Blastocysta, charakterystyczne stadium zarodka ssaków. Jest to forma blastuli, która rozwija się z jagodopodobnego skupiska komórek, moruli. W moruli pojawia się zagłębienie pomiędzy komórkami wewnętrznej masy komórkowej a warstwą otaczającą. Jama ta wypełnia się płynem. Blastocysta różni się od blastuli tym, że składa się z dwóch już zróżnicowanych typów komórek, wewnętrznej masy komórkowej i warstwy otoczki.
W wyniku dalszego różnicowania powstaje cienka warstwa komórek, zwana hipoblastem, między wewnętrzną masą komórkową a jamą. Komórki te przyczyniają się do powstania endodermy embrionalnej, z której wywodzą się drogi oddechowe i pokarmowe.
Warstwę otaczającą określa się obecnie mianem trofoblastu. Nie przyczynia się on bezpośrednio do powstania zarodka, ale służy raczej do ustanowienia połączenia z macicą matki. Jest prekursorem łożyska.