W początkach 2009 roku deweloperzy Ubuntu zauważyli, że zarządzanie pakietami w Ubuntu mogłoby być ulepszone i skonsolidowane. Ostatnie wydania Ubuntu, takie jak Ubuntu 9.04 (Jaunty Jackalope) zawierały pięć aplikacji do zarządzania pakietami, które zużywały miejsce i inne zasoby, jak również wprowadzały zamieszanie wśród użytkowników. Aplikacje mogły być pobierane za pomocą podstawowego Add/Remove Applications lub za pomocą Synaptic Package Manager. Software Updater zapewniał aktualizację zainstalowanych pakietów, a Computer Janitor czyścił pakiety, które nie były już potrzebne. Aplikacja Software Sources pozwalała użytkownikowi na wybór miejsca pobierania pakietów.
Deweloperzy Ubuntu postawili sobie za cel:
„… powinien istnieć jeden oczywisty mechanizm instalowania, usuwania i aktualizowania oprogramowania w Ubuntu, z oczywistą nazwą i interfejsem, którego każdy może użyć. Powinien istnieć skoordynowany system dla deweloperów i entuzjastów, aby poprawić użyteczność opisów i innych metadanych dla pakietów oprogramowania. Interfejs aktualizacji oprogramowania powinien być dopracowany, aby zmaksymalizować dobrowolną instalację aktualizacji na milionach komputerów, na których Ubuntu jest zainstalowane. A projekty i producenci, których oprogramowanie jest pakowane dla Ubuntu powinny być zachęcane do dostarczania linków do ich oprogramowania obecności w Sklepie Oprogramowania, zamiast instrukcji instalacji w wierszu poleceń.”
Canonical wprowadził Centrum Oprogramowania stopniowo, począwszy od Ubuntu 9.10 (Karmic Koala) z pełną funkcjonalnością oczekiwaną przez Ubuntu 11.10, w październiku 2011. Do maja 2011, plan został w większości zrealizowany:
Październik 2009 – wersja 1.0.2 dostarczona z Ubuntu 9.10 (Karmic Koala) Wprowadzono nowy prosty interfejs do lokalizowania, instalowania i usuwania oprogramowania, z lepszym bezpieczeństwem opartym na PolicyKit zamiast gksudo. Kwiecień 2010 – wersja 2.0.2 dostarczona z Ubuntu 10.04 (Lucid Lynx) LTS W Centrum Oprogramowania dodano w uproszczony sposób listy pakietów niebędących aplikacjami, a także podkategorie dla aplikacji i Personal Package Archives. Październik 2010 – wersja 3.0.4 dostarczona z Ubuntu 10.10 (Maverick Meerkat) Umożliwiła użytkownikom zakup oprogramowania i pokazała historię poprzednich instalacji, usunięć i zakupów, w tym cofanie określonych zmian. Kwiecień 2011 – wersja 4.0 dostarczona z Ubuntu 11.04 (Natty Narwhal) Dodano możliwość oceniania i recenzowania oprogramowania przez użytkowników oraz możliwość zobaczenia ocen i recenzji innych użytkowników Ubuntu biorących udział w programie. Październik 2011 – Ubuntu 11.10 (Oneiric Ocelot) Piąta wersja Centrum Oprogramowania została przepisana w GTK3, poprawiono wygląd (lepsza integracja z motywem systemowym, dodano baner promujący, ładniejsze listowanie aplikacji), poprawiono także czas uruchamiania. Centrum Oprogramowania zostało częściowo przygotowane do obsługi dotykowej poprzez dodanie większych ikon. Centrum Oprogramowania przyniosło także integrację z Unity Launcher, sortowanie według ocen i wymagań systemowych dla aplikacji. Zintegrowano także niektóre technologie GDebi, aby poprawić szybkość obsługi plików .deb. 19 grudnia 2011 Wydano edycję online Centrum Oprogramowania Ubuntu, Ubuntu Apps Directory. Sklep internetowy pokazuje tę samą zawartość co aplikacja Centrum Oprogramowania, z przyciskiem do pobierania, który otwiera aplikację, jeśli używasz Ubuntu lub link do pobrania instalatora systemu operacyjnego Ubuntu, jeśli używasz innego systemu operacyjnego. Kwiecień 2012 – Ubuntu 12.04 (Precise Pangolin) Centrum Oprogramowania Ubuntu zyskało nowe, monochromatyczne elementy. Canonical stworzył webową platformę deweloperską, aby ułatwić programistom tworzenie aplikacji dla Ubuntu. W Centrum Oprogramowania pojawiła się nowa kategoria: „Książki i czasopisma”, możliwość pokazywania prezentacji wideo płatnych aplikacji oraz wielu zrzutów ekranu na jedną aplikację. A także dodano obsługę paska postępu dla Centrum Oprogramowania.
W sierpniu 2015 roku Chris Hoffman z PC World skrytykował aplikację, wskazując, że Canonical nie utrzymywał jej w należytym stanie podczas prac nad aplikacją zastępczą. W szczególności zauważył, że płatne aplikacje nie były odpowiednio wspierane i że Canonical nie poinformował o tym deweloperów. Aplikacja nadal działa do instalowania i zarządzania aplikacjami wolnego oprogramowania.
W listopadzie 2015 roku Canonical ogłosił, że rozwój zostanie zakończony, a aplikacja zostanie zastąpiona przez GNOME Software w Ubuntu 16.04 LTS.
.