El uso de la cirugía para tratar una fractura de Jefferson es algo controvertido. El tratamiento no quirúrgico varía en función de si la fractura es estable o inestable, definida por un ligamento transversal intacto o roto y el grado de fractura del arco anterior. Un ligamento intacto requiere el uso de un collarín blando o duro, mientras que un ligamento roto puede requerir tracción, un halo o cirugía. El uso de halos rígidos puede dar lugar a infecciones intracraneales y suele ser incómodo para las personas que los llevan, y puede sustituirse por una alternativa más flexible en función de la estabilidad de los huesos lesionados, pero el tratamiento de una lesión estable con un collarín de halo puede dar lugar a una recuperación completa. El tratamiento quirúrgico de una fractura de Jefferson implica la fusión o fijación de las tres primeras vértebras cervicales; la fusión puede producirse inmediatamente, o más tarde durante el tratamiento en los casos en que las intervenciones no quirúrgicas no tengan éxito. Un factor primordial a la hora de decidir entre la intervención quirúrgica y la no quirúrgica es el grado de estabilidad, así como la presencia de daños en otras vértebras cervicales.
Aunque se trata de una lesión grave, las consecuencias a largo plazo de una fractura de Jefferson son inciertas y pueden no repercutir en la longevidad o en las capacidades, incluso si no se trata. El tratamiento conservador con un dispositivo de inmovilización puede producir una excelente recuperación a largo plazo.