E-Hentai wystartowało jako grupa Yahoo! 1 lipca 1999 roku. Grupa przeniosła się do domeny .net w 2001 roku przed przeniesieniem się do obecnej domeny .org w 2005 roku po tym jak własność domeny .net wygasła i została zakupiona przez inną stronę. 27 marca 2010 roku, E-Hentai ogłosiło, że w odpowiedzi na presję reklamodawców, nie będzie już hostować dzieł przedstawiających nieletnie postacie (lolicon i shotacon) i bestialstwo. Istniejące galerie zawierające te treści zostały usunięte z witryny, wynosząc do usunięcia około 30.000 z witryny 150.000 galerii; zawartość ta została później wydzielona na Exhentai, siostrzanej stronie E-Hentai. Dostęp do Exhentai wymaga istniejącego konta E-Hentai; dla osób bez konta, Exhentai pojawia się jako pusta strona z ilustracją płaczącej pandy, i w konsekwencji zyskał przydomek „Smutna Panda” wśród użytkowników witryny. W czerwcu 2019 r. obie strony zostały usunięte z Google, zgodnie z polityką firmy dotyczącą usuwania z listy stron internetowych, które naruszają Digital Millennium Copyright Act.
26 lipca 2019 r., E-Hentai i Exhentai ogłosiły, że obie strony zostaną zamknięte w odpowiedzi na „ostatnie zmiany legislacyjne w Holandii”, gdzie serwery stron były hostowane w tym czasie. Vice spekulował, że wyłączenie było reakcją na dyrektywę w sprawie praw autorskich na jednolitym rynku cyfrowym przyjętą przez Unię Europejską w czerwcu 2019 r., która czyni platformy cyfrowe prawnie odpowiedzialnymi za materiały zamieszczane przez użytkowników, które naruszają prawa autorskie, a także propozycję holenderskiego ministra sprawiedliwości Ferdinanda Grapperhausa z lipca 2019 r., aby nałożyć surowsze kary na strony internetowe, które nie usuwają szybko pornografii dziecięcej. 24-godzinne powiadomienie zostało podane w celu zamknięcia Exhentai, co doprowadziło użytkowników na tablicy obrazów 4chan do próby zarchiwizowania całej witryny przed jej zamknięciem 27 lipca. W dniu 2 sierpnia 2019 r., Exhentai ponownie uruchomił się po tym, jak jego serwery zostały przeniesione do Mołdawii.