantes e prender 47 outros, Legrasse interrogou os homens antes de aprender “a ideia central da sua odiosa fé”:
“Eles adoravam, assim diziam, os Grandes Antigos que viveram séculos antes de haver quaisquer homens …. e … formaram um culto que nunca tinha morrido … escondido em lugares distantes e escuros em todo o mundo até ao tempo em que o grande sacerdote Cthulhu, da sua casa escura na poderosa cidade de R’lyeh sob as águas, deveria erguer-se e trazer a terra de novo sob o seu domínio. Um dia ele chamaria, quando as estrelas estivessem prontas, e o culto secreto estaria sempre à espera para o libertar”
p> Os prisioneiros identificam o ídolo confiscado como o próprio Cthulhu, e traduzem a sua misteriosa frase como “Na sua casa em R’lyeh, Cthulhu morto espera sonhando”. Um culto particularmente falador, conhecido como Velho Castro, nomeou o centro do seu culto como Irem, a Cidade dos Pilares na Arábia, e referiu-se a uma frase no Necronomicon: “Isso não é morto que pode mentir eternamente, E com estranhas eras até a morte pode morrer” p> Um dos académicos presentes no encontro, William Channing Webb, professor de antropologia em Princeton, afirma que durante uma expedição de 1860 à costa ocidental da Gronelândia, encontrou “uma singular tribo de esquimós degenerados cuja religião, uma curiosa forma de adoração do diabo, o arrepiou com a sua deliberada sede de sangue e repulsa”. Webb afirma que o culto da Gronelândia possuía tanto o mesmo cântico como um fetiche “horrendo” semelhante. Thurston, o narrador, reflecte que “a minha atitude ainda era de absoluto materialismo, como eu gostaria que fosse”
No terceiro capítulo, “A Loucura do Mar”, Thurston lê um artigo datado de 18 de Abril de 1925, do Sydney Bulletin, um jornal australiano. O artigo relata a descoberta de um navio abandonado no Oceano Pacífico com apenas um sobrevivente – um marinheiro norueguês chamado Gustaf Johansen, segundo companheiro a bordo do Emma, uma escuna que originalmente navegava de Auckland, Nova Zelândia. A 22 de Março, o Emma encontrou um iate fortemente armado, o Alerta, tripulado por “uma tripulação de Kanakas e meia casta” de Dunedin, de aspecto estranho e maligno. Após ter sido atacado pelo Alerta sem provocação, a tripulação do Emma matou todos a bordo, mas perdeu o seu próprio navio na batalha. Comandando a embarcação do seu adversário, os tripulantes sobreviventes viajam e chegam a uma ilha desconhecida nas proximidades de 47°9′S 126°43′W / 47.150°S 126.717°W. Com excepção de Johansen e de um colega marinheiro (que depois morreu quando regressavam a Auckland, Nova Zelândia, devido à loucura de ver o que quer que fosse que estava naquela ilha desconhecida), os restantes tripulantes perecem na ilha. Johansen nunca revela a causa da sua morte.
Thurston viaja para a Nova Zelândia e depois para a Austrália, onde no Museu Australiano vê uma estátua recuperada do Alerta com uma “cabeça de choco, corpo de dragão, asas escamosas, e pedestal hieroglífico”. Enquanto estava em Oslo, Thurston fica a saber que Johansen morreu subitamente durante um encontro com dois Lascars perto das docas de Gothenburg. A viúva de Johansen fornece a Thurston um manuscrito escrito pelo seu falecido marido, que revela o destino de todos a bordo da Ema. A ilha inexplorada é descrita como “uma costa de lama misturada, pingos, e alvenaria ciclópica de ervas daninhas que não pode ser nada menos que a substância tangível do supremo terror da terra – o pesadelo do cadáver da cidade de R’lyeh”. A tripulação luta para compreender a geometria não euclidiana dos seus arredores. Quando um dos marinheiros abre acidentalmente um “portal esculpido monstruosamente”, liberta Cthulhu:
“Ele apertava a sua imensidão verde gelatinosa através da porta preta. … As estrelas estavam de novo certas, e o que um culto antigo não tinha conseguido fazer por desígnio, um bando de marinheiros inocentes tinha feito por acidente. Após vigintilhões de anos, o Grande Cthulhu estava de novo à solta e a devorar por prazer”
p> antes de fugir com os seus tripulantes, quase todos mortos, Johansen descreve Cthulhu como “uma montanha que andou ou tropeçou”. Johansen e um marinheiro chamado Briden sobem a bordo do iate antes de navegarem. No entanto, Cthulhu mergulha no oceano e persegue a sua embarcação em fuga. Felizmente, Johansen dá a volta ao seu iate e carrega-o para a cabeça da criatura, que rebenta com “uma nojeira viscosa como de um peixe-sol tecido” – apenas para começar imediatamente a regenerar-se. O Alerta escapa de R’lyeh, tendo Briden enlouquecido e morrido pouco tempo depois. Depois de terminar o manuscrito, Thurston percebe que é agora um possível alvo, pensando: “Sei demasiado, e o culto ainda vive”